peptides et acides aminés

[invite1fec0793]

bonjour

il ya trois questions d' une serie de question(voir pieces jointe) que je ne comprends pas .

Q1)a) je sais qu'une liaisons peptidiques c'est relation entre CO-NH.Apparemment la reponse c'esst 8 mais comment on les trouve?(je sais que cys-cys =ponts dissulfures ,phe et tyr acides amines aromatiques donc pas de liaiosons peptidiques )
b) est ce molecule native=molecule qui fonctionne?
c)je n'ai pas compris la questions
d) c'est a cause des acides amines aromatiques
f)comment fait on pour resoudre cette question et si il nous le demandé à un autre pH ?
g)je sais qu'une hydrolyse ne coupe pas les laisons disulfures,coupe les laisons peptidique et transforme amides en acides carboxilique et NH3

Q3) je ne sais pas resoudre cette type d'exercice .Dans une elctrophorese ya d'abord acide ,neutre puis basique

Q9) je ne sais pas faire

merci de votre aide
-----

[Flyingbike]

Q1A : Imagine qu'a la base, ton peptide est une chaine d'acides aminés : Gly-Arg-Pro-Cys-Asn-Gln-Phe-Tyr-Cys. Par la suite les deux Cys vont faire un pont disulfure, mais tu as une structure primaire de 9 résidus et donc bien 8 liaisons peptiques. Phe et Tyr font bien sur des liaisons peptiques comme tous les acides aminés !
B : oui
C : tu n'as pas étudié les réactions d'oxydoréduction ?
D : ok
F : Tu dois avoir dans tes cours un tableau qui te donne les pKa des -COOH, des -NH2 et des fonctions latérales des acides aminés. A partir de ca, tu dois pouvoir trouver la charge nette de la protéine en fonction du pH. Tu me suis ?
G : Et donc, il te reste quoi ?

Q3 :Sur l'electrophorèse, on sépare les AA selon leur charge nette (qui dépend des pKa et du pH). A partir de leur position tu dois pouvoir les remettre dans l'ordre et trouver a quel pH on a réalisé l'electrophorese. Ensuite on les sépare selon leur masse moléculaire, c'est une donnée que tu peux trouver dans un bouquin.

Q9
A : il suffit de comparer les bandes obtenues avec celles du marqueur
B : Dans l'electrophorese SDS-Page, on dénature les protéines, il n'y a plus de ponts S-S ni d'interactions dues à la charge. Donc 2 bandes veut dire que dans la protéine il y avait deux sous unités de taille différente.
C : le SDS charge les protéines négativement. Elle migrent donc vers... ?
D : je ne comprends pas cette phrase.
E : En fait avec le SDS on s'affranchit des histoires de charge. Le SDS charge les protéines négativement. Plus la protéine est grosse, plus elle lie de SDS, plus elle est chargée négativement. La migration s'effectue donc selon le rapport masse/charge. Donc au final, la protéine qui va le plus loin n'est pas la plus chargée mais celle qui est la plus mobile, la plus petite..

[invite1fec0793]

Q1A : Imagine qu'a la base, ton peptide est une chaine d'acides aminés : Gly-Arg-Pro-Cys-Asn-Gln-Phe-Tyr-Cys. Par la suite les deux Cys vont faire un pont disulfure, mais tu as une structure primaire de 9 résidus et donc bien 8 liaisons peptiques. Phe et Tyr font bien sur des liaisons peptiques comme tous les acides aminés !
B : oui
C : tu n'as pas étudié les réactions d'oxydoréduction ?si j'ai les ai étudiés mais là je ne comprends pas vraiment
D : ok
F : Tu dois avoir dans tes cours un tableau qui te donne les pKa des -COOH, des -NH2 et des fonctions latérales des acides aminés. A partir de ca, tu dois pouvoir trouver la charge nette de la protéine en fonction du pH. Tu me suis ?Mais que veut dire charge nette est ce le PHI ? est ce que il faut apprendre les pka et les ph des cooh et nh2 des acides aminés ?
G : Et donc, il te reste quoi ?

Q3 :Sur l'electrophorèse, on sépare les AA selon leur charge nette (qui dépend des pKa et du pH). A partir de leur position tu dois pouvoir les remettre dans l'ordre et trouver a quel pH on a réalisé l'electrophorese. Ensuite on les sépare selon leur masse moléculaire, c'est une donnée que tu peux trouver dans un bouquin.

Q9
A : il suffit de comparer les bandes obtenues avec celles du marqueur le marqueur est ce que c'est MM)
B : Dans l'electrophorese SDS-Page, on dénature les protéines, il n'y a plus de ponts S-S ni d'interactions dues à la charge. Donc 2 bandes veut dire que dans la protéine il y avait deux sous unités de taille différente. mais quand il ya deux trait au meme niveau cela veut dire qu'il ont la meme masse non?
C : le SDS charge les protéines négativement. Elle migrent donc vers... ?elle vigrent vers la cathode
D : je ne comprends pas cette phrase.
E : En fait avec le SDS on s'affranchit des histoires de charge. Le SDS charge les protéines négativement. Plus la protéine est grosse, plus elle lie de SDS, plus elle est chargée négativement. La migration s'effectue donc selon le rapport masse/charge. Donc au final, la protéine qui va le plus loin n'est pas la plus chargée mais celle qui est la plus mobile, la plus petite..

merci de m'aider

[Flyingbike]

Q1F : le Phi d'une protéine, c'est le pH pour lequel sa charge sera nulle. Pour le calculer, tu prends le pKa de toutes les fonctions acides-bases de la protéine, c'est à dire le NH2 et le COOH des extrémités (les autres n'ont plus de fonction acide base puisqu'il sont engagés dans la liaison) ainsi que ceux des fonctions latérales le cas échéant. Si pH>pHI, la fonction est sous forme basique (ex, NH2 ; COO-), si pH<pHi, la fonction est sous forme acide (ex, NH3+, COOH). La somme de toutes les charges a un pH donné te donne la charge nette de la protéine à ce pH. Il y a une valeur pour laquelle elle est nulle, c'est le pHi.

Q9A : oui, MM = molecular weight marker.

Q9B : deux traits au meme niveau = même poids moléculaire "apparent" (ca peut en effet changer en fonction des sels présents dans le tampon, etc mais ca n'est pas important ici.

Q9C : SDS chargé moins, les protéines sont attirées vers le pole + = l'anode.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite853321bf]

Q9C : ah la vieille querelle chimiste - physicien. Pour les uns, la cathode sera le plus, pour les autres ce sera le moins. C'est idiot mais vrai, suivant les cours auxquels j'étais, j'ai appris les deux, donc y a plus qu'à revoir dans tes cours lequel est nommé anode et cathode.

[invite1fec0793]

merci pour vos aides

mais pouvez vous m'aidez pour la question 3 car je ne comprends pas

comment donner grace à toutes ces informations la sequences d'un peptide ?
je sais qu'une electrophorese c'est avec un poids moleculaire croissant ,ce qui sont toute en bas ont un poids moleculaires bas et plus ils migre plus ils ont un poids moleculaires haut

[invite71f23525]

Les exercices se postent dans la rubrique "exercices en biologie".

LXR pour la modération