Sonde pour un Northern Blot

[invitef5962f47]

Bonsoir,

Je voudrais étudier la transcription d'un gène dans différentes lignées cellulaires et je compte pour cela faire un Northern Blot. Sauf qu'il y a environ 200 copies de ce gène dans le génome et qu'elles sont toutes différentes les unes des autres (mutations, insertions, délétions). On suppose que ces séquences sont transcrites mais qu'elles ne codent pas pour une protéine active.

Mon problème se pose donc pour le choix de la sonde, je pense utiliser la séquence consensus originale mais la question que je me pose est de savoir si je pourrais quand même avoir une hybridation entre cette sonde et les différents transcrits malgré les diverses mutations et indels ?

Merci d'avance.
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[piwi]

Les sondes de northern sont quand même suffisamment grandes pour qu'une mutation ponctuelle ne soit pas un problème.

Cordialement,
piwi

[invitef5962f47]

Les sondes de northern sont quand même suffisamment grandes pour qu'une mutation ponctuelle ne soit pas un problème.

Merci de cette réponse rapide mais en fait c'est surtout l'effet potentiel des insertions et des délétions sur l'hybridation qui me préoccupe vu que j'en ai parfois plusieurs dans la même séquence.

Sinon il y a une taille optimale pour la sonde ou on peut prendre la taille qu'on veut ? Je pense prendre la séquence entière de mon gène ancestral, soit 1 kb, comme sonde.