séquençage à haut débit

[amaranth]

salut,
qui peut m'expliquer le séquençage à haut débit (pyroséquençage, illumina, et s'il en existe d'autres)? et j'insiste sur Illumina!!
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[Celenya]

Bonjour,

Je m'étais interessée au séquençage haut débit au début de ma thèse. Ce domcument m'avait vraiment aidée:
http://docs.google.com/viewer?a=v&q=...MoIa6_1srM1mIA

Si vous avez tout de même d'autres questions, n'hésitez pas!

[amaranth]

merci Celenya c'est que je l'ai déjà
j'arrive pas à comprendre quand est ce qu'on utilise le pyroséquençage? ainsi que pour Illumina? lequel est le meilleur?
lequel est le plus utilisé?
merci

[Edelweiss68]

Le pyroséquençage supplante progressivement la méthode de Sanger.

" Il permet de séquencer de courts fragments d’ADN (en moyenne, 60 bp pour l’automate commercialisé par Biotage et en moyenne 106 pb sur l’automate 454 commercialisé par Roche), voire, dans certains cas, jusqu’à 200 pb.[...] Le pyroséquençage est beaucoup utilisé pour l’étude de variants alléliques, notamment les polymorphismes bialléliques (SNP). Du fait de l’addition séquentielle de bases, lorsque les SNP ne sont pas trop éloignés les uns des autres, cette technique permet l’étude directe d’haplotypes (association de plusieurs SNP sur un même chromosome). Il s’agit de la seule technique actuelle capable de déduire un haplotype de l’analyse directe du génome. Cette technique est également appliquée dans le génotypage bactérien et viral ainsi que dans l’analyse de méthylation en épigénétique."

http://www.sciencedirect.com/science...htype=a#secx14

[A voir en vidéo sur Futura]

[Celenya]

Pour synthétiser, le pyroséquençage qui permet de séquencer uniquement des petits fragments sera privilégié dans la recherche de variants (comme l'a indiqué Edelweiss ci-dessus).
Au contraire, l'Illumina sera privilégié dans le cadre d'un gros séquençage, par exemple pour le séquençage d'un génome entier. En effet, les séquences déterminées étant bien plus longue que celles obtenues par pyroséquençage, il sera plus facile de reconstituer la séquence génomique.

En espérant avoir pu t'éclairer, très bonne soirée!!

[amaranth]

Edelweiss68 merci pour les application du pyrosequençage
et Celenya merci pour la comparaison

[Celenya]

Mais de rien!

[stonekiller]

Je ne suis pas tout à fait d'accord avec vos explication, pour moi j'avais compris que les dernière machines 454 ampifie 400 pb, ce qui est énorme. Cependant les erreurs que fait la machine sont aussi très importante et bien supérieur au solexa (carrement plus fiable mais les fragements sont très court). En microbiologie on utilise donc le 454 pour un génome de novo, alors que s'il sagit de souche différente de la même espèce le solexa revient beaucoup beaucoup moins cher qu'un run de 454. Une autre différences est le nombre de lecture, il faut compter 1 million de lecteur en 454 et à peu près 100 million de lecture ensolexa (je ne me souvien plus du nombre exact pour le solexa mais la différence est énorme).

Après je sais qu'une nouvelle technologie de séquencage apparaitra dans quelques années iet la les chiffres sont démantielle: on parle carrément de fragment de 4000 pb pour 500 million de lecture.... (C'est d'ailleurs pour ca que les machine de 454 sont bradées..)

[nessTUN91]

bonjour , vous pouvez m'aider !!! j'ai besoin d'un cours sur le séquençage parallèle massif d'ADN "NGS": Nest Generation Sequencing .
Merci