cinétique... non enzymatique

[gorben]

Bonjour à tous!!

Je suis à la recherche de cours ou d'explications sur des cinetiques non enzymatiques, c'est a dire des interractions prot-prot, prot-ADN, recepteur-ligand, etc...

Si vous aviez des lines précis ou des titres d'ouvrages, ce serait parfait!

Je recherche precisement des info sur une relation du type :
2A+ B --><-- A2 + B --><-- A2B
avec des ctes k1 et k2 a chaque equilibre...

Si je trouve pas la solution dans vos liens, je poserais ici mon probleme exact... mais tant qu'a faire, je preferais trouver tout seul!!

Merci a tous!
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[invite20818537]

Je pense que des outils classiques de cinetique chimique devrait te suffire. Il faut reprendre des cours de niveau L1/L2. Cherche dans cette direction (bouquins 1CU de chimie, au besoin, je peux t'en indiquer), ou précise ton probleme (equilibre ou reaction totale, rapport entre les constantes cinétiques etc).

[Vinc]

Salut!

Je pense que des outils classiques de cinetique chimique devrait te suffire.

Non je ne pense pas...
Tu peux utiliser le modèle de Scatchard pour étudier les interactions ligands/récepteurs. Ca te permet de calculer le nombre de récepteurs en fonction de la quantité de ligand, la saturation des récepteurs, etc....
Un petit lien qui t'expliquera tout:
http://www.123bio.net/cours/liaison/deuxsites.html

A+
Vinc

[invite20818537]

Salut!

Non je ne pense pas...
Vinc

Apres consultation du site : je confirme, la cinétique ne change pas de la chimie a la bio Un équilibre thermo reste un equilibre thermo, une constante de vitesse reste une constante de vitesse, tout va bien ! Le site est d'ailleur tres bien.

Par contre, pour les astuces de "representation" et les définitions pratiques, il est toujours mieux d'avoir une ref. plus "bio".

[A voir en vidéo sur Futura]

[Vinc]

Salut!

Apres consultation du site : je confirme, la cinétique ne change pas de la chimie a la bio Un équilibre thermo reste un equilibre thermo, une constante de vitesse reste une constante de vitesse, tout va bien ! Le site est d'ailleur tres bien.
Par contre, pour les astuces de "representation" et les définitions pratiques, il est toujours mieux d'avoir une ref. plus "bio".

Oui je voulais juste dire qu'en bio on a des représentations spéciales pour ce genre de problème .....mais je ne suis pas sûr que tu puisses arriver à trouver un nombre de récepteur aussi facilement avec une méthode purement basée sur l'analyse chimique.
Mais bon, je ne suis pas chimiste

A+
Vinc

[gorben]

une reaction enzymatique ne convient npas, car je n'ai aucun moyen dans ma manip de mesurer une vitesse, je ne peux que mesurer la quantitée de A2B en point final...

je vais aller voir sur 123bionet.

Merci!

[invitece4c4d59]

de prime abord ton équation de réaction ressemble à une reaction enzymatique à cofacteur ou le cofacteur n'interviendrais qu'en 2ème partie de la réaction. (si on considère B comme étant le cofacteur). La manip "classique" dans c'est cas là en enzymo c'est de suprimer le cofacteur et d'analyser le produit ou le complexe obtenu.

dans ton cas la supression de B devrait pouvoir te permettre de mesurer la vitesse de formation du complexe A2. J'ai plus ça en tête mais il existe des techniques de spectro qui permette de mettre en évidence la formation de complexe protéique.
aprés si ton complexe A2 est trop instable il faut soit utiliser des techniques de cinétique rapide, soit utiliser un réactif qui va créer des liaisons covalentes entre les 2 protéines. Par exemple en utilisant les propriété des cystéines.

[gorben]

Ma reaction est en fait un binding prot (A) / ADN (B). pour que le binding se fasse, il faut que ma prot se dimerise. comme c'est un homodimere, c'est assez chiant à mesurer par des techniques de biochimies classiques (enfin du moins, par celles que je connais). En plus, ma prot comporte peu de W/Y/F permettant de mesurer un quench de fluorescence.
J'ai pensé à faire du cross linking avec du glutaraldehyde, mais je n'aime pas trop l'etat figé de la manip, d'autant plus que A2 est en equilibre avec 2A, si je tire vers A2 avec par cross linking, je vais favoriser un sens au detriment de l'autre. De plus, le cross linking ne reflete pas vraiment l'interraction prot-prot puisqu'il se contente de fixer ensemble les groupements NH2 proches.

En fait, mon seul moyen est de considerer la relation entiere, et de partir sur l'idée qu'il n'y a pas de binding prot-ADN sans A2. ensuite, j'ai [B0], [A0] et [A2B] et [B]... "suffit" de trouver la representation correcte....

le modele de scatchard semble pas mal, je vais essayer de voir ca.

Merci

[invitece4c4d59]

Ma reaction est en fait un binding prot (A) / ADN (B). pour que le binding se fasse, il faut que ma prot se dimerise. comme c'est un homodimere, c'est assez chiant à mesurer par des techniques de biochimies classiques (enfin du moins, par celles que je connais). En plus, ma prot comporte peu de W/Y/F permettant de mesurer un quench de fluorescence.

et du dichroisme circulaire c'est pas envisageable ? puisque cette technique permet de mesurer les changements de structure secondaire et tertiaire et que la dimérisation en entraine forcement, tu pourrais potentiellement observer la formation du dimère.

J'ai pensé à faire du cross linking avec du glutaraldehyde, mais je n'aime pas trop l'etat figé de la manip, d'autant plus que A2 est en equilibre avec 2A, si je tire vers A2 avec par cross linking, je vais favoriser un sens au detriment de l'autre. De plus, le cross linking ne reflete pas vraiment l'interraction prot-prot puisqu'il se contente de fixer ensemble les groupements NH2 proches.

oui c'est le problème qu'on rencontre toujours dans ce genre de situation cependant ça peut permettre de te donner une idée de l'affinité de la prot pour la formation du dimère.

bon courage

[Vinc]

du dichroisme circulaire c'est pas envisageable ?

Oui ça serait pas mal le dichroïsme circulaire, je n'y avais pas pensé!

[gorben]

Re-salut...

J'avais pensé au DC mais je n'ai pas le matos necessaire sous la main... dommage!!!

J'essaie d'appliquer scatchard concretement à mon cas, je vous tiens au courant!

A+

[gorben]

Re-Bonjour tout le monde.

Alors scatchard ne s'applique pas à mon cas, en repportant, je trouve n'importe quoi car je n'ai pas un changement de conformation de mon "recepteur" mais une dimerisation de mon "ligand".

La demonstration de mon equation est dans cet article.
Le soucis est que je ne comprend pas comment ils ont déterminé quelle représentation choisir pour résoudre cette équation, et je ne sais pas non plus comment la représentation choisie peut résoudre l'équation (bah... biologiste n'a jamais rimné avec mathematicien )
Selon des specialistes (mathematiciens), ca ne ce fait pas manuellement il faut la modeliser sous un logiciel style matlab...

Voila pour les infos... en ésperant que ca pourra aider qq'un...

A+