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Séquençage Nouvelle Génération



  1. #1
    Rivabella

    Séquençage Nouvelle Génération


    ------

    Bonjour, j'ai un petit problème dans la compréhension de la méthode de séquençage SOLiD: j'ai été sur le site commercial mais je n'arrive pas à bien comprendre.

    Les octamères utilisé sont fluorescents et cette flourescence est fonction de la première et deuxième bases de l'octamère. Est ce que j'ai bien compris? Selon ce que j'ai compris si on observe une fluorescence rouge, c'est qu' il y a tel ou tel base en première et deuxième position..

    Pour le reste cela me semble clair mais j'ai vraiment un problème dans la compréhension de cette étape.

    Merci beaucoup.

    -----

  2. Publicité
  3. #2
    Haldane

    Re : Séquençage Nouvelle Génération

    Je te conseille ce lien http://raindancetechnology.net/docum...s_Jan-2010.pdf

    Il m'a servi pour un dossier.

    Le Solid utilise l'émulsion PCR pour générer les fragments ADN, puis le séquençage par ligation (utilisation de l'ADN ligase).

    Les sondes contiennent en effet 2 bases interrogatives (c'est une spécialité du Solid). Différentes sondes sont ajoutées aux fragments (avec des paires de bases interrogatives différentes, et des fluos différents, 4 en tout). Une de ces sondes s'hybride via la ligase, celle qui est complémentaire du fragment d'ADN. La polymérisation s'arrête, la fluorescence enregistrée. Deux nucléotides sont identifiés. Puis il y a lavage/reprise du cycle (après quelques coups de baguette magique).

  4. #3
    Rivabella

    Re : Séquençage Nouvelle Génération

    Merci beaucoup pour la réponse, entre temps j'ai trouvé une revue qui expliquait que les couleur dépendait de la 4ème et 5ème bases, ce qui m'a aidé à éclaircir les choses. Merci pour le lien je vais y jeter un coup d'oeil.

  5. #4
    beam86

    Re : Séquençage Nouvelle Génération

    Bonjour,

    est ce que quelqu'in sais comment se fait la lecture dans le séquençage par ligation?? commet on détermine la base correspondante?
    J'ai compris le principe mais je bloque sur la lecture ou l'acquisition d'image


    j'ai besoin de votre aide
    merci

  6. A voir en vidéo sur Futura

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