ARNs à 65°C

[invitecc7146d2]

pas très concentrée sur mes manip ce soir, j'ai mis mon ARN durement obtenu à 65°C... serait-il dégradé??? je pense qu'il s'est dénaturé mais en le remettant à température ambiante il devrait se "renaturer"???
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[Yoyo]

Bonsoir

ca c'est le genre de truc bete
a haute temperature l'ARN s'autodégrade (rien a voir avec la denaturation des structures secondaires). Tout depends donc combien tu l'as laissé.
MAintenant tu peux toujours essaye de deposer sur gel pour voir ce qu'il reste.

yoyo

[invitecc7146d2]

oui mais lorsque je dépose sur gel en conditions dénaturantes je n'observe que les ARNs ribosomiques non et c'est l'ARNm qu'il me faurait?
PS: je l'ai laissé 5min

[invite94612525]

Si les ARN ribosomaux sont beaux, les autres ARN doivent l'etre aussi. En tous cas, 5 min ca ne doit pas etre grave, pusique l'on fait ca avant les Northern blots sans que ca ne degrade les ARN (pusiqu'on les detecte ensuite avec la sonde).

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitecc7146d2]

Si les ARN ribosomaux sont beaux, les autres ARN doivent l'etre aussi. En tous cas, 5 min ca ne doit pas etre grave, pusique l'on fait ca avant les Northern blots sans que ca ne degrade les ARN (pusiqu'on les detecte ensuite avec la sonde).

et également avant de charger sur gel en conditions dénaturantes c'est vrai...merci beaucoup à tous les deux
A+

[piwi]

je laisse bien mes ondes RNA d'in situ à 70°C over night moi.....
Alors 5 mins, je ne suis pas trop inquiet

[gorben]

Salut

Si les ARN ribosomaux sont beaux, les autres ARN doivent l'etre aussi. En tous cas, 5 min ca ne doit pas etre grave, pusique l'on fait ca avant les Northern blots sans que ca ne degrade les ARN (pusiqu'on les detecte ensuite avec la sonde).

pas forcement, les ARNr sont plus sensibles à la temperature que les ARNm.

McKillip JL, Jaykus LA, Drake M.
rRNA stability in heat-killed and UV-irradiated enterotoxigenic Staphylococcus aureus and Escherichia coli O157:H7.
Appl Environ Microbiol. 1998 Nov;64(11):4264-8.

Par contre, 5 min à 65°C, à mon avis tu n'as rien a craindre. C'est d'ailleur la maniere de denaturer tes ARNs avant les RT ou les northern...

[invitecc7146d2]

alors je ne m'inquiète pas et je lance RT et RACE dessus
Merci à tous