définition de "unphased genotype data"

[invite986312212]

tout est dans le titre, je précise qu'il s'agit de SNPs et bien sûr que c'est l'adjectif "unphased" qui me pose problème.

merci par avance.
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[Edelweiss68]

Bonsoir,

Est-ce que "répartition aléatoire" pourrait coller au contexte ?

Je dis ça parce que "unphased satellite" signifie satellite à répartition aléatoire.

[invite986312212]

merci.

je ne sais pas si c'est ça. Apparemment ça a à voir avec le fait de regrouper les allèles en haplotypes. Les données seraient "phasées" dans ce cas et non phasées si le regroupement n'a pas été fait. Mais je ne suis pas bien certain.

d'ailleurs j'ai aussi un peu de mal avec la notion d'haplotype. Myriam Harry le définit ainsi : "un haplotype consiste en la combinaison de différentes mutations héritées simultanément" mais cette définition est idiote puisque tout le génome est hérité simultanément lors de la formation du zygote.

[invite14397db8]

haplotype renvoie à haploïde normalement, donc il s'agirait de mutations présente en un seul exemplaire.
Cela dit, j'ai surtout l'habitude du terme haplotype pour parler du génome mitochondrial, qui est haploïde.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite9fdbe39f]

Unphased, pour moi, c'est quand tu n'as pas uniformisé tes phases... :/

C'est à dire quand tu n'as pas toujours donné la nomenclature de ton allèle en fonction de son origine gamétique ; pour des données SNP, ce sera si tu as utilisé l'allèle "A" parfois pour un des parents, parfois pour un autre; de même avec l'allèle "B". Tu les uniformise toi même en fonction des scores génotypiques des parents. "répartition aléatoire" me semble une bonne traduction!

Pour la définition d'un haplotype, si tu n'as pas "uniformisé" tes phases, tu te retrouves avec un haplotype qui ne veut pas dire grand chose... presque "aléatoire"

Je sais pas si c'est clair, ou encore adapté au contexte dans lequel tu as lu cette désignation.