Logiciel bioinformatique

[invitefa3e9bcd]

SVP je cherche un logiciel à utiliser pour définir les primers (amorces) à utiliser pour faire une identification moléculaire par PCR de l’espèce bactérienne Streptococcus thermophilus

-----

[Edelweiss68]

Bonsoir,

Il y a primer express ou primer3 par exemple.

[invited32a0869]

sinon tu as en ligne Primer-blast qui va également te permettre de voir si tes amorces peuvent potentiellement s'hybrider avec des cibles non désirées.

[Flyingbike]

+1 Galice, primer blast ressemble a primer3 mais en ligne, il suffit de mettre ta cible et ça trouve des primers spécifiques.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitefa3e9bcd]

sinon tu as en ligne Primer-blast qui va également te permettre de voir si tes amorces peuvent potentiellement s'hybrider avec des cibles non désirées.

Mais justement le problème posé est que j’obtienne plusieurs primers (10) lesquelles dois-je utiliser pour la PCR ?

[invitefa3e9bcd]

+1 Galice, primer blast ressemble a primer3 mais en ligne, il suffit de mettre ta cible et ça trouve des primers spécifiques.

On me demande de définir des primers spécifiques (3 amorces au max) mais avec primer-blast de NCBI je trouve 10 lesquelles dois-je utiliser.
- Autre question : je n’ai pas pu trouver la séquence ADN 16 S ou accession number pour Streptococcus thermophilus, le problème c’est ce que je suis certaine que ça a été complètement séquencé § pouvez-vous m’aider SVP ?