réduction de complexité

[invite326288e4]

Bonjour,

je suis actuellement en pleines recherches biblio pour trouver un max d'info sur la réduction de complexité des génomes. J'envisage de faire ca par PCR avec choix des amorces pour cibler des régions données et en PCR multiplex.

J'ai déjà trouvé quelques articles, mais pas forcément très récents...ma grande question à l'heure actuelle étant de savoir jusqu'à quelle taille de frangments je peux monter tout en conservant des frangment de bonne qualité. Je cherche à savoir ce qui se fait déjà et ce qui se fera sous peu... J'ai trouvé des valeurs comme 200 à 1500 pb mais la publi date un peu...

Si vous connaissent d'autres méthodes de réduction de complexité sur un génome de grande taille (maïs, blé,...) je suis également preneuse ^^

Merci d'avance
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[invite326288e4]

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[invite326288e4]

Bonjour, bonjour

une dernière petite relance au cas où...on sais jamais, des fois qu'un membre spécialiste de la reduction de complexité passe par là ^^

donc en fait mes 2 grandes questions c'est surtout
- jusqu'à quelle taille de fragment je peux espérer monter sachant qe dans un premier temps la réduction de clomplex. se fera par PCR multiplxée?
- quelle est selon vous la meilleure méthode pour tagguer mes amplicons si je veux mélanger les échantillons dans ma PCR multiplexe??

merci d'avance

[invite71f23525]

Sincèrement je ne connaissais pas la réduction de complexité des génomes. Cela me laisse assez perplexe tout de même. Quelle est l'utilité de réduire la complexité d'un génome? A-t-il été démontré que cette réduction de complexité, qui semble n'être réduite que par la réduction de la taille du génome, n'affecte pas la fonctionnalité de l'organisme hôte? Aux premiers abords, cette technique me semble directement inspirée d'hypothèses anciennes qui nommaient l'ADN non codant "ADN poubelle". Sauf qu'on se rend compte que les régions non codantes sont très importantes pour tous les aspects de régulation génétique et génique. D'où mon interrogation sur la validité et la raison d'être de ce concept...

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite326288e4]

en fait on cherche à réduire la taille desgénome ou à la fractionner pour pouvoir séquencer uniquement des petites parties. donc en fait ce n'est pas forcément l'ADN codant ou non codant qui est éliminé, on se concentre seulement sur certaines parties. après cette réduction peut être ciblée ou aléatoire... mois dans un premier temps je dois travailler en réduction ciblée pour mettre au points les manip...mais je pense qu'à terme le but et de travailler de manière plus générale afin d'avoir accès à l'intégralité du génome (génomes de grande taille...).

Un des article récent que j'ai pu trouver par exemple :
Complexity Reduction of Polymorphic Sequences (CRoPSTM): A Novel Approach for Large-Scale Polymorphism Discovery in Complex Genomes (PLoS ONE, issue 11, 2007)

Voila, je ne sais pas si cela te parle plus mais plus ou moins ce que j'ai russi a en comprendre...^^

[invite71f23525]

D'accord, en fait j'avais compris de travers. Je pensais qu'il s'agissait vraiment d'enlever les séquences "inutiles" du génome puis faire des clones à partir de ces génomes "épurés". Cela me semblait bizarre dans le sens où l'on connait encore trop mal les génomes pour prétendre faire ce genre d'exercice. PLus tard peut-être.

Merci pour tes explications et désolé pour le hors-sujet.

[invite326288e4]

pas de problème, au moins ça montre si je sais plus ou moins expliquer ce que je fais