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Pourquoi le tampon Tris réagit-il avec les amines primaires?



  1. #1
    Kikouyoshi

    Pourquoi le tampon Tris réagit-il avec les amines primaires?

    Bonjour,

    J'ai actuellement un problème : je dois effectuer des analyses en milieu aqueux et à pH neutre, sans avoir dans mon milieu d'ions phosphates ou sulfates. Après quelques recherches, le Tris a été choisi pour tamponner ma solution.

    http://fr.wikipedia.org/wiki/Tris

    Seulement, au moment de commencer mes préparations, j'ai remarqué une petite phrase bien gênante : "Tris buffer reacts with primary amines." Et je vous laisse deviner quelle fonction on peut trouver sur ma molécule...

    Je veux bien croire que ça soit le cas, mais j'ai beaucoup de mal à comprendre comment les amines primaires peuvent réagir avec le Tris, qui est par ailleurs lui même une amine primaire. La seule piste que j'ai est une complexation entre les 3 hydroxyle et l'amine primaire sous forme d'ammonium (pH neutre) mais ça me paraît peu...

    Auriez-vous une idée, voire même une réelle explication tout court?

    Merci à vous!

    -----


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  3. #2
    HarleyApril

    Re : Pourquoi le tampon Tris réagit-il avec les amines primaires?

    bonsoir

    Où as-tu lu que le tris réagissait sur les amines primaires ?
    C'est une base pharmaceutiquement acceptable. Ce qui signifie que certains médicament l'utilisent comme contre ion.
    Imagine ce que ça donnerait si une amine primaire du corps humain réagissait (neurotransmetteurs, tous les peptides ...)

    Cordialement

  4. #3
    Kikouyoshi

    Re : Pourquoi le tampon Tris réagit-il avec les amines primaires?

    C'est précisemment ça qui me surprend, j'ai vu pas mal d'études biologiques sur des protéines avec du Tris. D'où mon étonnement.

    J'ai pu voir que le Tris réagissait avec les amines primaires sur Wikipédia (oui je sais...) mais surtout ici :
    http://microscopy.berkeley.edu/Resou...n/buffers.html
    C'est extrait d'un bouquin de biologie, donc ça me paraît assez fiable.

    Et le test que je viens de faire a l'air d'aller dans ce sens lui aussi, malheureusement : ma sonde n'a pas répondu dans l'eau avec le Tris, mais a répondu dans l'eau pure.

  5. #4
    HarleyApril

    Re : Pourquoi le tampon Tris réagit-il avec les amines primaires?

    je vois pas ... on va demander aux biochimistes s'ils connaissent ça !

    allô, la modération ?
    ce serait pour un déplacement, s'il vous plaît

    mais avec plaisir !

  6. #5
    Aqualung

    Re : Pourquoi le tampon Tris réagit-il avec les amines primaires?

    C'est étonnant comme information. Je ne suis pas spécialiste des réactions biochimiques mais pour avoir pontage entre amine il faut utiliser un agent couplant (DMS, BS3...) qui va connecter les amines primaires ou secondaires ensembles (y compris le tris qui possède ce groupement)

    Je ne pense pas que cette réaction se fasse naturellement dans des conditions standards.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    LXR

    Re : Pourquoi le tampon Tris réagit-il avec les amines primaires?

    J'ai un exemple analogue entre Tris et acrylamide. Certes l'acrylamide n'est pas une amine primaire mais un amide primaire. J'en parle tout de même du fait de la proximité chimiques de ces deux fonctions.

    Essayez de préparer un gel de polyacrylamide dans de l'eau ou dans un tampon Tris. Dans l'eau, en 5 minutes le gel est polymérisé, dans le tampon Tris c'est de l'ordre de 30-40 minutes. La concentration en Tris influence la vitesse de polymérisation mais ce n'est pas linéaire pour autant. Toutefois, on ne sait pas si c'est réellement une réactivité chimique du Tris vis à vis des amines ou amides primaires, ce qui m'étonnerait, ou simplement une compétition. Pour mon exemple, je pense qu'il s'agit d'une compétition où j'entrevois un mécanisme réactionnel de compétition hypothétique : à la place d'une attaque nucléophile sur l'amide primaire de l'acrylamide, on a une attaque nucléophile sur l'amine primaire du Tris. C'est peut-être dans ce sens là que les auteurs parlaient de réaction.

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  10. #7
    vpharmaco

    Re : Pourquoi le tampon Tris réagit-il avec les amines primaires?

    Mouais.... J'ai surtout l'impression que c'est une idee qui s'est propagee au fil du temps, sans que personne n'ai jamais cherche a la verifier.
    C'est mentionne sur le Wikipedia francais (sans aucune ref) mais ce n'est pas present sur le wiki anglais (ou ils se contentent juste de dire que du fait de son amine primaire, le Tris est succeptible de donner le meme type de reaction que les autres amines primaires, comme etre condense avec des aldehydes par ex. ).
    Bref, pour moi, cela n'a vraiment aucun sens de dire que le tris reagit avec les amines primaires

    Vpharmaco.
    NB: le mecanisme de polymerisation de l'acrylamide est radicalaire.

  11. #8
    LXR

    Re : Pourquoi le tampon Tris réagit-il avec les amines primaires?

    La référence dans l'exemple cité c'est moi même. Je l'ai testé lors d'une période où j'avais des problèmes de polymérisation de mes gels (l'APS était en cause). Et je pense qu'il s'agit d'une compétition, pas d'une réactivité en effet, mais ça je l'ai déjà dit.

    Autre chose, je veux bien que la réaction soit radicalaire, mais cela ne remet pas en question le mécanisme réactionnel que j'ai cité : une attaque nucléophile reste une attaque nucléophile, même si elle est initiée par une réaction radicalaire.

  12. #9
    Edelweiss68

    Re : Pourquoi le tampon Tris réagit-il avec les amines primaires?

    Ou alors c'est un "comme" qui s'est mystérieusement changé en "avec" et du coup le problème est réglé.
    H u m a n i t y

  13. #10
    HarleyApril

    Re : Pourquoi le tampon Tris réagit-il avec les amines primaires?

    LXR

    dans la polymérisation de l'acrylamide, l'amide n'intervient pas (sauf par son effet électro-attracteur)
    polyacrylamide.jpg
    ce sont des liaisons carbone-carbone qui se forment

    l'initiateur généralement utilisé est un persulfate
    il s'agit d'une polymérisation radicalaire

    le seul effet du tris dans cette affaire serait d'amener la solution à un pH où le persulfate n'a pas la même stabilité que d'habitude (dis-nous si tu prépares tes gels à ce même pH les autres fois)

    cordialement

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