Construire une carte de restriction d'un ADN génomique

[invite1303786e]

Bonjour, alors comme le dit le sujet, ma question va porter sur la construction d'une carte de restriction.

J'ai un exercice que j'arrive à faire...mais quand je compare mon résultat à celui du corrigé, j'obtiens pas la même chose (les distances sont les mêmes, le nombre de site de restriction aussi, mais l'ordre des fragments n'est pas le même). Et j'admets ne pas comprendre le corrigé.

Carte de l'ADN génomique:
Le fragment d'ADN génomique est extrait d'un clone de phage lambda par digestion Eco RI, puis ses extrémités sont marquées au 32P. Il a ensuite été digéré par des enzymes de restriction. Les analyses donnent les résultats suivants (les bandes représentants le phage ne sont pas représentées):
Digestion par BamHI puis autoradiographie: 2 bandes à 2,2 et 3,4
Digestion par BamHI puis coloration au BET: 3 bandes à 2,2 ; 3,0 et 3,4

J'ai trouvé comme résultat: gène étudié de 8,6Kb , dans lequel il y a 2 sites de restriction de BamHI, et 2 sites EcoRI.
EcoRI aux extrémités donc à d=0 (qui est le 5') et d=8,6 (3')
BamHI: Soit à d=2,2 et d=5,2 (donc un fragment de 2,2 suivi par un fragment de 3,0 suivi par un fragment de 3,4) ; soit l'inverse, cad d'abord le fragment 3,4 puis celui de 3,0 puis de 2,2 (donc un site à 3,4 et un site à 6,4)

Le corrigé lui ne parle que des sites d=2,2 et d=5,2

Pourquoi? J'admets ne pas comprendre pourquoi obligatoirement le 1er fragment en 5' serait 2,2
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[invite326288e4]

j'avoue que je sèche aussi sur ta question...tu as mis toutes mes données de l'exercice?
Peut être qu'ils ne se sont même pas posé la questio, ou que leur donner une des 2 version suffisait...

[invite1303786e]

Salut, et merci de m'avoir répondu.

Alors, l'exercice est divisé en 2. La 1ere partie porte sur la création d'une carte de restriction d'un fragment d'un ADNc, avec 3 expériences de digestion (TaqI, HaeIII, et les 2 combiné). La 2eme partie porte sur la carte de restriction du fragment de l'ADN génomique.

Mais rien ne permet, avec les résultats de la 1ere carte de restriction, d'ordonner les fragments.

Au cas où, je mets en fichier joint l'exercice (c'est un pdf, il faut aller à la question VIII page 8).

Pour la carte de restriction de la 1ere partie, j'obtiens:
EcoRI: 3 sites de restriction à 0, 1,2 et 2,3
HaeIII: 2 sites de restriction à 0,8 et 1,8
On obtient donc un fragment de 2,3Kb (le pire étant que l'unité n'est même pas précisée, donc j'imagine moi que c'est en Kb mais sans certitude aucune).

Si tu as une idée pouvant m'expliquer l'ordre des fragments, je suis preneuse

[invite1303786e]

En reprenant l'exercice en entier, je viens de me rendre compte que j'avais pas pensé à la même chose dans le cas de la partie 1. C'est-à-dire, pourquoi ordonner les fragments: 5' 0,8; 0,4; 0,6 et 0,5 et pas dans le sens inverse: 5' 0,5; 0,6; 0,4 et enfin 0,8 3'...bref, que là aussi il y a en fait 2 possibilités....

Ou alors, je zappe complètement une information précise de l'exercice qui précise l'ordre exact.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitef940923e]

Pour ton exercice avec l'ADN génomique, ECORI ne coupe pas ton fragment il ne sert qu'a extraire le fragment du clone de départ !!! Quant a BamHI il coupe bien deux fois une fois en 2,2 et une fois en 5,2

[invite1303786e]

Pour ton exercice avec l'ADN génomique, ECORI ne coupe pas ton fragment il ne sert qu'a extraire le fragment du clone de départ !!! Quant a BamHI il coupe bien deux fois une fois en 2,2 et une fois en 5,2

pour EcoRI, je suis d'accord, il n'y a pas de site de restriction au sein même du fragment étudié. c'est pour ça que je mets comme distance 0 et 8,6 (le fragment mesurant 8,6).

mais là où je n'arrive pas à comprendre, c'est pourquoi dire que BamHI coupe en 2,2 et en 5,2. Pourquoi ça ne serait pas en 3,4 et en 6,4.

Je m'explique:

• si BamHI coupe en 3,4 et en 6,4 le fragment de 8,6Kb, on obtient 3 petits fragments de 3,4, 3,0 et 2,2Kb.

• si BamHI coupe en 2,2 et en 5,2 le fragment de 8,6Kb, on obtient 3 petits fragments de 2,2 ; 3,0 et 3,4Kb.

Dans les 2 cas, on obtient bien 2 bandes en autoradiographie de 2,2 et 3,4...prouvant qu'elles sont chacune à une extrémité du fragment étudié. Et on a 3 bandes en colorant au BET.

Qu'est-ce qui fait dire que c'est l'un ou l'autre des 2 possibilités? C'est ça que j'arrive pas à voir. Ou alors, ça revient au même...mais ça me parait assez peu regardant de penser ça.

[invitef940923e]

Effectivement il n'y a pas moyen de différentier les deux possibilités.

[invite1303786e]

ah ok. bon ça me rassure car je devenais folle là!

merci à tous. et si jamais quelqu'un a une idée permettant de répondre avec certitude, qu'il le fasse, ça pourra toujours aider moi ou quelqu'un d'autre.

merci encore :P

[invite326288e4]

En fait dans ce genre d'exercice on te demande simplement de réussir à ordonner les fragments. Peut importe de quel côté est 5' ou 3', ce qui fait que peut importe si tu commence par l'un ou l'autre. Mais pas convention tu présente ça généralement dans l'odre où tu à les positions qui correspondent à la taille de tes fragments...d'où d=2,2 et d=5,2 plutôt que d=3,4 et d=6,4

donc pas d'importance si tu tu ne fais qu'ordoner tes fragments, sans présiser les extrémités 5' ou 3'. l'ordre sera juste dans un sens ou l'autre ^^

[invite1303786e]

oki. bon, je comprends mieux alors. merci beaucoup, car ça me perturbait pas mal.

(c'était ma 1ere carte de restriction en fait)