Protéines

[invitea5af81c5]

Bonjour,


Je me demandais quels étaient les moyens de savoir lorsqu'une protéine se trouve en dehors de la cellule (totalement ou partiellement), et lorsqu'elle se trouve dans le cytosol?

Mis à part les éventuelles glycositations (N, C et O) et les éventuelles boucles d'immunoglobuline, existe-t-il d'autres caractéristiques des parties protéiques extra-cellulaires?


Merci d'avance


Cordialement,

Visoire
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[invite71f23525]

Cela dépend ce que tu entends par "moyens" : techniques de marquage ou analyse in silico ou autres?

[invitea5af81c5]

Sans techniques de marquage, de colorant, ou d'anticorps.

Juste à partir d'une description de la protéine.

par exemple on nous dit que la protéine à une séquence peptidique hydrophobe de l'a.a. 54 à 89, et que de 20 à 54 elle présente des N glycosylation, on en détuit que la protéine est transmembranaire, avec le côté N terminal extra cellulaire, et le côté C terminal intracellulaire.

Une description de la protéine mature dans sa conformation tertiaire (ou quaternaire).


Je cherche des particularités spécifiques des protéines extra/intracellulaire ou transmembranaires, du même type que les glycosylation ou les boucles d'immunoglobuline.

[invitea6f89eb3]

Toutes les proteines sont produites a l'interieur des cellules ensuite elles migrent a l'exterieur , subissent-elles des transformations particulieres pour sortir de la cellule? Je sais pas mais je pense que faire une distinction a ce niveau reste un peu flou.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitebc55bbf9]

Salut,
a part ce qui a été dit je vois un début d'autre solution qui consiste à essayer de repérer un peptide signal. Certain de ces peptides signaux interviennent lors de la synthèse de la protéine et d'après leur environnement proche (charge et/ou hydrophobicité) on peut avoir une idée de l'orientation dans la membrane.
voir sur wikipedia : insertion cotraductionnelle, paragraphe 2
Reste quand même à savoir à quelle membrane la protéine va être dirigée et donc si les résidus vont être vraiment extra celullaires.

http://fr.wikipedia.org/wiki/Inserti...type_II_et_III

bye

[invitec0b62935]

Sans techniques de marquage, de colorant, ou d'anticorps.

Juste à partir d'une description de la protéine.

par exemple on nous dit que la protéine à une séquence peptidique hydrophobe de l'a.a. 54 à 89, et que de 20 à 54 elle présente des N glycosylation, on en détuit que la protéine est transmembranaire, avec le côté N terminal extra cellulaire, et le côté C terminal intracellulaire.

Une description de la protéine mature dans sa conformation tertiaire (ou quaternaire).


Je cherche des particularités spécifiques des protéines extra/intracellulaire ou transmembranaires, du même type que les glycosylation ou les boucles d'immunoglobuline.

Il y a deux possibilités :
- si ta protéine contient un seul domaine transmembranaire, tu recherches le peptide signal et tu en déduiras comment ta protéine est positionnée.
- si ta protéine contient "beaucoup" de domaines transmembranaires (on va dire, au moins 3 ou 4), c'est un problème en général très complexe. Si ta protéine a un homologue dont la topologie a été déterminée expérimentalement, tu peux en déduire la topologie de ta protéine. Sinon, il va falloir insérer des sites HA, des sites de N-glycosylation, etc..., pour étudier la localisation de chaque boucle. En général, ce genre d'étude fournit assez de données pour un article complet.

[inviteccac9361]

Bonjour,

A part ce qui a été dit je vois un début d'autre solution qui consiste à essayer de repérer un peptide signal. Certain de ces peptides signaux interviennent lors de la synthèse de la protéine et d'après leur environnement proche (charge et/ou hydrophobicité) on peut avoir une idée de l'orientation dans la membrane.

Effectivement c'est une bonne idée.

Concernant la question par contre, je pense qu'elle est ambigue.

Je me demandais quels étaient les moyens de savoir lorsqu'une protéine se trouve en dehors de la cellule (totalement ou partiellement), et lorsqu'elle se trouve dans le cytosol?

Je cherche des particularités spécifiques des protéines extra/intracellulaire ou transmembranaires, du même type que les glycosylation ou les boucles d'immunoglobuline

Les membranes ne se situent pas uniquement autours de la cellule.
Beaucoup de membranes se trouvent dans la cellule.

Voir ici pour une synthèse assez complète sur les differentes membranes, reprenant également l'origine symbiotique probable de certains organites (mitochondries par exemple).

Avec le détail concernant certaines sequences signal p41, et la distinction entre sequence signal et signal patch p38.
http://www.cours-medecine.info/histo...ines.html?f=15

Le plus simple, mais il y aura à mon avis toujours des exceptions (vivant oblige), c'est de caracteriser qu'une proteine est membranaire ou transmembranaire (et donc pas libres) selon la caracterisation des zones hydrophiles et hydrophobes une fois repliée en 3D (ce qui est loin d'être évident à faire manuellement)

Les thématiques de recherche de l'équipe s'organisent autour des interactions entre les protéines et les peptides insérés dans les membranes biologiques. L'assemblage et l’organisation des protéines membranaires est un processus à multiples niveaux. A petite échelle, les interactions entre les atomes de la surface des hélices transmembranaires avec d'autres atomes déterminent la chimie de leur surface et leurs interactions avec leur environnement. A plus grande échelle la structuration et le repliement des protéines membranaires interviennent. A une échelle encore plus grande ces protéines s'organisent dans des domaines spécifiques de la membrane.

http://lism.cnrs-mrs.fr/JS_files/Page_JS

Peut-être une piste suplémentaire avec les marqueurs antigeniques de certaines proteines membranaires (qui sont spécifiques néanmoins à un individu)

Certaines protéines membranaires sont exposées à la surface de chaque cellule d'un individu donné conférant à cette cellule des caractéristiques qui lui sont propres. Ces protéines sont connues sous le nom "d'Antigènes d'histocompa*tibilité". On les considère comme des marqueurs cellulaires en ce sens qu'elles dessinent à la surface des cellules des motifs dits "antigéniques" caractéristiques de chaque individu et, c'est à ce titre, que ces antigènes constituent une véritable carte d'identité chimique de la personne. Ces antigènes correspondent au sigle d'identification de l'usine qui nous sert de modèle.

http://cours.cegep-st-jerome.qc.ca/1...ellulaires.htm
http://cours.cegep-st-jerome.qc.ca/1...mbranaires.htm

[invitea5af81c5]

J'ai eu un petit soucis avec internet (d'où ma réponse tardive).

Je vous remercie pour vos explications et vos liens