micro damier à adn

[invite07500a38]

bonsoir,

est ce que quelqu'un saurait m'expliquer comment fonctionne l'hybridation et resultat sur microdamiers à adn ... ??
merci .. sur internet ..Peu de resultats....


et joyeux noel
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[invitedcfa2657]

Bonjour,

Je vous met ici ce que j'avais fait dans mon cours de biologie moléculaire:

BIOPUCES /MICROARRAYS / MICRODAMIER

= instrument de biotechnologie permettant de voir en une fois l'expression de l'ensemble des gènes codés par un type cellulaire donné. C’est du CGH à grande échelle, à haut débit (informatisé et robotisé généralement)


Intérêts:
Ces biopuces permettent toujours de comparer une cellule test par rapport à une cellule contrôle:
- observer la différence d'expression des gènes au sein d'une cellule saine et d'une cellule pathologique.
- repérer les gènes actifs dans des cellules pathologiques et envisager un traitement en conséquence.
- comparer l'expression des gènes dans différents types cellulaires.
- Etc.

Structure:
Ce sont des petites plaques en verre de 1,28 cm de coté contenant 300 000 puits dans le fond desquels sont greffé (par liens covalents) des fragments monobrins d'oligonucléotides synthétiques de séquence différente (±25 dNMP : des Désoxynucléoside monophosphate), séquences qu’on désirer tester pour voir si elles ne sont pas exprimées dans une cellule tumorale/malade par exemple.


Méthode de comparaison de transcriptomes:

Transcriptome : ensemble des ARNm
Les 2 ARNm à tester sont rétrotranscrits en présence de dNTP marqués par des fluorochromes différents:
- l'ARNm 1 provenant d’une cellule saine est rétrotranscrit en un ADNc vert (fluorochrome cy3).
- l'ARNm 2 provenant d’une cellule cancéreuse est rétrotranscrit en un ADNc rouge (fluorochrome cy5).

L’ADN complémentaire est une copie conforme en langage ADN de l’ARNm.

On mélange les deux types d'ADNc dans des proportions égales et on les dispose dans chaque puits du microarray. Ils s'hybrident alors (ou pas) avec les oligonucléotides du puits, lui donnant une couleur allant du rouge au vert qui sera représentative des fragments hybridés.

Par exemple, pour un transcriptome sain et un transcriptome cancéreux:

a) Le puits prend une couleur jaunâtre tirant soit vers les rouges, soit vers le vert. L'ARNm du puits est exprimé dans la cellule saine comme dans la cellule cancéreuse, mais dans des proportions différentes selon la couleur vers laquelle tire le jaune.
b) Le puits est vert. L'ARNm n'est exprimé que dans les cellules saines. Le gène correspondant est donc inhibé (voir absent s’il apparait par mutation) dans la cellule cancéreuse.
c) Le puits est rouge. L'ARNm n'est exprimé que dans les cellules cancéreuses. Le gène correspondant y est donc activé (alors qu'il était inhibé dans la cellule saine, voir absent si il n’y a pas eu mutation).
d) Le puits est noir. L'ARNm n'est exprimé dans aucun des deux types cellulaires. Attention néanmoins, aucun puits n'est jamais tout à fait noir. Il existe toujours une faible réponse qu'on appelle "bruit de fond". Les seuls puits d'intérêts sont ceux dont l'intensité dépasse ce bruit de fond.

Images-clés:
http://2.bp.blogspot.com/_cwleTqQx7k...microarray.jpg
http://images.lesechos.sdv.fr/archiv...19049075_1.jpg
http://bme240.eng.uci.edu/students/0...icroArrays.jpg

En espérant avoir pu vous aider, un joyeux Noël et une bonne fin d'année