bonsoir,
j'ai un grand problème de génotype .
je fait un genotypage avec une enzyme de restriction .
lorsque je fait migrer mon produit de digestion sur gel d'agarose de 1.5% et avec 110volt . le problème ne viens pas du gel car j'ai fait migré dedans une PCR et c'était trés clair
j'ai un profil bizar !! des bandes en formes d'arc en courbes ?
je vous joint une photo
s'il vous plait aidez moi
Merci
Déplacé la ou les réponses sont plus probables ...
En effet, c'est très artistique mais pas du tout utilisable.
Je n'ai pas d'idée précise sur la cause, mais à ta place je referai de l'agarose et du tampon de migration pour recommencer parce que c'est clairement un problème de migration.
oui mais le même gel a été utilisé pour la migration des produits PCR qui sont bien droit et nettes ?
Juste pour être sur qu'on parle de la même chose:
Tu as fait 2 gels distincts avec la même préparation d'agarose?
Dans ce cas ton gel avec la digestion a mal polymérisé ou mal migré ce qui n'empêche pas ton gel avec ta pcr d'être bien.
Si c'est un seul gel que tu as coupé en 2, c'est un peu plus étrange...
la meme preparation d'agarose qui a polymérisé dans le même support ensuite j'ai coupé une partie pour la PCR et l'autre pour la digestion .
les produits de PCR
Et la migration, tu l'a faite dans la même cuve?
oui dans la meme cuve . j'ai un doute sur le produit de digestion qui pourrait faire ce profile (tampon ou BSA..)
Alors là, je sais pas trop quoi te dire...
Mais dans le doute je referais une migration de la digestion si il t'en reste.
je pense que j'ai mis plus qu'il faut de tampon NEB4 pour la digestion .
Ce tampon contient des sels et contient du tris Acétate !!!
je pense que ça modifie la concentration final du tris (qui existe dans le TBE) au moment de la migration et ça modifie la structure du gel au moment de la migration .
Que pensez vous ?
l'agarose ne polymérise pas !
en tout cas c'est pas du tout un problème lié au dépôt. C'est clairement un problème d'uniformité du champ électrique. Vérifie ta cuve
Oui mais si sa pcr a migré normalement c'est que les électrodes de sa cuves sont bonnes non?
merci pour vous
j'ai refait ma digestion avec 2 µl du tampon NEB4 au lieu de 5 µl et ça marche bien c'est bien le tampon qui contient le tris acétate qui a modifié la texture des maille de mon gel au moment de la migration
