[microbiologie]Recherche idée expérience qPCR

[mounet02]

Bonjour,
je suis actuellement en stage dans un laboratoire d'analyse agroalimentaire pour mon M1 microbio.
Le contexte est que le laboratoire s'est fait prêté une qPCR de chez Biorad CFX96 afin de réaliser des tests, dans le but de savoir si ils doivent investir ou non. Le laboratoire possède déjà un mini Vidas. J'ai réalisé des analyses de contaminations naturelles (en comparant avec les résultats du Vidas) et artificielles dans différentes matrices avec différentes dilutions, qui portaient sur Listeria monocytogenes. Le kit de qPCR utilisé est le kit iQ Check L.monocytogenes.
Trouvant mon rapport un peu court, je fais appel à vous afin de savoir si vous avez des idées d'expériences à réaliser car je sèche un peu.
En vous remerciant.
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[cleville]

tester la taille des cycles (nbre, durée des plateaux)
tester la "fiabilité" selon l'endroit où l'échantillon se trouve sur la plaque (et donc mettre le même échantillon partout...)
tester un autre kit (si possible)
varier les volumes (savoir a quel volume total minimal on peut descendre....)

ce sont les premières idées qui me viennent....

[kamor]

Je termine ma thèse pendant laquelle j'ai utilisé ce jouet qui avait été acheté "pour moi". Et j'en suis devenu fan : son utilisation est simple, son logiciel complet et en évolution régulière, les . Pour l'aspect technique, j'avais une technicienne qui avait une très reproductibilité au pipetage, donc je lui avais demandé de faire un test simple, remplir une plaque entière de la même façon, les variations étaient légères, imputables aux infimes variations de pipetage. Mais pour faire cela, il faut vraiment savoir utiliser correctement une micropipette.
On faisait nous même les contrôles de métrologie et c'est pareil, il s'en sortait très bien, les overshoots étaient minuscules.
La seule chose que je reproche est le système de garantie Bio-Rad, qui est un peu une blague.

Si tu n'as pas de matériel de métrologie, tu ne peux que te cantonner aux manips proposés par cleville. Pour le volume minimal, ça va aussi dépendre du kit utilisé. Tu pourrais aussi tester d'autres plaques, mais dans ce cas, ça revient également à tester les plaques ce qui n'est pas la meilleure chose à faire.
Tu peux peut être faire des gammes étalons à partir de cultures pures.

[mounet02]

Bonjour,

C'est vrai que je n'avais pas pensé à aliquoter toute la plaque de façon à voir si les résultats sont tous homogènes !
Cependant lors de mes contaminations artificielles, j'ai déjà testé une gamme de dilution de L.monocytogenes afin de déterminer à partir de quelle dilution, l'appareil ne détectait plus la fluorescence. (à 10-9 j'avais toujours quelque chose, je pense que ma solution non dilué devait vraiment être trop concentrée ^^). De plus, j'ai regardé si avec différentes matrices, la détection de L.mono était différente.
Je ne possédais malheureusement pas de standard pour quantifier le nombre de molécules cibles dans mes échantillons.

En tout cas, merci pour vos réponses et bon courage pour votre thèse Kamor

[A voir en vidéo sur Futura]