Choix des amorces pour une PCR

[invite2000b810]

Bonjour à tous,
Je me décide enfin à poser ma question sur ce forum car je nage un peu.

J'ai un exercice où il faut amplifier une région d'une séquence d'ADN et je dois choisir quels oligonucléotides utiliser parmi un choix de 4. (entre parenthèse la région à amplifier)

Voici mes données :
5' ---- GG AAA TCT GTG GGC ATT GTG ACC ACC ACG AGA GTG AAC CAT GCC ACC CCC AGC GCC (GCC TAC GCC CAC TCG GCT GAC CGG GAC TGG TAC TCA) GAC AAC GAG ATG CCC CCT GAG GCC TTG AGC CAG GGC TGT AAG GAC ATC GCC TAC CAG CTC ATG CAT AAC ATC AGG GAC ATT --- 3'

Voici le choix pour les 4 oligonucléotides :
a) 5' GGAAATCTGTGGGCATTGTG 3'
b) 5' ATGCATAACATCAGGGACATT 3'
c) 5' AATGTCCCTGATGTTATGCAT 3'
d) 5' CACAATGCCCACAGATTTCC 3'

Pour commencer j'ai écrit le brin complémentaire à ce brin, mais aucun amorce ne correspond, j'ai essayé de les placer dans tous les sens 5'-->3', 3'-->5' rien ne marche!
lors soit mon année de licence est trop vieille (pourtant je ne suis pas encore un fossile soit j'ai omis un détail important)
Merci bcp pour vos pistes de réflexion
Bonne après-midi à tous
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[piwi]

Pour l'amorce sens, c'est immédiat, il suffit de prendre l'oligo qui a la même séquence que l'extrémité 5'. Pour l'anti sens il faut prendre l'oligo reverse complement de l'extrémité 3'.
Les deux se trouvent dans votre liste. Je vous laisse un peu chercher seul.

Cordialement,
piwi

[invite2000b810]

C'est tout?
Donc en fait l'amorce sens c'est la a et l'anti sens est la b?

Je pensais que l'amorce faisait partie de la séquence à amplifier, c'est pour ça je ne trouvais pas de solution en partant uniquement de la partie entre ()

Oula j'avoue ma licence est loin derrière moi

Merci piwi pour ce coup de main

[piwi]

Non ce n'est pas tout et ce n'est pas la b)!

On prend le reverse antisens. Je vous le fait:
On prend la partie 3' terminale de la séquence: 5'-ATG CAT AAC ATC AGG GAC ATT-3'
On prend la séquence antisens: 5'-TAC GTA TTG TAG TCC CTG TAA-3'
On prend le réverse de la séquence antisens: 5'-AAT GTC CCT GAT GTT ATG-3'
Les bonnes réponses sont les réponses a) et c).

Cordialement,
piwi

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite2000b810]

Autant pour moi

[invite42ab2283]

Bonjours,

Je sais que le message date de très longtemps mais j'ose espéré une réponse de votre part.
Je ne comprend pas comment d'après votre raisonnement vous avez déduit la réponse a. La réponse C est clairement écrite.


Merci de votre compréhension

Cordialement,