Choix des amorces pour PCR

[invitebabab6ca]

Bonjour,

J'aurais une petite question concernant un protocole de TP que je dois écrire, et notamment dans le choix des amorces pour faire une PCR à partir d'un ADNc. En effet le but final de l’expérience est d'obtenir une protéine recombinante.

Mon problème est concernant le choix des amorces je ne sais pas si je dois les choisir directement l'amorce à partir de l'ATG ou bien un peu avant.

Voici une partie de la séquence : (en rouge la partie codante)
5' gaggacgctg acgaggcacc atgcgtgaga
121 tcgtgcacat ccaggcgggc cagtgcggca accagatcgg ----gggagttcga ggaggaggag ggcgaggacg
1441 aggcgtag at gcccccgcga gacgggt 3'

par exemple pour la première amorce dans le sens 5' vers 3' : 5' gaggacgctg acgaggcacc 3' et pour la deuxième 5' acccgtctcgcggggcatc 3'

Je vous remercie d'avance d'avoir pris le temps de me lire.
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[Gronome]

Bonjour,

Je pense que ta question manque de contexte. Tu souhaites faire une PCR sur la séquence protéique pour ensuite la mettre dans un plasmide vecteur ?
Si c'est le cas, la question qui se pose sera de savoir comment tu vas insérer la séquence obtenue suite à la PCR dans le vecteur. En fonction des sites de restriction présents au niveau du vecteur, il va falloir que tu fasses tes amorces de façon à ce qu'elles puissent se lier au vecteur ouvert.

[invitebabab6ca]

Bonjour,

Oui c'est pour mettre dans un plasmide vecteur. Merci beaucoup pour votre réponse.