Code génétique

[invitec5debdc4]

Bonjour,

Je n'arrive pas à comprendre pourquoi quand:
-on nous donne les deux brins d'ADN pour la transcription en ARNm on utilise le brin transcrit soit le 3'-5' par complémentarité des bases, pourquoi il devient 5'-3'.
-on nous donne juste le brin transcrit dans le sens 5'-3' pour la transcription en ARNm par complémentarité des bases, pourquoi il devinet 3'-5'.
Je ne comprends pas non plus pourquoi des fois il faut chercher AUG mais pas toujours. A quoi sert-il?

Le sens de lecture est bien 5'-3'?
Le sens d'écriture est bien 3'-5'?

Quelqu'un aurait la gentillesse de m'expliquer?

D'avance merci
-----

[Loupsio]

les brins se lisent toujours de 5'-->3'
ils sont antiparrallèles, ce qui signifie qu'il on des sens contraire
si de gauche a droite ton brin non transcrit va de 5' en 3' alors de gauche a droite ton brin transcrit sera de 3' vers 5' mais il se lira quand même de 5' en 3' (donc de droite a gauche)

[invitec5debdc4]

Merci mais je comprends toujours pas pourquoi lors de la transcription le brin 3'-5' devient 5'-3' ou le brin 5'-3' devient 3'-5'.
Et je comprends pas aussi pourquoi des fois il faut chercher AUG mais pas toujours?

Merci

[Loupsio]

les brins ne changent pas, seulement en face du brin d'ADN que tu utilise pour faire ton brin d'ARNm tu auras de l'ARNm antiparallèle (donc en sens inverse)
et AUG est ton codon initiateur
quand tu as AUG sur le brin d'ARNm ça signifie que sur le ribosome va commencer la traduction à ce niveau là
le ribosome va lire le brin d'ARN de 5' en 3' et lorsqu'il va voir le premier codon AUG il va commencer a traduire l'ARNm en protéine

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitec5debdc4]

Merci

En fait si on a les 2 brins d'ADN pour transcrire on utilise le brin 3'-5' qui devient 5'-3' à cause de l'antiparallélisme ou si on a qu'un seul brin qui est 5'-3' pour le transcrire il devient 3'-5' à cause de l'antiparallélisme. Et pour la traduction c'est tourjours dans le sens de lecture 5'-3'.
Et en fait lorsqu'il y AUG cela signifie que l'ARNm va être traduit en protéine juste aprés AUG. Mais si il y a AUG en plein milieu de l'ARNm, il se passe quoi?

[invitec5debdc4]

Pouvez-vous me dire si j'ai bien compris?

[Loupsio]

ca ne veut rien dire en biologie "on utilise le brin 3'->5'
toi tu vois ca comme ca parce que tu le représente sur une feuille avec un coté a gauche et l'autre a droite, mais les deux brins se liront de 5' en 3'

pour le transcrire il devient 3'-5'

il ne deviens rien du tout, je sais pas ou vous avez lu que un des deux brin changeait, ils restent pareils
seulement le brin qui va servir a faire l'ARN va être lu de 5' en 3',

En fait si on a les 2 brins d'ADN pour transcrire on utilise le brin 3'-5' qui devient 5'-3'

3'-5' n'est pas un brin ou le nom d'un brin, c'est un sens de lecture, il peut définir n'importe quel brin

[Loupsio]

Et en fait lorsqu'il y AUG cela signifie que l'ARNm va être traduit en protéine juste aprés AUG. Mais si il y a AUG en plein milieu de l'ARNm, il se passe quoi?

AUG code pour la méthionine mais est aussi un codon initiateur ça veut dire que dans le fragment d'ARN la "notice de fabrication" de la protéine commence a partir du premier AUG qui va initier la traduction
tant que le ribosome n'a pas croisé le codon AUG il lit l'ARN sans rien faire
si il rencontre d'autre AUG alors qu'il a déjà commencer a traduire le brin d'ARN il va tout simplement le considérer comme un codon qui correspond à la méthionine et donc va mettre l'acide aminé "méthionine" à cet endroit de la protéine

[invitec5debdc4]

Merci mais ce que je veux dire c'est que quand:
-pour l'ADN j'ai les deux brins je choisis le brin transcrit c'est-à-dire celui écrit dans le sens 3'-5' est quand je le transcrit, il devient écrit dans le sens 5'-3'.
-pour l'ADN j'ai un seul brin dans un exercice c'est-à-dire qu'on me donne que le brin transcrit, on me le donne dans le sens 5'-3' donc quand je le transcrit, il devient écrit dans le sens 3'-5'.
Ces changements sont dues à l'antiparallélisme des brins.

Est ce que c'est ça?

[Loupsio]

pour l'ADN j'ai les deux brins je choisis le brin transcrit c'est-à-dire celui écrit dans le sens 3'-5' est quand je le transcrit, il devient écrit dans le sens 5'-3'.

c'est ce que je me tue à te dire :
-le brin transcrit ne se définit pas par le sens qu'il à sur ta feuille
-il ne deviens rien du tout on à créé un brin d'ARN en face mais ton brin d'ADN transcrit n'a pas changé, c'est ton ARN qui est dans le sens 5'->3'

-pour l'ADN j'ai un seul brin dans un exercice c'est-à-dire qu'on me donne que le brin transcrit, on me le donne dans le sens 5'-3' donc quand je le transcrit, il devient écrit dans le sens 3'-5'.

ca veut dire que tu dois commencer par la droite si on te le donne dans le sens 5'->3'
ton 3' de l'ARN sera a gauche et le 5' de l'ARN sera a droite

après certains profs demandent à ce que il soit remis a l'endroit (5' a gauche et 3' a droite) mais ton brin d'ADN ne change pas

[invitec5debdc4]

Merci mais en fait dans mon cours j'ai un exemple avec l'ADN double brin.
J'ai un brin dans le sens 3'-5' et l'autre dans le sens 5'-3'. Puis ensuite j'ai l'ARNm qui est dans le sens 5'-3' mais e que je ne comprends c'est que ils sont parti du brin transcrit de l'ADN mais il s'agit duquel celui dans le sens 3'-5' ou celui dans le sens 5'-3'?

[Loupsio]

un brin d'ARN est toujours fait avec un brin d'ADN dans le sens 3'->5'
mais ce que je veut te dire c'est que ça peut être les deux brins, toi tu vois ça de gauche a droite, mais le deuxième brin si tu le prend de droite à gauche il est aussi de 3' ->5'
qu'est ce qui t'empeche de retourner ton schéma (la gauche a droite et la droite a gauche) ? ca reste le même fragment d'ADN mais tu prendrai un brin différent

[invitec5debdc4]

Merci mais en fait ce que je comprends pas c'est quand j'ai les deux brins ADN: un sens 3'-5' et un sens 5'-3' il s'agit des complémentaires ou A donne T, C donne G, G donne C et T donne À. Donc on choisit quel brin pour la transcription sachant qu'il doit s'agir du brin d'ADN transcrit mais ayant que l'orientation des brins, on sait pas lequel est le brin transcrit.

[Loupsio]

comme cela peut être n'importe quel brin il te faut des indication du genre position du promoteur, le brin transcrit est toujours celui qui est en face du brin possédant le promoteur
si tu n'a pas du tout de promoteur alors le brin doit t'être indiqué sur la copie

[invitec5debdc4]

Merci mais c'est quoi un promoteur. Comment je le reconnaît sur le brin?

[invitec5debdc4]

Sur un site j'ai vu un truque contradictoire avec ce que vous m'avez dit. Voici ce que j'ai trouvé:
- L’ADN se « désenroule » au niveau d’un gène codant pour une protéine donnée grâce à un complexe enzymatique : l’ARN polymérase.
- Un des deux brins de l’ADN, à savoir le brin informatif (ou transcrit ou 3’-5’) sert de modèle à la fabrication de l’ARNm.
- Chaque nucléotide de l’ADN « attire » un nucléotide complémentaire à l’exception de l’Uracile qui remplace la Thymine sur l’ARNm.

Or vous vous me dite que ça peut être n'importe quel brin mais il faut connaître la position du promoteur or ce n'est ce qui est marqué.

[Loupsio]

Il n'est pas marqué le contraire non plus,
les deux brins d'ADN peuvent servir de matrice (de brin transcrit)
pour un gène se sera un des deux brin qui servira de matrice, pour le gène suivant cela pourra être le même brin comme cela pourra être l'autre brin, tout dépend de la position du promoteur

[invitec5debdc4]

Ok mais c'est quoi un promoteur ?

[inviteefaf1d18]

salut ,
le double brin d'ADN prend deux sens antiparallèle le brin non transcrit 5'___3' l'autre ( transcrit ) 3'__5' , c'est ce dernier qui va subir la transcription , et sachant que l'ARN polymérase qui est le responsable de ce processus il transcrit toujours de sens 5'__3' c'est pourquoi il devient 5'__3' .
concernant le code AUG c'est le premier code qui nous a permet de commencer la traduction , il est l’équivalent de premier acide amine qui va former , la metyonine , s'il n ya pas ce code je crois qu il n y aura pas la traduction

le promoteur =l'initiation de la séquence d'ADN ! il est constitue de plusieurs séquence appelées " consensus" déterminent le brin transcirt sur la quelle se fixe l'ARN polymérase , dans cette région s'effectue également la régulation par fixation sur des séquence appelées " operateur " de protéines régulatrices favorisant ou empêchant la transcription

[invitec5debdc4]

Merci beaucoup pour toutes ces expliquations.
Autre chose:
Pour le séquençage par la méthode de Sanger je ne comprends quand on prend par exemple le ddGTP pour trouver combien on obtient de fragment, on doit couper à chaque fois qu'on rencontre un G dans la séquence.
Dite moi si c'est juste.
Ce que je ne comprends pas trop c'est que dans mon cours, j'ai un exemple et ils se sont pas arrêté au dernier G. Voilà ce qui a été fait:
ADN de départ 5' CTGCTTCGACAA 3'
Fragments obtenus
TTGTCG
TTGTCGAAG
TTGTCGAAGTCAG
Moi j'aurais mis avant le premier:
TTG
Je ne comprends pas comment savoir à partir duquel je dois commencer. Il y a pas une régle parce que j'ai un exercice à faire comme ça et j'ai peur de me tromper.

D'avance merci

[inviteefaf1d18]

d’après ces fragments le didinucléotide de ce tube est le ddC et non pas le ddG , je crois

[invitec5debdc4]

Je ne comprends pas ce que vous voulez dire par didinucléotide.
Je ne comprends toujours pas comment on peut savoir à quel moment on doit arrêter le découpement en différent fragment pour ddGTP.

[inviteefaf1d18]

pardon ils s'appeles les didésoxyribonucléosides = ddGTP ou ddATP...
pour le ddGTP si tu va couper la séquence d'ADN non transcrit , tu doit arrêter à chaque nucléotide C
Si tu va couper la séquence que tu trouvera à partir de la plaque d'électrophorèse , il faut arrêter à chaque nucléotide G

en fait , les didésoxyuribonucléoside ce sont des desoxyribonucléoside modifiés , n'ont pas un groupement hydroxyle en position 2' et 3' , absence de OH 3' empêche la polymérase d'ajouter un nouveau nucléotide , c pourquoi on obtient des fragments .

[invitec5debdc4]

Merci
Est ce que vous pouvez me dire quelles sont les caractéristiques d'une sonde pour Southern blot et comment se passe la détection par électrophorése après Southern blot. Je n'ai pas trop compris.

Encore merci

[invitec5debdc4]

S'il vous plaît aidez-moi.

[invitec9f0f895]

Salut

LA sonde par southern-blot doit etre complémentaire de la région ciblée (donc anti-parallèle). Elle doit etre aussi marquée soit par un isotope radioactif soit par autre chose pour etre detectable.
ensuite
tu fais l'electrophorese.
tu transferts sur une membrane (d'ou le terme "blot").
Tu bloque cette membrane pour éviter les attachements aspecifiques.
Tu ajoutes ta sonde, tu laisses incuber.
Tu laves pour éliminer toute la sonde non accrochée.
Tu révèles.

Yoyo

[invitec5debdc4]

Merci
J'ai un exo sur la drépanocytose et j'ai un souci pour trouver les profils électrophorétiques après Southern blot de trois échantillon d'ADN (normal, hétérozygote et homozygote) soumis à une analyse par Southern blot avec Mst IIet à une sonde moléculaire marquée à son extrémité 5' par 32p qui reconnaît spécifiquement la région À de 1,15 kb.

Merci de m'expliquer

[invite4dd695ef]

Bonjour takata75,

Vous trouverez ici le polycopié du cours de Biologie Moléculaire du cours de la Faculté de Médecine Pierre et Marie Curie : http://www.chups.jussieu.fr/polys/bi...och/index.html

Cordialement,

Jonathan.

[invite1f6b59a6]

Salut,

Juste pour apporter une précision. C'est que le codon initiateur (AUG) n'est pas n'importe quelle codon AUG. L'initiateur est toujours a l'interieur d'une séquence consensus qu'on appelle "séquence de Kozac".

Bonne journée.

[invitec5debdc4]

Merci beaucoup pour toutes vos réponses.
Juste une dernière question. J'ai un exxercice à faire il s'agit du numéro 2 du site:
http://fpt.univ-ibnzohr.ac.ma/TD4Biochimie.pdf

Voici mes réponses:
1. Base azotée purine, nom 2-amino-6-oxo purine.
2. Groupement C=O groupement aldéhyde ou est ce que il faut rajouter le H est dans ce cas il s'agit d'un groupement acétone et NH1 groupement amine. (je n'ai pas à faire le schéma)'
3. L1 liaison N-osidique, L2 et L3 liaison phosphodiester.
3. Liaison 3'5. Je ne vois pas la réponse de l'autre partie de la question.

Est ce que quelqu'un aurait la gentillesse de me dire si mes réponses sont justes et de m'expliquer ce que j'ai pas compris ?

Encore merci