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Design de sonde Taqman à partir d'une sonde FISH



  1. #1
    bifido2012

    Exclamation Design de sonde Taqman à partir d'une sonde FISH

    Bonjour,

    Je voudrais savoir s'il est possible d'utiliser une sonde FISH (ciblant le 16S de bacteroides) comme sonde Taqman pour la quantification de la bactérie, si oui, comment on fait s'il vous plait? Mon superviseur me demande d'utiliser la même séquence de la FISH (déjà publiée) pour la RT-PCR, mais aussi de designer des amorces de part et d'autre de cette séquence pour 1 PCR classique.
    pensez vous que cela est possible? est-ce que quelqu'un l'a déjà fait?
    Ma suggestion était de prendre la séquence de la sonde FISH, faire des blast et ressortir les séquences des régions 16S des bacteroides ssp., faire des alignements de séquences et ressortir une séquence consensus. A partir de cette séquence consensus, je pourrai designer la sonde Taqman et les amorces, mais il ne veut pas cette suggestion..
    Pouvez vous m'aider SVP?
    merci d'avance

    -----


  2. #2
    TanguyE

    Re : Design de sonde Taqman à partir d'une sonde FISH

    Bonjour,

    J'imagine que quand tu parle de RT-PCR, c'est bien real time PCR (et non pas rétrotranscription)?

    Quoi qu'il arrive il te faut des amorces de part et d'autre de la sonde pour la qPCR. Réutiliser la séquence de la sonde FISH pour une qPCR en Taqman, c'est une bonne idée, d'autant qu'elle est publiée. Donc oui il te faut faire un blast et aligner les séquences spp. mais uniquement pour designer les amorces vu que tu as ta séquence pour la sonde taqman. Ensuite, pour une PCR classique, tu reprends les amorces de ta qPCR et c'est parti.

    cdt

  3. #3
    bifido2012

    Re : Design de sonde Taqman à partir d'une sonde FISH

    Merci beacoup!!

  4. #4
    yag_1991

    Re : Design de sonde Taqman à partir d'une sonde FISH

    Bonjour !

    Un an après, je relance le sujet... Mais cette fois-ci à l'inverse.

    Je cherche un software permettant de designer des sondes polynucléotidiques pour réaliser un Gene-FISH ( et non pas un FISH taxonomique) à partir de séquences représentant une fonction qui m'intéresse (ici : hydrolase) sur des échantillons de biomasse complexe.

    Je crois en avoir trouvé un (ô joie !) mais il est destiné à élaborer des sondes pour Taqman. Peut-on utiliser celles-ci pour du FISH à votre avis ? Dans ce cas elles ne seront pas polynucléotidiques mais bon... Pour le moment, cet aspect importe peu.

    Je vous remercie d'avance !!

    Bonne journée

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