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constante d'ionisation d'un a-a-a



  1. #1
    hexagone333

    constante d'ionisation d'un a-a-a


    ------

    bonsoir !

    J'apprends la biochimie, pour l'instant, en autodidacte.

    Dans un livre (biochimie générale de J-H WEIL), je lis ceci au début de la page 8 :

    le groupe carboxyle.... peut céder un proton et il apparaît un anion :

    R-COOH <----> R-COO- + H+

    Le groupement aminé peut fixer un proton et former un cation

    R-NH2 + H+ <---> R-NH3+

    C'est la suite qui échappe à ma capacité de compréhension.

    Constante de dissociation K1 de la première réaction :

    K1 = ( [R-COO-] [H+] ) /[R-COOH] Normal !

    Mais on définit K2 comme suit :

    K2 = ( [R-NH2] [H+] ) /[R-NH3+]

    C'est là où je ne comprends plus. De quelle constante de dissociation parle-t-on ?

    De la dissocitaion (apparement) de R-NH3+
    Pourtant, ce que je vois dans la réaction, c'est plutôt de celle de R-NH2 qu'il est question, non ?

    Qu'est-ce que je n'ai pas compris ?


    Autre question ?
    Dans un autre bouquin, j'ai vu un tableau qui donne les valeurs des PKa et PKb des 20 a-a-a.

    A quoi correspond alors PKb ? Est-ce à -log(K2) ?


    a-a-a = acide alpha aminé

    -----
    Dernière modification par hexagone333 ; 09/12/2012 à 21h02. Motif: préciser une abbréviation

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  3. #2
    zarash

    Re : constante d'ionisation d'un a-a-a

    R-NH3+<---> R-NH2 + H+ : Il s'agit bien de la dissociation de R-NH3+ pour la constante K2.
    PKb c'est -log(Kb), Kb étant la constante de basicité

  4. #3
    hexagone333

    Re : constante d'ionisation d'un a-a-a

    Citation Envoyé par zarash Voir le message
    R-NH3+<---> R-NH2 + H+ : Il s'agit bien de la dissociation de R-NH3+ pour la constante K2.
    PKb c'est -log(Kb), Kb étant la constante de basicité
    ça ne répond pas très bien à ma question. Mais je me suis rendu compte que ma question n'était pas bien posée.

    Je vais poser une autre question dont la réponse me permettra d'y voir plus clair.

    Pourquoi me parle-t-on de dissociation de R-NH3+ alors que l'acide aminé possède la fonction amine R-NH2 ?

    pourquoi présente-t-on l'acide aminé avec les fonctions basique R-COO- et acide R-NH2 ?

  5. #4
    Htu

    Re : constante d'ionisation d'un a-a-a

    Bonjour.

    Les aminoacides suivent tous (sauf la proline) cette formule générale : R - CH - COOH (Il y a un NH2 lié en alpha au carbone en rouge.)
    Cette formule est présente 3 pages avant les constantes K1 et K2.

    Il faut te dire ensuite que dans la vraie vie, ces molécules vont être ionisées ou non selon leur environnement. On ne peut donc pas se dire que c'est figé. C'est pourquoi ton NH2 peut devenir NH3+ en fixant un proton !
    (On représente en général R-COOH- et R - NH2 car ce sont les formes très présentes dans les conditions physiologiques.)

    De ce fait, on peut parler de cette réaction : R - NH2 + H+ ---> R - NH3+.
    Et par le fait que le calcul d'une constance se fait sous la forme K = [R-NH2][H+] / [R-NH3+] (Càd 'côté gauche' sur côté 'droit') c'est normal qu'on se retrouve avec du NH3+ dans la constante K.
    (C'est donc la concentration en ion H+ qui va être responsable des proportions entre la forme ionisée et non ionisée.)

    J'espère que ceci t'as aidé dans la compréhension de cette ionisation des aminoacides.
    j'essayerai de le dire différemment si le doute persiste !

    Bonne journée !
    Dernière modification par Htu ; 14/12/2012 à 09h34.

  6. #5
    hexagone333

    Re : constante d'ionisation d'un a-a-a

    Je sais que cela fait un bail que je n'ai pas étudié. Mais autant que je puisses me souvenir, lorsqu'une molécule se dissocie, dans la formule de la constante de dissociation, c'est le pourcentage de la molécule de départ qui se trouve sous la fraction (dénominateur).


    Votre -NH2 qui se dissocie, sa concentration se trouve sur la fraction (numérateur).

    Je signale que ça fait 10 ans que j'ai quitté les études et j'ai passé tout ce temps à gérer ma petite entreprise de sécurité. Peut-être certaines choses ont changé en chimie. A moins que c'est mopi qui n'avait déjà pas bien compris. Mon niveau d'étude s'est arrêté à bac + 1 (4 mois avant la fin de ce niveau en fait).

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Htu

    Re : constante d'ionisation d'un a-a-a

    Re Hexagone 333.

    Pas de soucis, je vais essayer de reprendre la démarche en plus généraliste.

    Les constantes dissociation se calcul de la manière suivante :

    Prenons un composé de formule AxBy qui se dissocie en : Ax + By ---> xA + xB

    La constante sera : K = [A]x x [B]y / [AxBy].

    On a donc bien, au dénominateur, notre composé d'arrivé (R-NH3+) et au numérateur les composés de départ (R-NH2 + H+).
    (Pour notre cas, on a : A (Aminoacide non ionisé) + H+ --> AH+ (Aminoacide ionisé) d'où K = [A][H+] / [AH+] )

    (A = R-NH2
    AH+ = R-NH3+)

    J'espère t'avoir aidé dans la compréhension de cette constante.

    Bonne journée !
    Dernière modification par Htu ; 14/12/2012 à 11h08.

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  10. #7
    mariech

    Re : constante d'ionisation d'un a-a-a

    Salut !
    pour répondre à ta question, en espérant ne pas arriver trop tard, on te donne la constante de dissociation, et en effet, cela ne correspond pas à la réaction que l'on te donne, mais à la réaction inverse :
    réaction : aA+bB=cC+dD
    réaction inverse : cC+dD=aA+bB
    donc ici :
    réaction : R-NH2 + H+ <---> R-NH3+
    réaction inverse : R-NH3+ <---> R-NH2 + H+
    Cependant, pour trouver la constante de ta réaction, ce n'est pas bien compliqué. si on te donne une constante K d'une réaction et que tu veux celle de la réaction inverse, il te suffit de calculer 1/K, et tu obtient la constante que tu cherche. Et cela vaut pour tout type de réaction, pour les réactions acido-basiques, on te donne Ka (constante d'acidité) ou Kb (constante de basicité) et tu peux en déduire celle qui te manque par la formule Kb=1/Ka.
    j'espère t'avoir aidé !

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