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exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines



  1. #1
    tist

    Question exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines


    ------

    en fait C’est un tout petit peu compliqué, je vous explique.

    J’ai un exercice qui commence

    1°)par mettre en évidence que l’eucaryote tétrahyména ne reconnaît pas tous les codons stop, UAA et UAG codant pour la glutamine.
    Jusque là pas de problème.

    ensuite

    2°)on parle d’un virus (mosaïque de tabac) qui permet de produire, (avec un lysat de réticulocyte de lapin, système classique contenant tous les éléments nécessaires a la traduction des protéines in vitro )deux peptides à partir d’une seule séquence d’ARN messager, qui ont la même séquence NH2 terminale.Il faut expliquer.
    On peut donc penser au cas classique de deux épissages différents, avec un codon stop placé dans un intron pour un peptide, dans un exon pour l’autre.

    Mais ensuite on dit que

    3°)quand on rajoute de l’ARN de tetrahymena, on augmente la production de la grosse protéine, et que quand on ajoute du cytoplasme sans ribosomes, on produit exclusivement la grosse protéine.

    Au début j’ai pensé qu’un des codons stops devaient être un UAA ou UAG et que pour le deuxièùe peptide un UGA, normal chez tetrahymena, et que l’apport d’ARN de transfert expliquerait la difference .
    mais en fait si on regarde bien, si un des codons stop n’est plus reconnu, c’est pas une augmentation de la grosse proteine mais plutot la production d’une proteine encore nouvelle, qui ne se sera pas arretée au premier codon stop, et qui ,certes finirait par le deuxieme (celui qui stoppe le gros peptide, admettons), mais comporterait une région différente, la région non epissée et après le premier codon stop (j’espere etre un peu clair)

    alors j’ai pensé que , qui dit changement d’ARN, dit changement d’épissosome (constitué d’ ARN+protéines) qui modifierait les proportions des protides, mais ca ne me plait pas car ca n’utilise pas la question 1, et c’est tres peu precis.

    et ce n’est pas fini, il faut expliquer pqoi avec du cytoplasme sans ribosomes, c’est exclusivement la grosse que l’on produit.
    =>alors,qu’y a t-il de si important dans le cytoplasme qui ne soit pas des ARN ni des ribosomes ?l’appareil de Golgi ? et surtout qui viendrait inhiber completement la production de la petite protéine, c’est a dire empêcher les organites du lapin ?

    On sait par ailleurs qu’avec le lysat de reticulocyte de lapin, les ARN et le cytoplasme de Tétrahyména (sans ribosome), on arrive a traduire une sequence de tétrahymena

    La dernière question étant une synthèse : quels sont les composants essentiels apportés par les ARN et le cytoplasme de tetrahymena et absoulment requis pour la traduction de l’ARNm de tetrahymena ?

    Merci a ceux qui m’auront lu, et encore plus a ceux qui pourront m’aider…

    -----
    Dernière modification par piwi ; 26/03/2008 à 18h26.

  2. Publicité
  3. #2
    guy52

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    Bonsoir
    Citation Envoyé par tist
    2°)on parle d’un virus (mosaïque de tabac) qui permet de produire, (avec un lysat de réticulocyte de lapin, système classique contenant tous les éléments nécessaires a la traduction des protéines in vitro )deux peptides à partir d’une seule séquence d’ARN messager, qui ont la même séquence NH2 terminale.Il faut expliquer.
    les deux protéines ont la même séquence NH2 terminale. Le début de la traduction est donc identique pour ces deux protéines.

    c'est la fin de la traduction qui est différente.

    On te met un peu sur la voie en évoquant le codon UAG qui parfois n'est pas reconnu comme un codon stop.

    Fait également une recherche sur la translecture

    Bon travail et à bientôt

  4. #3
    tist

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    merci mais mon problème n'est pas là:

    pour le virus, la production des deux protéines se fait déjà en milieu NORMAL,avant d'ajouter tetrahymena,
    et je pense donc plutôt a l'epissage, qui se fait assez fréquemment de deux facons differentes chez les virus.

    en ce qui concerne le codon stop, je suis bien d'accord pour dire qu'il faut s'en servir, je le disais deja dans mon mail.

    le lien que j'ai du mal a faire est entre l'origine des deux peptides (epissage) et le changement induit oar tetrahymena (lecture de codon stop ou non).

    Independamment ca ne me pose pas de probleme mais c ensemble.

    en ce qui concerne la translecture, le terme n'apparait pas dans mon poly, on a juste évoqué la possibilité de reconnaître un terminateur de facon non systematique, mais la ca se situerait au niveau de la transcription, or les deux peptides sont produits a partir d'une meme sequence ARNm, la transcription a déjà eu lieu

    je suis donc un peu embêté, meme si en soi je comprends globalement ce qui se passe

    mais merci quand meme

  5. #4
    guy52

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    fait une recherche sur la translecture chez le virus de la mosaïque du tabac

    je cherche un lien de mon coté si tu ne trouves pas

    a quel niveau d'étude la réponse doit être faite? Lycée ? fac ?

    A plus

  6. #5
    guy52

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    vas voir ce petit schéma

    http://www.fsagx.ac.be/pp/Phytopat/P...#slide0027.htm
    aller à la diapo 11 les stratégies de traduction de l'ARN viral (IV)
    A plus
    Dernière modification par guy52 ; 05/01/2006 à 22h36.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    guy52

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    voir également

    http://www.igmors.u-psud.fr/rousset/tgs/PhDGS.pdf#search='translecture %20tmv'

    d'où j'ai extrait ce qui suit :

    "Il a été montré que la séquence CAA UAG CAA UUA, également conservée dans d’autres virus de plantes (cf. ci-dessous), était suffisante pour promouvoir 5% de traduction du codon stop mesuré avec un système rapporteur dans des protoplastes de tabac (Skuzeski et al. 1990).
    Une étude plus fine a montré que la séquence nécessaire et suffisante permettant un taux sauvage de translecture est UAG CAR YYA, où le codon stop peut être remplacé par UGA ou UAA mais avec trois fois moins de translecture (Skuzeski et al. 1991). Un ARNtTyr, avec un anticodon 3’AG5’ est capable in vitro de supprimer les stops UAG et UAA dans ce contexte (Zerfass et al. 1992). La cible de translecture du TMV a également été étudiée dans des systèmes hétérologues, comme des cellules de mammifères en culture, des extraits de réticulocytes de lapin ou de germe de blé. Ces études supplémentaires indiquent un rôle synergique du codon immédiatement en aval du stop : CAA. Dans le cas des cellules de mammifères en culture, le taux de translecture atteint est de 2% (J.-P. Rousset, M. Cassan, manuscrit en préparation); dans les réticulocytes de lapin, 31% en présence d’un ambre, 10% en présence d’un ocre et 69% pour un opale (Valle et al. 1992)."
    A bientôt

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  10. #7
    tist

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    merci tu as raison je me suis renseigné c'est de la translecture.

    mais alors elle se passe déja en milieu naturelle, et est amplifiée, en presence de tetrahymena, par sa non reconnaissance de certains codons stop, c'est ca?

    et la différence entre rajouter que de l'ARN ou tt le cytoplasme, c'est quoi exactement? (rappel: dans l'experience, ajouter de l'ARN tetrahymena augmente la production du gros peptide, et ajouter en plus le cytoplasme conduit a sa production exclusive)

    merci bien en tt cas, je suis en ecole d'ingenieur, bac +3 mais c'est le premier module de biologie moléculaire, qui n'est pas non plus extremement poussé (13h de cours en tt pour tt voir)

  11. #8
    guy52

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    c'est de l'ARN de transfert de tetrahymena que tu ajoutes ?

  12. #9
    tist

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    dans l'énoncé : "ARN de tetrahymena", pas precise lequel, donc tous a mon avis, a nous de voir lequel a une consequence.
    puis dans un deuxieme temps, on ajoute en plus du cytoplasme de tetrahymena, sans ribosomes

  13. #10
    Vinc

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    Bon alors là je crois qu'il faut vraiment que Yoyo vienne faire un tour sur ce fil........................... ....
    Primum non nocere.

  14. #11
    Yoyo

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    Salut

    Merci vinc de me servir de publiciste

    Le codon stop UAG du TMV est un codon stop situé dans un contexte (nucleotides entourant le codon stop) qui va faire que naturellement (sans ARNt suppresseur) le ribosome va etre capable d'incorporer un ARNt. Alors biensur ca n'est pas du 100% car l'anticodon de ces ARNt n'est pas parfaitement adapté au codon stop. Mais ca marche pas si mal que ca (5% dans les cellules de plantes, 30% chez la levure par expl).

    Donc pour en revenir a l'exo.
    Tu ajoutes des ARN de tetrahymena, donc en fait tu y ajoutes surtout des ARNt glutamines capables de reconnaitre le UAG. D'ou l'augmentation importante de la production de la grande protéine par suppression du codon stop. Mais cette suppression n'est pas efficace a 100%, car il y a toujours les facteurs de terminaison de la traduction (eRF1 et eRF3) qui permettent d'arreter la traduction a l'UAG.

    Maintenant tu rajoutes en plus un extrait du cytoplasme de tetrahymena, et la ce que tu apportes en plus c'est justement les facteurs de terminaison de tetrahymena, qui eux ne sont pas capables de reconnaitre le codon UAG (vu que chez tetrahymena ca n'est pas un codon stop, les facteurs de terminaison ont divergé pour ne plus reconnaitre le UAG). D'ou la synthese a quasiment 100% de la forme longue de la protéine.

    Yoyo

  15. #12
    guy52

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    Bonjour,
    merci Yoyo pour cette explication claire et limpide

    j'ai compris

  16. Publicité
  17. #13
    tist

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    petite nuance, ou autre possibilité pour ceux que ca interesse (désolé de repondre que mtnt, au fait merci encore, j'ai recu mon devoir)
    pour la toute derniere question, ce ne seraient pas les facteurs de terminaison, pas spécifiques d'apres lui, et puis il y avait une autre raison je crois,(je me rappelle plus désolé),mais d'apres lui les mainoacyl-ARNt synthétases, qui sont alors régénérés et ne sont pas limitants

    voila...

  18. #14
    Yoyo

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    Salut

    Merci de revenir
    Que veux-tu dire par "pas spécifiques?"

    En tout cas désolé mais les aa-ARNT synthétases ne sont jamais limitantes dans un systeme in vitro (principalement car on ne produit jamais assez de protéines pour épuiser les tRNA). Par contre en effet, il peut y avoir une explication que seules les aa-ARNT de tetrahymena sont capables de charger l'ARNt suppresseur qui proviens lui aussi de tetrahymena...maintenant cela est infirmé par le fait que l'ajout seul du tRNA permet une forte stimulation de la translecture. Ceci implique que le tRNA est chargé correctement par les aa-ARNt deja presentes dans le milieu. Je serais tres surpris que le chargement de ce tRNA soit l'etape limitante dans la translecture...en tout cas je n'ai jamais observé cela

    Yoyo

  19. #15
    tist

    Re : exercice sur la traduction et la biosynthese des protéines

    "Que veux-tu dire par "pas spécifiques?""

    a priori, que les facteurs de terminaison des uns peuvent marcher chez les autres, je pense que c'est cela qu'il voulait dire (le prof).
    la preuve que ca se joue pas a ce niveau, c peut etre que dans toutes les exp on travaille avec des ribosomes de lapin, et que ca ne pose jamais de pb, donc apparemment il reconnait tous les facteurs de terminaison

    pour le côté limitant, c'est juste que si tu rajoutes de cytoplasme, tu augmentes les aa ARNT synthetases et donc tu augmentes considerablement la production de la grosse protéine car "l'elongation depend de la vitesse a laquelle le ribosome est approvisionné en aa ARNt" (ca c dans mon cours).
    dans l'exp precedente, tu rajoutes des ARN, donc des ARNT, qui sont specifiques de tetrahymena ce qui explique la plus grande production de la grosse, mais a court terme seulement je pense (la je pense que l'enoncé aurait dû etre plus complet, mais c tjs le gros problème en bio a mon sens,quand on connait la réponse on arrive a expliquer tous les parametres d'une exp, en revanche quand on la cherche, il y a plusieurs reponses possibles a priori, sauf que ca le correcteur y fait pas forcément attention)
    bref parenthèse fermée, donc là tt de vient plus clair je crois.

    t'es ok?

  20. #16
    moi6777

    Exercice de biochimie analyse d'un peptide

    Bonjour, j'ai un exercice de biochimie mais je n'y arrive pas...merci de votre aide

    On sait que le peptide est un hexapeptide constitué des acides aminés suivants : Arg, Ala, Val, Leu, Phe, et Tyr.
    Différentes strastégie sont développées pour établir la séquence du peptide.
    - la méthode a l'aminopeptidase permet de caracteriser l'alanine
    - L'hydrolyse trypsique conduit a 2 tripeptides dont l'un est constitué d'Ala , Arg, Tyr
    - L'hydrolyse partielle conduit a un melange de peptides :
    > p1 constitué d'Arg et Phe
    > p2 constitué de Leu et Val
    > p3 constitué de Phe, Leu, et Arg

    >> en deduire la séquence du peptide

    mercii de vos reponse

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