Bonjour,
Je voudrais créer des amorces pour amplifier un gène en PCR.
Je dispose de 4 séquences de ce gènes chez 4 espèces (d'un invertébré marin). J'utilise donc le logiciel "Bioedit" afin d'aligner ces séquences et créer une séquence consensus. Cependant, lorsque j'utilise cette séquence consensus dans "Primer 3", il me dit qu'il y a des bases non reconnues dans ma séquence. En effet, voici le début de ma séquence consensus :
GMWTCWKYRAGTWYYTCAAGRAKGCVK... .
Je comprends tout à fait la présence de ces bases W, Y, M, R, mais comment puis-je faire alors pour créer mes amorces ?
Suis-je donc obligé d'utiliser la séquence de ce gène chez 1 seule espèce ?
Merci d'avance pour votre aide
-----