Petits ARN en tout genre...

[invite5a6a3585]

Bonjour à tous !

Les petits ARN sont très à la mode en ce moment : siARN, miARN, tncARN, smARN... Il ne se passe pas un mois sans voir de très nombreux articles publiés dans les plus grandes revues.

Je me pose toutefois la question suivante : comment pourrait-on essayer de les trouver à "haut débit" dans le génome, c'est à dire directement à l'aide de la bioinformatique ? Du fait de leurs tailles, ils sont généralement mis de côté par les modèles de Markov, par exemple...

Auriez-vous des idées là-dessus ?
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[P'tite_fleur]

Il me semble qu'ils ont une structure en tige-boucle, ou épingle à cheveux, dont la structure doit être reconnaissable par bioinfo.

[Yoyo]

Salut

Les snRNA ont en effet une structure secondaire en tige boucle, mais ca n'est pas le cas de tous.

Yoyo

[invite5a6a3585]

On pourrait utiliser les structures en épingle à cheveux, mais cela ne correspond pas à tous, en effet. Je me demande si ce n'est pas d'ailleurs ce qu'utilise le Sanger Center pour son atlas.

Savez-vous par contre si les séquences de ces petits ARN sont situées dans le non-codant ou dans le codant (au niveau des introns, par exemple) ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[Yoyo]

Savez-vous par contre si les séquences de ces petits ARN sont situées dans le non-codant ou dans le codant (au niveau des introns, par exemple) ?

par definition ils sont situés dans des regions codantes (puisqu'il y a synthese d'un ARN ), mais qui peuvent etre des regions ancienement non codantes avant qu'on ne les detecte.
SInon on les retrouve aussi dans les introns

Yoyo