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taille du génome.




  1. #31
    noir_ecaille

    Re : taille du génome.

    @ ansset, toutes les espèces ont la même "ancienneté"

    En revanche je crois que plus l'espèce subit son environnement, et plus cette environnement est fluctuant, plus elle devra multiplier les "kits" enzymatiques pour répondre à ces fluctuations.

    Si les batracien ont un plus long génome que bien des mammifères, c'est peut-être d'une part parce qu'ils sont ectothermes. Je serais curieuse de connaître la longueur du génome de la seule chèvre à sang froid connue vis à vis de ses cousine A contrario, les plus petits génomes connus appartiennent à des bactéries parasites obligatoires de la muqueuse génitale dont j'ai oublié le nom.

    Pour moi ce serait : plus on a besoin de protéines différentes (ex : différents kit enzymatiques pour différents environnements et conditions), plus il y a de chanced que le génome soit long, même en incluant de l'épissage ou des recouvrements de séquence. Après ce n'est que mon analyse personnelle

    -----

    Dernière modification par noir_ecaille ; 21/02/2013 à 19h26.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

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  3. #32
    Svenn

    Re : taille du génome.

    Chez les eucaryotes supérieurs, il ne faut pas oublier qu'une partie importante du génome est squattée par des éléments transposables qui n'apportent sans doute pas grand chose à leurs hôtes à de rares exceptions près. Chez l'homme, c'est 45% du génome et ça peut varier assez fortement même entre espèces proches. Chez la souris, c'est 35% et si on fait le calcul, les transposons expliquent quasiment à eux seuls la différence de taille de génome par rapport à l'homme.

  4. #33
    Geb

    Re : taille du génome.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    A contrario, les plus petits génomes connus appartiennent à des bactéries parasites obligatoires de la muqueuse génitale dont j'ai oublié le nom.
    Mycoplasma genitalium (582970 paires de bases, 521 gènes connus, dont jusqu'ici 482 codants pour des protéines).

    À mon avis, le caractère parasite de l'eubactérie M. genitalium devrait l'exclure de notre discussion. À sa place, je verrais bien l'eubactérie Pelagibacter ubique (1308759 paires de bases, 1389 gènes, 1354 protéines), ou à la rigueur, l'archée Ignicoccus hospitalis (1297538 paires de bases, 1434 gènes codants pour un nombre encore indéterminé de protéines). Bien que pour cette dernière, sa symbiose avec Nanoarchaeum equitans devrait logiquement l'exclure aussi.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 21/02/2013 à 20h28.

  5. #34
    noir_ecaille

    Re : taille du génome.

    Que nenni, Geb !

    C'est justement le point que je veux souligner : du fait de la symbiose, ces organismes bénéficient d'un environnement et de conditions plutôt stable à très stables. Dès lors, il n'y a sans doute guère besoin de multiplier les kits enzymatiques pour effectuer une même tâche -- d'où de probables délétions et une optimisation taille du génome (et de son propriétaire)/utilisation des gènes.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  6. #35
    Geb

    Re : taille du génome.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Dès lors, il n'y a sans doute guère besoin de multiplier les kits enzymatiques pour effectuer une même tâche -- d'où de probables délétions et une optimisation taille du génome (et de son propriétaire)/utilisation des gènes.
    À ma connaissance, Nanoarchaeum equitans est un symbiote uniquement chez Ignicoccus hospitalis. Les parasites comme Carsonella rudii (159662 paires de bases), Nanoarchaeum equitans (490885 paires de bases), ou Mycoplasma genitalium (582970 paires de bases), ne bénéficient pas uniquement d'une homéostasie environnementale (conditions de pression, de température, de pH, etc...), c'est bien là le problème.

    Ces derniers "volent" aux cellules qu'ils infectent une grande partie des composés essentiels (des acides gras, des acides aminés, etc...) dont ils ont besoin, simplement parce que leurs génomes ne codent plus pour les enzymes aidant à la production de ces composés pourtant indispensables à leur survie. Ils ont "perdu" une grande partie des voies métaboliques nécessaires à la vie.

    Ce n'est pas du tout comme, par exemple, Escherichia coli, qui est capable de vivre "à l'abri" chez l'homme ou de manière complètement indépendante "dans la nature".

    De ce point de vue, il ne devrait pas entrer dans notre raisonnement selon moi, du moins dans le cadre de cette discussion. Évidemment, je laisse à ansset le soin d'en juger.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 21/02/2013 à 22h59.

  7. #36
    noir_ecaille

    Re : taille du génome.

    Je crois comprendre ton point de vue et sa logique : ces organismes dépendant plus ou moins du métabolisme d'un hôte n'ont pas nécessairement une évolution "classique" de leur génome.

    D'un autre côté, nous volons nous aussi ces composés aux organismes que nous consommons. Parce que nous ne savons pas les produire pour une plus ou moins grande part. Ce qui m'intéresse c'est moins la dépendance chimique que l'homéostasie environnementale -- et à part chez les parasites, je ne vois aucun autre contexte ou retrouver une stabilité si particulière. Quoique...

    Il existe à très grande profondeur un eucaryote : Halicephalobus mephisto. Je suppute que ses conditions de vie sont proches sinon équivalentes à un environnement homéostatique. J'ignore par contre si son génome est conséquent...


    Quelqu'un connaîtrait un cas similaire mais avec en plus la longueur du génome ?
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  8. #37
    Geb

    Re : taille du génome.

    Effectivement, le nématode Halicephalobus mephisto ne fait pas encore parti de la liste des organismes eucaryotes (149 à l'heure actuelle) dont les génomes ont été complètement séquencés. Il y a, pour l'instant, seulement 6 espèces de nématodes dans cette liste :

    - Pristionchus pacificus (169 Mbp),
    - Caenorhabditis briggsae (104 Mbp),
    - Caenorhabditis elegans (100 Mbp),
    - Brugia malayi (90 Mbp),
    - Meloidogyne incognita (86 Mbp),
    - Meloidogyne hapla (54 Mbp).

    Cordialement.

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  10. #38
    noir_ecaille

    Re : taille du génome.

    Les trois derniers sont des parasites, ce qui expliquerait la taille relativement modeste de leur génome.
    Je n'arrive pas à ouvrir le seul PDF que j'ai déniché sur Pristionchus pacificus. Qui connaît son écologie ?
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  11. #39
    ansset

    Re : taille du génome.

    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    De ce point de vue, il ne devrait pas entrer dans notre raisonnement selon moi, du moins dans le cadre de cette discussion. Évidemment, je laisse à ansset le soin d'en juger.

    Cordialement.
    Oulaala ! loin de moi.
    je suis cette discussion avec grand intérêt , et quelques efforts c'est déjà pas si mal !

    je suis tombé la dessus.
    peut on tirer qcq chose ?
    http://cgdc3.igmors.u-psud.fr/genetique/chap2n.html

    merci à tous

  12. #40
    toothpick-charlie

    Re : taille du génome.

    l'acquisition du mode de vie parasite s'accompagne de la perte de fonctions (puisqu'elles sont remplies par l'hôte) et donc à terme de la perte des gènes correspondants. Je crois qu'il y a un consensus là-dessus. En un sens, le génome du parasite est "délocalisé" chez l'hôte.

    mais on peut retourner la question : dans le cas où certaines fonctions utiles à l'hôte sont accomplies par le parasite (ou plutôt symbionte dans ce cas), on peut considérer que les gènes du parasite sont une partie de génome de l'hôte délocalisé. C'est le cas chez l'homme, qui héberge des bactéries dans son tube digestif, et donc on devrait peut-être considérer le génome de ces bactéries comme une partie du génome de l'homme.

  13. #41
    ansset

    Re : taille du génome.

    merci toothpick, celà me semble très pertinent.

  14. #42
    toothpick-charlie

    Re : taille du génome.

    j'ai écrit "symbionte" mais je voulais dire "commensal".

  15. #43
    Geb

    Re : taille du génome.

    Je peux me tromper, mais il me semble qu'en français on dit "symbiote". Par contre, en anglais on dit "symbiont", ce qui le range parmi les erreurs communes des francophones habitués à la lecture des publications en anglais, au côté de "to assume" qui devient "assumer" ou "evidence" qui devient "évidence". J'imagine que la liste est encore longue (et intéressante).

    Cordialement.

  16. #44
    ansset

    Re : taille du génome.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    @ ansset, toutes les espèces ont la même "ancienneté"
    :
    bonsoir,
    n'est ce pas un peu une figure de rethorique ?
    dans la littérature on parle, il est vrai, d'"espèces primitives"

    tu ne m'as pas dit ce que tu pensais du lien que j'ai mis plus haut.
    car je n'ai pas saisi ce qu'était le paradoxe C.

    cordialement.
    Dernière modification par ansset ; 22/02/2013 à 18h17.

  17. #45
    toothpick-charlie

    Re : taille du génome.

    je pense que d'un trait on peut dire qu'il est "primitif" ou "évolué" mais d'une espèce ça me semble moins clair, en tout cas pour une espèce actuelle (pour une espèce disparue c'est différent, on peut parler de mammifère primitif pour une espèce du Trias par exemple)

  18. #46
    noir_ecaille

    Re : taille du génome.

    Je rejoins toothpick-charlie. Autant on peut qualifier un trait ou une caractéristique de primitif, mais concernant l'espèce ce serait nier les lois de l'évolution (dérive génétique + sélection entre autre).

    Un trait sera qualifié de primitif s'il est partagé par plusieurs espèces d'un même phylum. Ce trait sera d'autant plus primitif :
    - qu'il sera apparu tôt dans la lignée
    - qu'il sera conservé/partagé au sein d'un grand nombre de subdivisions
    - qu'il aura peu changé au fil des générations et sélections dans les différentes lignées.

    Par exemple on peut considérer la colonne vertébrale comme un trait primitif parmi tous ceux qui nous caractérisent en tant qu'espèce -- simplement parce qu'on le retrouve parmi tous les chordés de façon systématique et très peu différencié. Par contre le coccyx est apparu plus tard dans la lignée, c'est donc un trait évolué par rapport à la colonne vertébrale. Et d'un autre côté le coccyx est un caractère primitif au regard du gros orteil non opposable aux autres orteils.

    Autre point important : un trait n'est primitif que de façon relative -- relativement à d'autre trait et à l'antériorité des uns et des autres.
    Dernière modification par noir_ecaille ; 22/02/2013 à 20h21.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  19. #47
    ansset

    Re : taille du génome.

    je n'y peux rien, c'est le terme que je retrouve partout dans les lectures.
    s'il n'est pas adéquat, oubliont le.

    mais sur notre grand arbre il y a quand même des branches objectivement plus tardives que d'autres.
    dans leur classification. et ce , sans remettre en cause la théorie de l'évolution. ( pas d'apparition ex nihilo encore que : pour les virus ? )

    de surcroit , définir une espèce de primitive par le fait qu'elle est disparue, me sembletrès étrange.

  20. #48
    noir_ecaille

    Re : taille du génome.

    On est d'accord que toutes les espèces passées, qu'elles aient ou non laissé une descendance jusqu'à nos jours, sont primitives par rapport aux espèces actuelles.

    Ensuite, comme vous le dites vous-même, certains phyla ont une apparition antérieure à d'autres -- mais à époque égale, toutes les espèces avaient la même ancienneté d'évolution, qu'elles soient issues d'un phylum stable dans le temps ou même récent. Pourquoi ? Simplement cause de la dérive génétique. Le mécanisme en oeuvre ? Les erreurs spontanées de recopie de l'ADN polymérase, les maladies infectieuses, et dans une certaine mesure l'épigénétique

    En effet, même dans un phylum apparemment stable au fil des générations, on remarque le phénomène de vicariance -- de petits changements ici et là. Donc un sujet pris à -100ma n'est pas le même ni même équivalent à un sujet pris à -120ma. De fait on ne peut donc pas qualifier cette espèce de plus "primitive" que ses contemporaines, mais simplement que ce taxon (cette "branche") présente une stabilité dans le temps profond. De fait, son apparition est ancienne. Mais l'espèce, elle, reste aussi moderne que ses contemporaines

    En fait, pour analyser le phénomène, il faut prendre des phyla ayant une looonnngue histoire évolutive -- pour vraiment se rendre compte qu'ancienneté d'apparition ne signifie pas "espèce primitive" Si je devais illustrer, il suffirait de comparer l'âge d'apparition des requins et leur forme actuelle. Autant le taxon est ancien (et stable), autant les archives passées nous montrent que la dérive génétique et la sélection ont fait leur oeuvre. Autre taxon : les crocodiles -- même constat.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  21. #49
    ansset

    Re : taille du génome.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    On est d'accord que toutes les espèces passées, qu'elles aient ou non laissé une descendance jusqu'à nos jours, sont primitives par rapport aux espèces actuelles.

    .........
    En fait, pour analyser le phénomène, il faut prendre des phyla ayant une looonnngue histoire évolutive -- pour vraiment se rendre compte qu'ancienneté d'apparition ne signifie pas "espèce primitive" Si je devais illustrer, il suffirait de comparer l'âge d'apparition des requins et leur forme actuelle. Autant le taxon est ancien (et stable), autant les archives passées nous montrent que la dérive génétique et la sélection ont fait leur oeuvre. Autre taxon : les crocodiles -- même constat.
    bien d'accord.
    c'est la correlation eventuelle entre la taille du génome et l'age du taxon.
    mais aussi avec la "complexité" du sujet ( horreur car difficile à définir )

    mais je regrette que vous n'ayez pas regardé le lien que j'avais mis au début.

    quand au paradoxe C, j'ai trouvé et enfin compris !! ouf
    Dernière modification par ansset ; 23/02/2013 à 16h32.

  22. #50
    noir_ecaille

    Re : taille du génome.

    Si vous parliez du lien au message #39, je n'appelle pas ça "au début" -- un peu perturbant en fait ^^;

    Après il s'agissait peut-être de la définition du paradoxe C qui vous manquait ? J'avoue que je ne connaissait pas cette appellation en fait (j'ai dû chercher...), même si j'ai déjà lu quelques articles à ce sujet.


    Je crois moyennement à une corrélation âge/longueur toute simple. Pour moi ce n'est pas un facteur suffisamment sélectif pour systématiser une simplification du génome ou au contraire une complexité croissante.

    Par contre, pour expliquer le paradoxe C, je n'ai que l'idée intuitive que j'ai soumise : grands génomes = multiplication des kit enzymatiques parce que nécessité de s'adapter à plus de fluctuations des conditions environnementales.

    A ce titre, il serait intéressant par exemple intéressant de comparer les longueurs des génomes poïkilothermes et ectothermes d'espèces occupants des niches voisines ou similaires. Comme lézard de muraille et musaraigne ?... Ou requin blanc et épaulard ?... Autres espèces plus proches dans leur comportement ?
    Dernière modification par noir_ecaille ; 23/02/2013 à 17h31.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  23. #51
    mh34

    Re : taille du génome.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    A ce titre, il serait intéressant par exemple intéressant de comparer les longueurs des génomes poïkilothermes et ectothermes d'espèces occupants des niches voisines ou similaires. Comme lézard de muraille et musaraigne ?... Ou requin blanc et épaulard ?... Autres espèces plus proches dans leur comportement ?
    Tiens, si tu veux t'amuser à chercher...
    deux bases de données ( que je connais, mais il doit y en avoir d'autres....)
    http://www.ensembl.org/index.html
    http://genomebrowser.wustl.edu/
    νοὗσοι δ'ἄνθρώποισιν φέρουσαι σιγῇ, ἔπει φωνὴν ἕξειλετο μητιστα Ζεύς

  24. #52
    noir_ecaille

    Re : taille du génome.

    Petit comparatif pour ce que j'ai pu glaner :
    - musaraigne (Europe, ici) : 1.83 Gb à 2.93 Gb
    - lézard anole (USA) : 1,78 Gb
    - diamant mandarin (Australie) : 1,2 Gb

    En me basant sur les faits que ces espèces sont insectivores et ont chacune une ère de répartition assez vaste.

    Ici c'est le mammifère qui a le plus gros génome. Par contre c'est l'oiseau qui a le plus petit. Compte tenu que le lézard et l'oiseau sont tout deux des diapsides alors que la musaraigne est un synapside, ils sont donc phylogénétiquement plus proches entre eux qu'avec la musaraigne. Côté comportements, l'oiseau et la musaraigne élèvent leur petits. Placentalia/eutheria et Aves sont deux clades ayant comparativement la même ancienneté (160 ma) -- par contre je n'ai pas réussi à dénicher l'ancienneté des squamata.

    Faites par de votre analyse
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  25. #53
    Geb

    Re : taille du génome.

    Citation Envoyé par mh34 Voir le message
    Tiens, si tu veux t'amuser à chercher...
    deux bases de données ( que je connais, mais il doit y en avoir d'autres....)
    http://www.ensembl.org/index.html
    http://genomebrowser.wustl.edu/
    Moi j'utilise souvent GOLD (Genomes OnLine Database) et les serveurs du National Center for Biotechnology Information (ils ont aussi la base de données de génomes viraux la plus régulièrement actualisée à ma connaissance) :

    http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/index.cgi
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

    Bon courage ! D'habitude je suis ce genre de défi de recherche, mais pas aujourd'hui...
    Dernière modification par Geb ; 23/02/2013 à 18h58.

  26. #54
    ansset

    Re : taille du génome.

    je dérive peut être un peu , mais pas forcement.
    je parle d'un exemple d'evolution génétique de l'homme. la mutation delta 32.
    dans mes lectures, on écrit que les principales évolutions génétique sont "invisibles",( d'un point de vue phylogénique, je suppose ) mais qu'elles continuent.
    trois conditions :
    mutation
    selection naturelle
    et...
    isolement relatif initial des populations pour enclancher sa diffucion.
    si elle est trop dilluée au départ, elle disparaitra.

    or, le delta 32 apporte semble-t-il une meilleure resistance au sida.
    curieusement 13% des européens sont concernés ( chance ) et très peu d'africains.

    elle serait originaire de la resistance aux épidémies de variole.
    fin du HS.

    cet aparté pour renforcer l'idée que l'étude des virus est essentielle pour l'évolution du génome humain.
    Dernière modification par ansset ; 25/02/2013 à 16h56.

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