La génomique structurale !

[Karim Ch]

Bonsoir à tous,
j'ai un du mal à employer les bases de la génétique qui sont utiliser dans la génomique structurale ( je ne les maitrisé pas avant :/ ) . Premièrement pour être sur de mes connaissances sur ce petite discipline de la génétique, la génomique structurale s'occupe à déterminer la structure du génome en visualisant les différentes "types" de gènes qu'il possède et les autres parties non codante du génome. pour cela on utilise des méthodes qui vont nous cartographie le génome ( je px dire qui vont nous "imprime ce génome avec ses différentes parties sur une papier"?) par des méthodes à résolution croissante (ça veut dire que la première méthode fait décrire une partie, la seconde s’intéresse à nous donne une description plus détaillé de la partie précédente ?).

La première chose qu'on fait : c'est la assignation des gènes qu'on veut à des chromosomes précis (comment on réalise ça alors qu'on connait pas encore la structure du gène?).
Après, une carte génétique, c'est une détermination relative de distance entre deux gènes en observant le fréquence de recombinaison. ce dernier est obtenu par un croisement! nous croisons quoi là , qui avec qui ??? je n'ai rien compris comment ce fréquence est utilisé pour la carte génétique. à quoi sert la détermination de la distance entre deux gènes dans la recherche d'une gène ? je suis désolé pour ces questions, mais je suis obligé
Après, on passe à la carte physique qu'elle consiste d'abord à détérminer également la distance entre les locus en paire de base et puis à cloner tous le génome sous formes de séquence chevauchants par utilisations d'enzymes de restriction..... Mais pk cloner tous le génome tandis que, ce que nous intéresse c'est qu'un seul gène?! et Pk on coupe le génome sous forme de contigs pour le reformé plutard comme un puzzle ?
(Donc, une détermination de distance entre les gènes, colange du génome... ou est le gène qui nous intéresse dans tous ça !? JE N'ARRIVE PAS A FAIRE LE LIEN ENTRE LA CARTE PHYSIQUE, GENETIQUE, RESTRICTION ET LA GENOMIQUE STRUCTURALE !)
Après il vient le SÉQUENÇAGE, c'est la seule chose qui m'apparait logique . J'AI BESOIN DE VOS AIDES, j'ai fait bcp de recherche sur google mais je n'ai pas trouvé ce que je vous pose là comme questions, et j'espere bien qu'en comprenant ce souci je pourrai comprendre mieux la génomique fonctionnelle psk également j'ai plein de questions là dessus.


Je vous remercie par avance
Cordialement, A+
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[Karim Ch]

SVP, y une explication ?

[dina1989]

bonjour, j'espère que je peut vous aider parce que c'est pas ma spécialité mais voila un extrait d'un cour que j'ai trouvé peut être vous aidez:
la cartographie génétique basée sur l'analyse de ségrégation consiste à positionner les gènes les uns par rapport aux autres sur l'ensemble du chromosome.
la cartographie physique cherche à déterminer la distance réelle en nucléotides entre locus et a pour objectif ultime le séquençage complet du génome.
la cartographie meiotique par recombinaison est une technique utilisée en génomique.elle est basée sur l'analyse des fréquences de recombinaison dans les croisements entre les hybrides et les multihybrides.
il est simple de croiser une souche portant le nouveau allèle a cartographie avec un ensemble de souches portant des marqueurs situés à différents endroits de génome et d'entant connait la position chromosomique.
l’établissement d'une carte de liaison est un procédé basé sur la faite que la fréquence de recombinaison entre deux gènes est proportionnelle à la distance qui les.
la recombinaison est un processus qui génère un produit haploide différentdes deux génotypes haploides parentaux
Parents AB + ab
Gametes A B a b
Recombinants Ab aB
pour établir une carte de liaison on ne considère que les crossing over qui ne sont pas sœurs
le mécanisme de crossing over fait que le survenu d'individus recombinants est toujours inférieur à 50% indiquant que l'allèle et les marqueurs qu'on utilisé sont liés et par conséquent sur le même chromosome.
l'unité de cartographie représente une fréquence de recombinaison de 1% cad la distance entre deux gènes pour qu'un produit de meiose sur 100( meiose ou recombinaison meiotique soit recombinant).
A et B=5cM
A et C=3cM la distance entre chaque deux gènes
B et C=2cM
donc la position des gènes est A, C, B
merci

[biseibutsu]

Bonjour,

Pour ma part, je ne peux pas répondre à toute tes questions, juste aux dernières. Cependant, les définitions de dina1989 me semblent cohérentes.

Après, on passe à la carte physique qu'elle consiste d'abord à détérminer également la distance entre les locus en paire de base et puis à cloner tous le génome sous formes de séquence chevauchants par utilisations d'enzymes de restriction..... Mais pk cloner tous le génome tandis que, ce que nous intéresse c'est qu'un seul gène?! et Pk on coupe le génome sous forme de contigs pour le reformé plutard comme un puzzle ?

En fait, ce qui tu résumes ici est la méthode utilisé par les celera genomics pour séquencer le génome complet. Et donc pas un unique gène.
Ils ont donc coupé, puis cloné chaque fragments de l'ADN humain (en usant à la fois d'enzyme de restriction et de séquences chevauchantes) dans des vecteurs d'expression standardisé, qu'ils ont fait séquencé (si je me souviens bien, à l'époque, il fallait faire une 20 de run -pas sur du chiffre, si quelqu'un peut confirmer- pour être un peu près sûr du séquençage des 500 premières paires de bases). Une fois le brin d'ADN séquencé, il "suffisait" de raccommoder informatiquement le génome grâce au parties chevauchantes. Cette méthode est très rapide (surtout avec des centaines de séquenceur haut débit), mais ils ont eu des problèmes à cause des séquences hautement répétées (type centromère), car impossible de savoir le nombre de répétitions... Et ils ont donc utilisé les données du consortium européen pour finaliser leur séquençage.
Maintenant, cette étude a permis de découvrir plein (on en découvre encore) de gènes, ou candidat de gènes. Informatiquement. Différent de la pratique
Bref, la carte physique est la carte qu'utilise le bio-informaticien (et le chercheur) pour trouver et comparer la séquence primaire de gène, ou leur contexte (proximité de tel séquence promotrice, inhibitrice...). Et c'est avec cette carte physique qu'est construit la carte de restriction.
La carte génétique est utilisé en... génétique. Suivant la distance par recombinaison, il est possible de "dater" l'apparition ou la mutation de tel ou tel gène. Cela nécéssite encore de connaitre la carte physique (je crois). Mais je pense que d'autre personne sauront mieux te répondre que moi sur ce sujet.

En espérant avoir pu aider

[A voir en vidéo sur Futura]

[Karim Ch]

Merci à vous les deux,
ça m’aidera pour rapprocher au résultats
Dina, tu m'a donné le contexte générale. Le croisement est facile pour les cas des bactéries.. mais pour la carte génétique chez l'homme ? comment ça ce passe-t-il ?

biseibutsu : donc la carte physique est plus utilisé dans le cas de séquençage du génome complet mais PK on utilise la utilise pour trouvé un seul gène alors que la carte génétique peut nous en donner ?
merci

[biseibutsu]

Il y a 20 ans, je t'aurais dis aucun.
Mais depuis 10 ans, nous disposons du génome humain complet. Donc pourquoi s’embêter à utiliser une carte génétique (avec ses approximations) plutôt que la carte physique? Surtout que celle-ci fait partie du patrimoine de l'humanité, c'est à dire que tout le monde peut y accéder gratuitement pour y faire des recherches. Et les outils sont mis à disposition gratuitement également (option de recherche et puissance de serveur), comme ENSEMBL. Ainsi, même si tu n'as qu'une petite portion de ton gène qui a été séquencé, tu peux réaliser un BLAST (une comparaison de séquence) afin de trouver le gène (ou les gènes) correspondant, avec le contexte autour. Le gros avantage, c'est que si ton gène est présent en multiplie copies, mais avec délétions ou autres différences, tu vas tous les trouver (avec un score moins élevé), ce qui peut être plus difficile de trouver avec une analyse de la carte génétique (même si je ne connais pas la précision finale de cette carte).
De plus, si tu ne travailles pas sur un organisme humain, ce n'est pas très grave : tout les principaux modèles d'études mammifère, insectes, vers, bactéries, levures... ont vu leur génome complètement séquencé. En effet, la vitesse de séquençage est de plus en plus impressionnante, et séquencer l'ADN d'un organisme supérieur (eucaryote) n'est plus une question d'années, mais de semaines (voir de jours). Remercions les lasers et les chromatographies capillaires!

[noir_ecaille]

Complètement séquencé pour un petit nombre de modèles très populaires comme :
- Escheirichia coli
- Drosophila melanogaster
- Caenorhabditis elegans
- Pan paniscus et Pan troglodytes
- peut-être Danio rerio ?
...

Par contre je n'ai pas trouvé de données concernant des séquençages complets d'autres modèles : autres mammifères, modèles aviaires, crocodiliens, batraciens, poissons... On a des séquençages partiels dans bien des cas -- parfois quelques gènes, parfois des chromosomes.

Quelqu'un aurait une liste des séquençages en cours ou complets des différentes espèces ?

[Svenn]

Le nombre de génomes séquencés d'eucaryotes supérieurs est en croissance rapide, il y a plusieurs dizaines de métazoaires désormais. Les techniques de séquençage ont énormément progressé depuis 2000 donc ça va de plus en plus vite.

[noir_ecaille]

Wah ! Merci Svenn

Il y a même des liens en bas de page vers les autres listes de génomes séquencés :
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of...nomes#See_also

• List of sequenced bacterial genomes
• List of sequenced archaeal genomes
• List of sequenced eukaryotic genomes
• List of sequenced fungi genomes
• List of sequenced plant genomes
• List of sequenced protist genomes

[sarapharma2013]

bonjour , je suis aussi perdue que lui dans la génomique structurale
je voudrais bien savoir comment on arrive par l'électrophorése en champs alterné à attribuer un géne à un chromosome ?????
et le rapport de hérédité autosomique récessive et dominante avec la génomiques structurale ????
merci