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Quelle est la définition de la vie ?



  1. #31
    shmikkki

    Re : Quelle est la définition de la vie ?

    La classification des virus posent problème car ils ont besoin du baguage biochimique de leur cellule hôte pour se reproduire. On pourrait tout à fait dire "comme n'importe quel parasite!", et donc dire une bonne fois pour toute que oui les virus sont des êtres vivants, et fin de l'histoire.

    Cependant, n'oublions pas aussi que ce qui caractérise un virus c'est l’extrême simplicité de son "organisme" (si on peut employer le mot).
    C'est simplement de l'ADN (ou de l'ARN des fois) enveloppée dans une membrane, et avec même pas d'ADN polymérase à sa disposition!
    Alors si un virus est vivant, quand est-il de mes fragments d'ADN que je mélange avec l'ADN polymérase et des amorces pour faire ma PCR?
    L'ADN a besoin des amorces et de l'ADN polymérase pour se "reproduire" ... tout comme le virus.

    -----

    Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky

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  3. #32
    biseibutsu

    Re : Quelle est la définition de la vie ?

    Très simple... La place dans un virus est ultra-optimisé, et dans certains cas une même base nucléotidique peut-être lu plusieurs fois et donner des protéines différentes. Donc pas vraiment.
    Pas d'ADN polymérase? L'herpès virus code pour sa propre ADN polymérase. Tout comme une grande quantité de virus. Et une grande quantité d'autre utilise une ou des polymérase cellulaire. Le VIH fait même fonctionner sa reverse transcriptase lorsqu'il est encore dans sa capside. C'est plutôt le manque de ribosomes (synthèse de) qui les différencie du vivant pur et dur.
    Enfin, je précise que les virus, ce sont des acides nucléiques (ADN ou ARN) et une capside (avec parfois un tégument et une enveloppe).
    Dernier point, il est de plus en plus admis qu'il est peut être nécessaire de séparer virion et virus. Comme je l'ai dis avant, le virion est le mode de transport de l'information génétique (mode de transport généralement bien abouti, capable de repérer une cible précise et de pénétrer à l'intérieur, avec parfois un mécanisme d’échappement au SI), tandis que le virus est l'information génétique libérer dans la cellule et capable de détourner une partie ou la totalité des fonctions de la cellule pour permettre sa réplication, son évolution et sa dispersion (bref, une des définitions du vivant)
    De plus, techniquement si je prends l'ADN d'E.coli dans un tube et je rajoute mon ADN polymérase (et deux-trois autres ingrédients), je le "reproduis" également. Mais elle est capable de réplication autonome, pourtant
    微生物

  4. #33
    kamor

    Re : Quelle est la définition de la vie ?

    @ shmikkki = Les virus n'ont pas de membrane, mais une capside protéique. Grosse caractéristique également.
    En tout cas, ça démontre bien à quel point est encore polémique, et surtout à cause de ces satanés virus
    Ne travaillant pas sur les virus et n'ayant donc eu que quelques cours à la fac suivis de connaissances piquées à droite et gauche, je reconnais que je ne considère pas les virus comme faisant partie du vivant.
    Mais c'est une discussion qu'il m'arrive souvent d'avoir avec des amis virologues et je reconnais la valeur de certains de leurs arguments, même si aucun n'a encore fait pencher la balance.
    C'est avec la logique que nous prouvons et avec l'intuition que nous trouvons. H. Poincaré

  5. #34
    biseibutsu

    Re : Quelle est la définition de la vie ?

    Je plussoie kamor.
    En tant qu'ancien virologue, j'ai du mal à admettre que j'ai travaillé pendant 3 ans sur du "mort" ou du "non vivant". Un virus évolue, mince, même vite! Mais comme tout le monde le dit, un virus ne peut se répliquer, et donc assurer sa descendance de manière autonome. Du coups, c'est sujet à un grand débat, qui n'est, je pense pas à sa place ici, vu que l'on n'est pas censé montré que les virus font parti du vivant ou non.

    Allez, on remplace les choses dans le contexte. La définition de la NASA me parait pas mal (trouvé par Geb):
    "La vie est un système chimique auto-entretenu capable d'évolution darwinienne"
    A cela se rajoute les virus, que l'on indiquera qu'ils se trouvent dans un flou, car ils remplissent un partie de la définition, mais que l'on doit attendre la classification final (et donc la fin du débat de la limite du vivant) des virus.
    微生物

  6. #35
    Geb

    Re : Quelle est la définition de la vie ?

    Citation Envoyé par kamor Voir le message
    Ne travaillant pas sur les virus et n'ayant donc eu que quelques cours à la fac suivis de connaissances piquées à droite et gauche, je reconnais que je ne considère pas les virus comme faisant partie du vivant.
    Si tu as une grosse demi-heure de temps libre, je te suggère de regarder cette conférence de Patrick Forterre au Collège de France, datée du 5 mai 2009 :

    Manipulation des synthèses cellulaires et nature des virus : les virus sont-ils vivants ?

    Les arguments qu'il développe me pousse à considérer les virus comme vivants.

    J'ai pris le temps de transcrire (de manière approximative) une petite partie du discours de Patrick Forterre (de 4:45 à 11:50 dans la vidéo) :

    Alors, est-ce que les virus sont vivants ? Généralement, beaucoup de biologistes ont tendance à dire non. Pourquoi ? Parce que, d’une certaine façon, ils supposent que le virus c’est le virion et bien sûr, les virions ne sont pas capables de métabolisme, ils ne sont pas cellulaires et on a mentionné tout à l’heure Schwann et la théorie cellulaire. Toute vie est cellulaire. Les virus peuvent cristalliser et donc ils ont été assimilés plutôt à des structures macromoléculaires, à des molécules. Donc, ils sont un peu vivants mais pas trop. Souvent même, on considère qu’ils ne sont pas vraiment vivants et que ce qui est important c’est la cellule qui va permettre de les exprimer.

    Cette vision des choses elle ne tient plus si on change de perspective et si on considère que le virion n’est pas le virus. C’est Jean-Michel Claverie qui, il y a deux ans, a publié un papier dans Genome Biology dans lequel il a insisté sur cet aspect. Mais un chercheur américain, Claudiu Bândea, avait déjà publié en 1983 dans Journal of Theoretical Biology, un petit peu la même idée, à savoir que vraiment ce qui est important dans le virus, c’est sa phase intra-cellulaire. C’est au cours de cette phase que le virus s’exprime en tant qu’organisme. Donc, Jean-Michel Claverie a insisté sur le fait que le virion n’est pas le virus.

    Cette idée de Claverie lui est venue à la suite de sa collaboration avec l’équipe de Didier Raoult à Marseille et à la suite de la découverte en 2002 d’un virus géant, le mimivirus, par Bernard La Scola. C’est un virus qui a frappé les imaginations puisqu’il est Gram+, il a la taille d’une petite bactérie. […]

    En fait, ce virus géant, il a un génome de 2,1 mégabases, donc beaucoup plus gros que celui de certaines petites bactéries. Il code pour environ 900 protéines. Il infecte un protiste, une amibe, Entamoeba haemolytica.

    Vous voyez ici, sur cette photo en microscopie électronique, des virions dans la cellule en train d’être reproduits par une énorme structure. La première fois que Jean-Michel Claverie était venu à l’Institut Pasteur pour faire une conférence, il nous avait expliqué que les virions étaient produits à la surface du noyau de la cellule. La deuxième fois, lorsque Didier Raoult est venu deux ans plus tard, ils nous ont expliqué qu’ils s’étaient trompés. En fait, ce n’était pas le noyau. Le noyau était en pleine déconfiture, en train d’être décomposé par l’attaque du virus. Et là, on avait affaire à une usine virale, de la même taille que celle du noyau cellulaire, qui était en train de produire les virions.

    Voilà un petit peu ce qui explique pourquoi Jean-Michel Claverie a pensé à dire que c’est l’usine virale qui est l’organisme viral lui-même. On voit cette usine virale qui est capable de recruter des mitochondries pour son énergie. Qui est capable d’avoir un certain métabolisme. En fait, le génome du mimivirus code pour un certain nombre de protéines impliquées dans des voies métaboliques et comme je l’ai dit, cette usine est aussi grosse que le noyau de l’amibe.

    Cette notion d’usine virale n’était pas nouvelle. Pratiquement tous les virus infectant les cellules eucaryotes, forment ce type d’usine virale, y compris les virus à ARN avec des petits génomes, en recrutant les membranes du réticulum endoplasmique pour former des structures. Par exemple, les virologistes les appellent les mini-noyaux dans le cas du virus de la variole, mais également dans le cas des virus à ARN, une revue récente a fait le point sur toutes ces structures. On voit se former à l’intérieur de la cellule une machinerie pour la production de virion.

    Voilà ce que disait Jean-Michel : « Ceci n’est pas un homme. C’est un spermatozoïde » et « Ceci n’est pas un virus. C’est un virion ». Le véritable virus, c’est l’usine virale. Aujourd’hui, on développe un petit peu cette idée et on dira que le véritable virus n’est peut-être pas l’usine virale mais la cellule infectée.

    Si on considère cette nouvelle vision des choses, on a beaucoup plus tendance à penser que les virus sont vivants puisque cette usine virale réorganise complètement le métabolisme cellulaire et les capacités synthétiques de la cellule, pour la production de virions c’est-à-dire pour la dissémination de ses gènes, c’est-à-dire pour la dissémination de soi-même, c’est-à-dire pour reproduire d’autres usines virales dans d’autres organismes.

    Ce qui était assez amusant, c’est la découverte l’année dernière, toujours par l’équipe de Didier Raoult, de ce virus, Sputnik, qui infecte l’usine virale du mimivirus et dont le virion va se retrouver à l’intérieur du virion du mimivirus. Là, vous avez un virus qui infecte un autre virus. Donc, le mimivirus devient malade et certains auteurs ont dit « Si on devient malade c’est vraiment qu’on est en vie puisque seuls les êtres vivants peuvent tomber malade ».

    Pourquoi ce concept du véritable virus correspondant à l’usine virale n’a pas été proposé plus tôt ? À l’exception de ce papier de 1983 de Bândea qui n’a pas été repris du tout. Je pense que c’est parce que les concepts modernes sur les virus proviennent des travaux du groupe du phage et des travaux d’André Lwoff dans les années 1950 et 1960, qui ont essentiellement portés sur ce qu’on a appelé les bactériophages (les virus infectant les bactéries).

    Or, dans le cas du bactériophage, on ne voit pas d’usine virale, tout simplement parce que la cellule est trop petite. On voit une phase d’éclipse ; on voit que le virus disparait. Donc, on a finalement un virion et puis plus rien et puis à nouveau beaucoup de virions. Donc, c’était assez naturel de considérer que le virion c’était le virus.

    En 1962 (ou 1963), André Lwoff décrivait la bactérie infectée par le virus comme une usine à virus. Ceci dit, si on considère que la véritable phase vivante du virus c’est la phase intracellulaire (donc l’usine virale) et que le virion c’est la particule virale ce n’est pas le virus, on ne peut pas dire que le virus transforme la cellule en une usine à virus. Le virus transforme la cellule en une usine à virions.

    De même, on ne peut pas dire, comme le disait Jean-Michel Claverie, que l’usine du mimivirus est une usine virale puisqu’elle produit des virions. En quelque sorte, on peut dire que c’est une usine à virions. Donc, le virus transforme la cellule en une usine à virions.

    Récemment avec David Prangishvili ont s’est posé la question : « Quel est le vrai virus ? ». Si l’usine à virions n’est pas le virus non plus, quel est le vrai virus, où est caché le virus ? On a proposé cette idée, un peu provocatrice, que le virus correspond à la cellule infectée. Ce qui aboutit à considérer que le virus est lui-même cellulaire, c’est une cellule.
    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 12/06/2013 à 11h34.

  7. #36
    kamor

    Re : Quelle est la définition de la vie ?

    Merci Geb pour le lien, je vais regarder ça
    C'est avec la logique que nous prouvons et avec l'intuition que nous trouvons. H. Poincaré

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