Extraction de l'ADN d'oignon

[PoeciliaReticulata]

Bonjour,

Je viens de rentrer en L1 biologie et j'en suis à ma première semaine, qui consiste à une ouverture scientifique (ça tombe bien pour moi car je sors de TL !)
Pour l'instant je suis assez content, j'ai compris toutes les matières. Sauf Bio Moléculaire.


En effet, nous avons fait un TP qui avait pour but d'extraire et de mettre en évidence l'ADN d'oignon par des "techniques et des réactifs simples".

On avait donc à notre disposition:
- un mixeur broyeur
- bacs à glace
- un bain-marie à 60°C
- un entonnoir
- NaCl (sel)
- une solution mère d'EDTA 0,5 M
- une solution mère de SDS à 5%
- éthanol à 95%, glacé
- oignon
- tubes de 50 mL
- un thermomètre
- une balance


Il fallait préparer la solution de lyse et d'homogénéisation (c'est ce qu'il y a marqué mais j'ai du mal à comprendre ce que ça signifie ???) avec les concentrations finales suivantes: EDTA 0,1 M, SDS à 1% et NaCL 0,15 M

Pour cela il fallait déterminer "le volume du tampon de lyse nécessaire à l'extraction, puis calculer les volumes à ajouter à partir des solutions-mères EDTA (0,5M), SDS 5%, et la quantité de NaCl en sachant que la masse moléculaire de NaCl est de 58,44 g/mol"



Avant tout, je voudrais préciser que ce n'est pas un devoir à faire, ce n'est pas quelque chose de noté ou à rendre, c'est un TP qu'on avait à faire en classe, c'était juste pour nous initier un peu à ce qu'on allait faire au premier semestre en bio moléculaire.
Si je vous adresse ce message c'est donc par curiosité scientifique, je suis juste un pauvre L qui doit travailler un peu plus que les autres en bio lol.


N'ayant pas compris en cours comment déterminer les volumes à ajouter à partir des solutions-mères (d'EDTA, SDS et NaCl), je me suis dit que j'allais relire mon TP chez moi et que je comprendrai mieux. Or, j'y ai réfléchit environ 2h et je n'ai toujours pas compris.


Ca serait vraiment sympa si quelqu'un pourrait m'aider à comprendre ça.
Parce que je connais la formule M = m/n, mais avec ça je ne sais pas trop quoi faire...

Et la prof nous a dit que c'est N-E-C-E-S-S-A-I-R-E de comprendre ce TP pour la biologie moléculaire.


Merci d'avance, un L qui ne demande qu'à devenir scientifique (la bio m'intéresse énormément et j'ai peur d'échouer à cause de mon manque de connaissance scientifique), lol.


P.S: J'ai déjà posté ce message (sans réponse) et comme je crois que j'étais dans la mauvaise section du forum je la poste ici
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[Aguila133]

Il fallait préparer la solution de lyse et d'homogénéisation (c'est ce qu'il y a marqué mais j'ai du mal à comprendre ce que ça signifie ???) avec les concentrations finales suivantes: EDTA 0,1 M, SDS à 1% et NaCL 0,15 M

Pour cela il fallait déterminer "le volume du tampon de lyse nécessaire à l'extraction, puis calculer les volumes à ajouter à partir des solutions-mères EDTA (0,5M), SDS 5%, et la quantité de NaCl en sachant que la masse moléculaire de NaCl est de 58,44 g/mol"

Déjà : la lyse c'est le fait de casser les cellule. Le but de ta solution c'est d'ouvrir les cellule pour obtenir une solution homogène avec un peu tous les constituants de la cellule.
Ensuite pour ça, tes solutions mères sont trop concentrées. Il faut donc les diluer dans l'eau.
La concentration va changer mais pas la quantité de matière, de molécules, de ta solution mère (hors eau)
tu va donc avoir n' = n
Or n = C x V
Donc C' x V' = C x V

Dans le cas de l'EDTA ta solution mère est à 0,5M et tu veux 0,1M (donc 5 fois moins concentré)
Disons que tu veux 50 mL de solution diluée.
Tu as donc :
C' = 0,1M
V' = 50mL
C=0,5M
Tu cherches V
V= (C' x V')/C
= (0,1 x 50) / 0,5 = 10 mL
Donc sur le volume total de 50 mL tu va avoir 10 mL de solution mère et 40 d'eau.

Pour le SDS c'est globalement pareil. 5% vers 1% c'est 5 fois moins concentré.

Pour le NaCl, tu as
M=58,44g/mol
C = 0,15M= 0,15 mol/L
Tu cherches m
M = m/n => m = n x M
n=C x V
Donc m = C x V x M
V encore une fois tu ne nous le donne pas donc pour l'appli numérique je vais dire V = 100 mL = 0,1 L
m = 0.15 x 0,1 x58,44 = 0.88g

Au final tout ça c'est plus de la chimie des solution que de la biologie

[PoeciliaReticulata]

Woaw, surprenant j'ai tout compris !

Merci énormément d'avoir pris le temps

Pourquoi est-ce que j'ai directement compris avec toi et avec ma prof j'ai galéré

[Aguila133]

J'ai mis toutes les étapes, elle en a peut-être grillé quelques unes parce qu'elle pensait que c'était facile avec le programme de TS.
Et puis les voir écrite et avoir le temps de les lire ça aide aussi

Bonne chance pour ta licence, tu vas avoir plus de boulot que les autres mais tu as l'air motivée, tu peux y arriver

[A voir en vidéo sur Futura]

[piwi]

Juste une précision avec les %
Il faut faire la distinction entre une dilution poids/volume (je dilue une poudre dans un liquide) et la dilution volume/volume (je dilue un liquide dans un liquide). C'est important dans le cas d'une solution saturante. Si je demande de diluer à 10% une solution saturante de HCl (37%p/v) que dois je faire? Prendre ma solution saturée et la diluer 1/10 (3,7%p/v) ou ramener la concentration massique à 10%?
Du coup, il faut toujours préciser que ce l'on a et ce que l'on veut faire. Vous avez une solution stock de SDS 5% et vous voulez la ramener à 1%v/v

cordialement
piwi