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[biologie moléculaire] Swissprot



  1. #1
    antoine-pierre

    Swissprot

    Bonjour,

    je dois travailler avec un fichier provenant de la banque swissprot, cependant je ne comprends pas la nomenclature utilisée. Celle ci est expliquée dans la banque de données mais seulement ern anglais, or mon anglais ne suffit pas pour tout comprendre:


    ID Identification Once; starts the entry
    AC Accession number(s) Once or more
    DT Date Three times
    DE Description Once or more
    GN Gene name(s) Optional
    OS Organism species Once or more
    OG Organelle Optional
    OC Organism classification Once or more
    OX Taxonomy cross-reference(s) Once or more
    RN Reference number Once or more
    RP Reference position Once or more
    RC Reference comment(s) Optional
    RX Reference cross-reference(s) Optional
    RA Reference authors Once or more
    RT Reference title Optional
    RL Reference location Once or more
    CC Comments or notes Optional
    DR Database cross-references Optional
    KW Keywords Optional
    FT Feature table data Optional
    SQ Sequence header Once
    (blanks) sequence data Once or more
    // Termination line Once; ends the entry



    Que signifie les différentes abréviations??? ID, AC, DT etc.....
    Merci pour votre aide.

    Antoine

    -----

    Dernière modification par piwi ; 02/03/2008 à 17h22.

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  3. #2
    Yoyo
    Bonjour,
    Alors rapidement.


    >ID Identification Once; starts the entry
    ici est mis le terme (le nombre?) identifiant la proteine concernee.

    >AC Accession number(s) Once or more
    Ici c'est son numero d'accesion dans les bases de donnees. Lors de la soumission de la sequence la banque donne un numero automatique a la sequence. ce numero est unique et permet de retrouver ta sequence. Si plusieurs morceaux de proteines ont ete sequencees independament tu peux avoir plusieurs numeros (a toi de trouver celui qui correspond a la proteine entiere)

    >DT Date Three times
    date de la soumission de la sequence dans la base de donees

    >DE Description Once or more
    descirption fonction de la proteine

    >GN Gene name(s) Optional
    Nom du gene, il n'est pas obligatoire de remplir ce champs

    >OS Organism species Once or more
    Nom de l'organisme a partir du quel la proteine a ete obtenue

    >OG Organelle Optional
    Nom de l'organelle (i.e mitochondrie, chloroplaste ...)

    >OC Organism classification Once or more
    claissification de ton organisme, son regne sa classe (eucaryote, procaryote, mammifere etc...)

    >OX Taxonomy cross-reference(s) Once or more
    la taxonomie et les references croisees

    >RN Reference number Once or more
    un numero de reference (ce n'est pas l'accesion number, je vois aps tropa quoi ca sert?)

    RP Reference position Once or more
    RC Reference comment(s) Optional
    RX Reference cross-reference(s) Optional

    >RA Reference authors Once or more
    Noms des auteurs ayant soumis la sequenced e la proteine dans la banque de donnee

    RT Reference title Optional
    >RL Reference location Once or more
    Citation de la revue dans laquelle la sequence a ete publiee

    CC Comments or notes Optional
    DR Database cross-references Optional

    >KW Keywords Optional
    les mots clefs associes a cette proteine

    >SQ Sequence header Once
    (blanks) sequence data Once or more
    // Termination line Once; ends the entry
    entete et pied de la sequence

    Voila j'espere que ca t'aidera.

    Yoyo

  4. #3
    John78
    Salut


    ID : nom générique du gène
    AC : code d'acces de la séquence
    DT : date de publication initiale, de la dernière mise à jour de la séquence et de la description de la fiche.
    DE : description sommaire de la protéïne.
    GN : nom des gènes homologues au gène présenté.
    OS : nom de l'espèce d'ou vient le gène
    OG : origine mitochondriale, chloroplastique etc...
    OC : classification de l'espèce (espèce, genre, famille etc...)
    OX : code de l'espèce (ca doit provenir de la banque Taxonomy du NCBI, mais pas sur, à vérifier)

    RN : Reference number Once or more
    RP Reference position Once or more
    => aucune idée

    RC : commentaire divers (ex: provenance de la souche bactérienne, type de tissu chez les métazoaires)
    RX : code de la publication initiale (ex: PubMed du NCBI)
    RA : noms des auteurs de la publication
    RT : titre de la publication
    RL : nom du journal, date, page, volume etc etc...
    CC : commentaires divers sur la protéïne (fonction, expression, régulation)
    DR : lien dans des bases de données diverses (structures, séquences, fonction etc etc...)
    KW : mot clé sur la protéïne (type d'activité enzymatique, processus cellulaire impliqué)
    FT : J'en suis pas sur mais celà doit donner des informations sur la séquences primaire tel que le site actif, site de fixation d'un ligand, zone d'épissage alternatif potentiel etc etc...). A vérifier.
    SQ : la séquence en elle même plus le nombre d'acide aminé, le poids moléculaire théorique etc etc....


    A+
    John

  5. #4
    John78
    Je perds mon temps......

    A+
    John

  6. #5
    Yoyo
    T'as fait ca mieux que moi
    ca tombe bien que ca soit identique quand meme

    Yoyo

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    John78
    Citation Envoyé par Yoyo
    T'as fait ca mieux que moi
    ca tombe bien que ca soit identique quand meme

    Yoyo

    Celà prouve que l'on ne raconte pas que des c*ies...

    J'ai trouvé pour RN

    RN : au cas ou le gène auraient été séquencé plusieur fois (ex: projet génome) c'est le numéros pour chaques publications impliquées avec a chaque fois RL, RA, RX.

    A+
    John

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  10. #7
    antoine-pierre
    Merci beaucoup beaucoup pour votre aide!! Heureusement que ce type de forum existe!

    Antoine

  11. #8
    heaven2000

    Re : [biologie moléculaire] Swissprot URGENT!!!!

    bonjour, j'aimerais savoir à quoi sert exeactement swissprot, quelle est la différence avec blast?
    j'aimerais pouvoir avoir la séquence d'acides aminés d'une protéine lequel de ces programmes est ce que j'utilise? merci pour votre réponse.
    P.S: si vous avez de bons sites qui expliquent toutes les notions de phylogénie, je suis preneuse!!!!enfin comment surtout utiliser tous les programmes de bioinformatique, ce serait extra cool
    "science sans conscience n'est que ruine de l'âme" françois rabelais

  12. #9
    MaliciaR

    Re : [biologie moléculaire] Swissprot URGENT!!!!

    Citation Envoyé par heaven2000 Voir le message
    bonjour, j'aimerais savoir à quoi sert exeactement swissprot, quelle est la différence avec blast?
    Salut,

    Il n'y a pas grand-chose de commun entre SwissProt et BLAST
    SwissProt est une banque de données généralistes de protéines, très fiable si l'on croit ce qu'y disent les mecs Càd que les séquences publiées dans SwissProt sont contrôlées et passent par une annotation manuelle (regarde dans une fiche, tu verras les champs commençant par CC : se sont les commentaires des gens qui ont fait les annotations manuelles).
    BLAST (Basic Local Alignement Sequence Tool, si je ne m'abuse) est un outil d'alignement local de séquences. Càd qu'il te servira si tu souhaites par exemple rechercher une similarité entre ta séquence d'intérêt et toutes les séquences contenues dans une banque de données.

    j'aimerais pouvoir avoir la séquence d'acides aminés d'une protéine lequel de ces programmes est ce que j'utilise?
    Alors, tu utiliseras lequel de ces deux outils?

    P.S: si vous avez de bons sites qui expliquent toutes les notions de phylogénie, je suis preneuse!!!!enfin comment surtout utiliser tous les programmes de bioinformatique, ce serait extra cool
    Sur chaque site proposant des outils, tu as une partie Tutorials.
    En ce qui concerne "tous les programmes de bioinformatique", comme tu dis, il est impossible (et inutile) que tu saches te servir de tous, cela dépendra de l'utilisation que tu en feras.
    Personnellement, je te conseillerais de voir s'il n'y a pas quelqu'un dans ton labo pour t'expliquer les bases d'utilisation. Ce n'est pas "bête et méchant", comme on peut croire parfois

    Si tu as d'autres questions, n'hésite pas.

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  13. #10
    heaven2000

    Re : [biologie moléculaire] Swissprot URGENT!!!!

    salut maliciar,
    merci pour ta réponse, ensuite je pense que j'utiliserai swissprot pour chercher la séquence d'acides aminés. c'est un bon choix, non? merci. bye
    "science sans conscience n'est que ruine de l'âme" françois rabelais

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