additifs pour la cristallisation des proteines membranaires

[boro12]

bonjour,

En faite, j'ai un rapport à rédiger concernant un article sur la cristallisation d'une proteine membranaire (GlpG protease), et la question est la suivante:

1. En etant une proteine membranaire, quels additif utilisé (un seul) pour sa cristallisation ?

j'ai lu l'article plusieurs fois mais, je ne suis pas certain de ma réponse. J'ai fait des recherches sur internet sur le sujet, et j'ai trouvé que pour cristalliser les proteines membranaires, il faut utiliser des detergents (sans pour autant citer des exemples de ces detergents).

Autre question:
Quel artifice utilisé pour faciliter la cristallisation ?

merci, et bonnes fêtes
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[TanguyE]

Bonjour,

Un petit lien vers l'article, ou les références? Parce que chaque protéine est différente et les solutions de cristallisations sont diverses et variées.

En général, c'est indiqué dans le matériel et méthodes.

Cdt

[boro12]

le lien:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/arti...pdf/zpq462.pdf

merci

[TanguyE]

C'est assez curieux la formulation de ta question parce que pour moi si on en réfère au paragraphe cité en dessous, le glycerol et le lauryl dimethylamine oxide sont tous les 2 des additifs dans le tampon NaCl/Hepes. Vu qu'ensuite tu parles de détergent alors c'est le lauryl dimethylamine oxide qui est l'additif.

The truncated protein was then dialyzed ( 4 h) and concentrated (Vivaspin 30-kDa cutoff) to 5 mg/ml in 20 mM Hepes (pH 7.5), 90 mM NaCl, 10% glycerol, and lauryl dimethylamine oxide. Crystals of GlpG were grown in hanging drops over a reservoir solution containing 30% (wt/vol) PEG 400 (Fluka), 200 mM CaCl 2, and 100 mM Mes (pH 6.5)

Pareil j'ai un peu de mal à comprendre ta seconde question. Si c'est la méthode que tu cherches, c'est assez simple à trouver, c'est la méthode "Hanging drop vapor diffusion". Sinon je t'avoue que je vois pas trop...

J'espère avoir pu t'aider un peu.

[A voir en vidéo sur Futura]

[camulus]

Salut,

Je pense que tu ne parles pas des additifs de tampon car des tampons tu en utilises plusieurs, de différentes sortes, et avec un paquet d'additifs.
En effet on utilise des détergents pour extraire la protéine membranaire, car ils solubilisent la membrane et rend la protéine soluble en protègeant la "ceinture" hydrophobe de la protéine (les détergents sont chimiquement très proches des lipides), et il y en a de toutes sortes. Cependant il n'y a pas un coktail d'additif et de détergents précis. Il y en a beaucoup, et tu n'es pas sans savoir que cristalliser une protéine membranaire c'est la croix et la bannière (y a qu' a voir la PDB) donc en général on fait les tampon de cristallisation à taton (maintenant ce sont même des labos ultra équipé avec de la robotique qui s'amusent à faire des centaines de cribles pour trouver le bon tampon qui va bien).

Et pour ta dernière question, l'astuce est de greffer le lysozyme du barctériophage T4 à la protéine qui t'intéresse, ca facilite sa cristallisation.

En espèrant t'avoir éclairé

Camu

[TanguyE]

en général on fait les tampon de cristallisation à taton

Ou on achète des kits de screening, c'est un peu moins "à l'arrache" comme méthode

[boro12]

merci pour la réponse,

Oui effectivement, la GlpG est une proteine membranaire, son extraction de la membrane necessite un détergent, et dans l'article on parle de la solution tampon Hepes, NaCl, Glycerol,... je pense que c'est le detergent en question si on se réfère à "http://biochimiedesproteines.espacew...oke.ca/5d.html".

Pour la secode question, la solution est de greffer le bacteriophage T4, mais dans l'article, je ne vois pas l'utilisaton de T4 par les auteurs. Moi, je pense que la question parle de la crystallisation à diffusion de vapeur (dans la question, le prof n'a pas spécifier le cas des proteines membranaires), et l'artifice pour faciliter la crystallisation dans ce cas, c'est le PEG 400 (je ne suis pas sûre à 100%).

J'attends des réactions, des suggestions, ou encore... des corrections.

[TanguyE]

Attention, dans le tampon seul le lauryl dimethylamine oxide est un détergent, le reste n'en est pas.

Le PEG est un précipitant, donc oui il facilite la crytallisation mais j'appellerai pas ça un artifice.