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fichiers PDB



  1. #1
    mokona44

    fichiers PDB

    bonjour!

    je commence tout juste mes etudes en biologie et j'aimerai savoir si vous connaissez un site qui explique bien comment lire un fichier PDB d'une molécule par soi-meme. ^_^

    je m'explique, par exemple, on demande de chercher le nb d'helices alpha. il y'a a tellement d'info sur ce fichier PDB que je ne m'en sors plus.

    merci bien!

    mokona44

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    benjy_star

    Re : fichiers PDB

    Message déplacé.

  4. #3
    Guillmot

    Re : fichiers PDB

    Salut !

    Si tu souhaites lire des fichiers pdb, il te faut un logiciel de modélisation; comme :

    - Rasmol

    Ce logiciel est très simple d'usage, peut-être te suffira-t-il pour compter des hélices alpha.

    Une fois rasmol installé; télécharge un fichier pdb, et ouvre-le avec rasmol. Tu verras la molécule, et tu pourras choisir d'afficher les atomes, les représentations de structures secondaires des protéines, etc ...

    Celà sera peut-être une bonne solution pour toi avant d'entamer un travail sur d'autres logiciels plus "complexes" d'usage ?

    Bon courage à toi !

    GuiL
    Compte à supprimer

  5. #4
    Guillmot

    Re : fichiers PDB

    Et je viens de repenser à une solution très simple:

    RCSB Protein Data Bank propose maintenant des systèmes sympas de visionnage des fichiers .pdb en ligne, qui pour une étude simple peuvent suffire ! Leurs tutorials sont également très bons !

    http://www.rcsb.org/pdb/

    NB: penser à utiliser les sites miroir suivant les moments de la journée ! Sinon, ça rame !
    Compte à supprimer

  6. #5
    guy52

    Re : fichiers PDB

    Bonjour,

    le logiciel Rastop (grand frère de Rasmol) est téléchargeable gratuitement sur le site de l'INRP. Il est plus agréable avec notamment une seule fenetre au lieu de 3 pour Rasmol.

    http://www.inrp.fr/Acces/biotic/rastop/accueil.htm

    des informations sur son utilisation sont également fournies

    Cordialement, Guy

  7. A voir en vidéo sur Futura

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