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fichiers PDB



  1. #1
    mokona44

    fichiers PDB


    ------

    bonjour!

    je commence tout juste mes etudes en biologie et j'aimerai savoir si vous connaissez un site qui explique bien comment lire un fichier PDB d'une molécule par soi-meme. ^_^

    je m'explique, par exemple, on demande de chercher le nb d'helices alpha. il y'a a tellement d'info sur ce fichier PDB que je ne m'en sors plus.

    merci bien!

    mokona44

    -----

  2. Publicité
  3. #2
    invite19431173

    Re : fichiers PDB

    Message déplacé.

  4. #3
    Guillmot

    Re : fichiers PDB

    Salut !

    Si tu souhaites lire des fichiers pdb, il te faut un logiciel de modélisation; comme :

    - Rasmol

    Ce logiciel est très simple d'usage, peut-être te suffira-t-il pour compter des hélices alpha.

    Une fois rasmol installé; télécharge un fichier pdb, et ouvre-le avec rasmol. Tu verras la molécule, et tu pourras choisir d'afficher les atomes, les représentations de structures secondaires des protéines, etc ...

    Celà sera peut-être une bonne solution pour toi avant d'entamer un travail sur d'autres logiciels plus "complexes" d'usage ?

    Bon courage à toi !

    GuiL
    Compte à supprimer

  5. #4
    Guillmot

    Re : fichiers PDB

    Et je viens de repenser à une solution très simple:

    RCSB Protein Data Bank propose maintenant des systèmes sympas de visionnage des fichiers .pdb en ligne, qui pour une étude simple peuvent suffire ! Leurs tutorials sont également très bons !

    http://www.rcsb.org/pdb/

    NB: penser à utiliser les sites miroir suivant les moments de la journée ! Sinon, ça rame !
    Compte à supprimer

  6. #5
    guy52

    Re : fichiers PDB

    Bonjour,

    le logiciel Rastop (grand frère de Rasmol) est téléchargeable gratuitement sur le site de l'INRP. Il est plus agréable avec notamment une seule fenetre au lieu de 3 pour Rasmol.

    http://www.inrp.fr/Acces/biotic/rastop/accueil.htm

    des informations sur son utilisation sont également fournies

    Cordialement, Guy

  7. A voir en vidéo sur Futura

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