bonjour!
je commence tout juste mes etudes en biologie et j'aimerai savoir si vous connaissez un site qui explique bien comment lire un fichier PDB d'une molécule par soi-meme. ^_^
je m'explique, par exemple, on demande de chercher le nb d'helices alpha. il y'a a tellement d'info sur ce fichier PDB que je ne m'en sors plus.
merci bien!
mokona44
Message déplacé.
Salut !
Si tu souhaites lire des fichiers pdb, il te faut un logiciel de modélisation; comme :
- Rasmol
Ce logiciel est très simple d'usage, peut-être te suffira-t-il pour compter des hélices alpha.
Une fois rasmol installé; télécharge un fichier pdb, et ouvre-le avec rasmol. Tu verras la molécule, et tu pourras choisir d'afficher les atomes, les représentations de structures secondaires des protéines, etc ...
Celà sera peut-être une bonne solution pour toi avant d'entamer un travail sur d'autres logiciels plus "complexes" d'usage ?
Bon courage à toi !
GuiL
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Et je viens de repenser à une solution très simple:
RCSB Protein Data Bank propose maintenant des systèmes sympas de visionnage des fichiers .pdb en ligne, qui pour une étude simple peuvent suffire ! Leurs tutorials sont également très bons !
http://www.rcsb.org/pdb/
NB: penser à utiliser les sites miroir suivant les moments de la journée ! Sinon, ça rame !
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Bonjour,
le logiciel Rastop (grand frère de Rasmol) est téléchargeable gratuitement sur le site de l'INRP. Il est plus agréable avec notamment une seule fenetre au lieu de 3 pour Rasmol.
http://www.inrp.fr/Acces/biotic/rastop/accueil.htm
des informations sur son utilisation sont également fournies
Cordialement, Guy
