obtension d'une séquence consensus..comment?

[waymouch]

bonsoir à tous et à toutes,
je m'interesse à la construction d'une séquence consensus à partir de l'alignement de 6 séquences nucléotidiques. J'ai utilisé le CLC sequence viewer ainsi que Jalview mais il y a des positions où le logiciel ne peut pas trancher et met un point . Je trouve pas mal de fois que 50% des séquences ont le nucléotide C et 50% ont le T par exemple. SVP comment trancher sachant que j'aurai besoin de la séquence consensus pour la désignation des amorces?????
merciiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiii iiiiiiiiiiiiiiiiiiiii
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[TanguyE]

Bonjour,

Ce résultat est tout à fait normal, une séquence consensus est par définition la plus proche possible de toutes les séquences de ton alignement. Comme tu as un nombre pair de séquences, il est donc logique de trouver des positions avec 50% C et 50% de T, impossible alors pour le programme de trancher, d'où le point.

Si ces positions à 50/50 ne sont pas trop rapprochées, ni trop fréquentes, je te suggère de faire synthétiser des primers dégénérés.

[waymouch]

Merci bien TanguyE , en fait ma séquence consensus qui fait 1277pb contient 15 positions à 50/50 éparpillées un peu partout. Mais ce n'est pas grave, je désignerai des amorces dégénérées comme tu m'as proposé.
Mais juste une question, est il possible de mettre une telle séquence avec des points ou des 'N' dans un manuscrit ? peut on trouver de telles séquences dans un article par exemple?
encore merci

[TanguyE]

J'ai pas d'exemple en tête mais je suis presque sûr que ça se présente de la façon suivante:
seq1: AAATGGCC
seq2: AATTGGCG
seq3: AAATGGCC
seq4: AATTGGCC
cons: AA.TGGCC

[A voir en vidéo sur Futura]