spectrométrie de masse

[lila2013]

bonjours ,
quelqu'un sait ce que signifie le mot score dans la spectrométrie de masse , est ce que ces chiffres ont un rapport avec le nombre de séquences identifiées
merci de m'éclairer
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[berzelius]

Bonjour,


j'imagine que tu parles du scoring des résultats dans un logiciel type Mascot?
voici la réponse!

bon courage!

[lila2013]

merci pour votre réponse, avec l'anglais j'ai un peu de mal
j'ai trouvé un article que le score global permet de quantifier l'homologie. Il résulte de la somme des scores élémentaires calculés sur chacune des positions en vis à vis des deux séquences dans leur appariement optimal. C'est le nombre total de "bons appariements" pénalisé par le nombre de mésappariements.
si il est trop élevé le résultat est non significatif.
dans cet exemple ils disent que le score est de 21 mais je ne comprends pas comment ils l'on calculé

GTTAG--CGGCACTAAAAGCTT

-TCAGGACCTCATTGTCCGGT-
* * * * ** * * *

*=identité
score= 21

pouvez vous m'éclairer s'il vous plait

[berzelius]

Euh la à vrai dire je pensait que vous parliez de protéines ...
Pour ce qui est de l'ADN je ne sais pas trop et je ne voudrai pas vous dire de bêtises.

désolé

[A voir en vidéo sur Futura]

[lila2013]

bonjour ,
oui je parlais de protéines , mais ceci est juste un exemple que j'ai trouvé pour comprendre comment calculer le score

[lila2013]

et je voulais aussi comprendre à partir de quel chiffre le score est dit significatif ou pas ?? et merci d'avance

[berzelius]

déjà ca va dépendre de ton logiciel, ils ont pas tous le même mode de calcul du score, et donnent pas tous le même résultat.

par exemple sur mascot, plus ton score est haut,plus le logiciel considere le résultat comme le plus probable.
Mais ce n'est pas forcement la meilleure réponse.

comme ce score est une valeur théorique déterminée par des probas en fonction des informations que tu donnes à la machine (erreur de mesure par le MS, taxonomie de l'echantillon ...) si tu peux lui donner des infos, le score sera plus réel, tandis que si tu laisse en "défaut" ce sera moins significatif, le top score pourra etre une prot d'une autre espece!

En plus ca va dépendre de la qualité de ton acquisition en MS, si la resolution est faible, ce sera toujours moins facile de déterminer exactement les masses qu'avec une machine haute-résolution (FT ou orbi)

[lila2013]

merci pour votre réponse