[electrophorese] La premiere dimension de l'electrophorese bidimensionelle

[inviteed9cb09a]

Bonjour à tous,
voilà j'ai un petit problème,

J'avais toujours cru, que lorsque on effectuait une electrophorese bidimensionnelle, sur une proteine, pourvue par exemple de deux sous unités liées par des liaisons faibles,

et bien, la premiere dimension faisait migrer la proteine dimerique, vers son point isoelectrique propre,

Est-ce que, sans traitement prealable, les sous unités liées par des liaisons faibles seront separées selon leur pi ?

Est il routinier de separer au prealable les sous unités par SDS + eventuel B-mercapto ethanol, ou bien la separation [disons uniquement pour l'instant] des liaisons faibles se fait automatiquement dans la premiere dimension.

Je vous remercie

[inviteed9cb09a]

Up please!

[inviteed9cb09a]

Si quelqu'un qui aurait la reponse [càd quelqu'un qui a deja eu dans sa vie l'occasion de pratiquer ce genre d'experience]
Pouvait me repondre,

ça me ferait beaucoup de bien

bien à vous.

[noir_ecaille]

Je n'en ai pas pratiqué mais je pense que la première dimension c'est plutôt la taille, et qu'ensuite c'est le point isoélectrique.

1) Les deux sous-unités peuvent très bien avoir le même point isoélectrique.
2) Je pense qu'il serait plus facile de (d'abord) séparer par la taille des protéines ou dimères linéarisés, que par leur PI.

Ça me paraît plus logique de faire la taille puis le PI

[A voir en vidéo sur Futura]

[inviteed9cb09a]

Je n'en ai pas pratiqué mais je pense que la première dimension c'est plutôt la taille, et qu'ensuite c'est le point isoélectrique.

1) Les deux sous-unités peuvent très bien avoir le même point isoélectrique.
2) Je pense qu'il serait plus facile de (d'abord) séparer par la taille des protéines ou dimères linéarisés, que par leur PI.

Ça me paraît plus logique de faire la taille puis le PI

C'est le contraire

Le probleme est juste que je ne sais pas si les phenomenes de deprotonations, vont rompre les liaisons faibles

merci

[inviteed9cb09a]

C'est le contraire

Je voulais pas avoir l'air hautain, avec ce smiley

Du coup, le topic va remonter,

L'âme genereuse des gels de polyacrylamide , serait la bienvenue

[noir_ecaille]

Ne vous inquiétez pas, je l'avais bien pris


Retour à notre portéine dimérique à liaisons faibles... C'est à dire des liaisons type Van Der Waals, je suppute, parce qu'avec des liaisons ioniques, ce n'est pas problématique (une sous-unité plus chargée va continuer de migrer pendant que l'autre s'arrête là où elle devient globalement "neutre" / isoélectrique). On peut peut-être utiliser un détergent à faible concentration, en espérant ne pas trop dénaturer la structure protéique. Ça pourrait modifier un peu le point isoélectrique et il faut faire attention à ne pas modifier la gradation de pH du gel...

Le mieux serait de tester sans et avec détergent pour voir s'il y a une différence significative, dont séparation des sous-unités.

[inviteed9cb09a]

C'est surtout les liaisons hydrogene

[noir_ecaille]

Je ne pense pas que ça pose trop de problèmes puisqu'elles sont aussi sensibles aux charges électriques C'est d'ailleurs le principe même de ces liaisons : un moment dipolaire ou diélectrique au moins local.