Bonjour !!
Alors voilà, je me pose une question à propos du séquençage d'un génome complet en méthode whole genome shotgun.
Mettons qu'on prenne une bactérie quelconque, on récupère son ADN, on le fragmente par sonication pour avoir des fragments chevauchant, et on les intègre dans des plasmides. Ensuite on constitue notre banque de clonage.
On doit ensuite séquencer pour chaque puits l'insert du plasmide (pour ensuite tenter de former les contigs, et reconstituer le génome complet). Notre prof nous a dit que séquencer les extrémités de l'insert suffit en général (et qu'on séquence le milieu qu'en cas de lacune par exemple) ! Du coup avec les bons primers, on synthétise les deux extrémités de l'insert !
-> Comment fait-on pour ne séquencer que les extrémités !?
Maintenant qu'on a nos deux extrémités, on doit le séquencer. Du coup j'ai un peu de mal là aussi. Qu'est-ce qu'on doit faire ensuite ? On doit les amplifier par pcr avant de faire quoi que ce soit, non ?
Et quelle technique utilise-t'on pour séquencer ces fragments de fragments ? Pyroséquencage ? Sanger ?
J'ai un peu du mal à m'exprimer, mais j'espère que ça reste compréhensible !
Merci d'avance !!
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