Bonjour à tous,
Je voudrais savoir s'il est possible de lyser des cellules pour récupérer par co-IP une protéine liée à un lipide. Parce que forcément la lyse cellulaire va entraîner une rupture des interaction lipides-protéines et donc du complexe que je cherche à récupérer ..
MErci d'avance
pas évident ! peut etre avec un crosslinker ?
La vie trouve toujours un chemin
Je confirme : pas évident en fait ! Un crossllinker = un TAG qui viendrait se fixer sur la protéine ? Comment le faire entrer dans la cellule ?
J'ai trouvé une solution en fait : créer un mutant de notre protéine avec uniquement le domaine qui m'intéresse plus quelques acides aminés pour le lier à un anticorps sur une colonne. Reste à faire passer les lipides dans la colonne et récupérer le complexe. Je pense que ça peut le faire !
Merci pour cette réponse
non, un crosslinker = un produit qui fait des liaisons covalentes entre tous les trucs qui passent à sa portée. C'est utilisé pour fixer des liaisons labiles le temps de purifier une interaction. Par exemple on l'utilise en ChIP pour fixer les protéines sur l'ADN, avant de lyser les cellules et de récupérer l'ADN lié aux protéines d'intérêt (formaldehyde par exemple).
Votre proposition est théoriquement viable, mais cela peut être extrêmement lourd a mettre au point. Il faut notamment etre sur que le reste de la protéine n'est pas important dans l'interaction avec le lipide, (ou meme dans l'interaction avec d'autres protéines elle-même importantes dans l'interaction avec le lipide). Il y a aussi le problème des lipides, vous partiriez d'un extrait ? d'un lipide pur ? quelle nature ? Les lipides dans les cellules (selon leur nature) ne sont pas forcément libres, en général pas trop solubles, donc passer dans un système extra-cellulaire ça fait beaucoup de paramètres qui peuvent tout changer...
La vie trouve toujours un chemin
Je vous remercie pour toutes ces informations.
Je n'avais en effet pas pensé à la nature des lipides .. Je vais repotasser un peu tout ça encore merci en tout cas
