Nombre d'espèces connues

[inviteb24177db]

Hello !

Une petite question très simple : quel est le nombre total d'espèces vivantes connues à l'heure actuelle ?

Si je pose la question ici, c'est parce que je trouve beaucoup d'informations contradictoires sur le net. J'ai retrouvé dans un vieux cours de biologie le chiffre 1,8 millions, ce que certains sites confirment également. Mais d'autres (les premiers résultats qui tombent sur Google pour ne citer qu'eux) affichent près de 8,7 millions d'espèces découvertes ? Comment expliquer un tel écart, et surtout à quelle source se fier pour trouver la réponse ?

D'avance, merci pour votre aide

Piste de réflexion : peut-être cela a-t-il à voir avec la prise en compte ou pas dans le calcul des espèces fossiles ?
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[invite82acfce6]

Salut!

Je n'ai pas de réponse à ta question mais je viens de tomber sur l'article de fs qui parle de 8,7 millions d'espèces et je suis surpris de voir qu'il n'y aurait que quelques milliers de procaryotes!

Mais d'un autre coté, il me semble que certains microbiologistes n'apréhendent pas le "microbiote terrestre?" en terme d'espèces puisqu'il y a énormément de transferts horizontaux...

Mais tout de même, quelques milliers....ça ne choque personne?

ps : d'après wiki "bactéries" : "Il existe environ 10 000 espèces connues à ce jour, mais la diversité réelle du groupe est probablement supérieure. L'estimation du nombre des espèces oscillerait entre 5 et 10 millions."

[Geb]

Bonjour,

Comment expliquer un tel écart, et surtout à quelle source se fier pour trouver la réponse ?

La solution réside dans la distinction entre le nombre d'espèces connues et l'estimation du nombre total d'espèces. Ce n'est pas du tout la même chose.

Je n'ai pas de réponse à ta question mais je viens de tomber sur l'article de fs qui parle de 8,7 millions d'espèces et je suis surpris de voir qu'il n'y aurait que quelques milliers de procaryotes!

L'article auquel tu fais allusion (et qui a fait l'objet de l'actualité de Futura), publié le 23 août 2011, est le suivant :

- How Many Species Are There on Earth and in the Ocean? (Mora et al., 2011)

Il fait état de ~1,23 million d'espèces eucaryotes connues (c'est-à-dire celles qui ont été découvertes et décrites) dans les catalogues et estime le nombre total d'espèces à 8,74 ± 1,3 million d'espèces eucaryotes.

Le catalogue des espèces procaryotes, le Approved Lists of Bacterial Names dénombrait ~14.800 espèces au mois d'août 2015 :

The total number of validly published names of prokaryotes increased to over 14800 species names and over 2600 genus names since (August 2015).

Le catalogue le plus récent est disponible ici :

- List of prokaryotic names validly published (July 2016)

Cela dit, dans le cas des procaryotes, le concept d'espèce est particulièrement difficile à déterminer et par conséquent, âprement discuté. Daniel E. Dykhuizen estime même qu'il y aurait au moins un milliard d'espèces de bactéries au total !

- Santa Rosalia revisited: Why are there so many species of bacteria? (Dykhuizen, 1998, page 29)

This would imply there are more than a thousand million species of bacteria and this is probably a considerable underestimate. I would guess that the number of bacterial species might be as high as a trillion given all the underestimations that I have done.

Cordialement.

[invite9dc7b526]

Pour les bactéries, la notion d'espèce est de plus en plus abandonnée. Elle tend à être remplacée par celle d'Operational Taxonomic Unit (OTU). Les bactéries ont la fâcheuse habitude d'échanger des morceaux de génome, si bien que la distinction des espèces dépend de la partie du génome qu'on regarde. Les phylogénies actuelles sont basées sur le 16S (le gène qui code une des unités du ribosome), mais si on regarde d'autres gènes on peut obtenir d'autres phylogénies.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Geb]

Je dois bien avouer que je ne connaissais pas ce concept d' "unité taxonomique opérationnelle". Cela dit, après une courte recherche, je dois dire que je reste perplexe.

En effet, d'après ce que j'ai pu en lire, ledit concept a été introduit dans le cadre de la taxonomie numérique (Sokal & Rohlf, 1962) et proposé en 1963 par Robert Reuven Sokal (1926-2012) et Peter Henry Andrews Sneath (1923-2011), dans un célèbre bouquin (Principles of Numerical Taxonomy).

Or, si ce concept est aussi vieux, il ne peut donc pas expliquer pour quelle raison le nombre total d'espèces estimées de procaryotes a littéralement explosé ces 25 dernières années, ni pourquoi ces estimations des spécialistes divergent encore autant à l'heure actuelle, de quelques millions pour les uns (Amanna & Rosselló-Móra, 2016), à ~1 milliard (Dykhuizen, 1998 ; Dykhuizen, 2005), voire ~1000 milliards pour les autres (Schloss et al., 2016 ; Locey & Lennon, 2016).

Cela n'est-il pas justement lié au divergence sur le concept d'espèce et/ou d'unité taxonomique opérationnel ?

Cordialement.

[invite9dc7b526]

La taxonomie et la cladistique sont étroitement liées. Le concept d'espèce n'a de sens que si on suppose qu'après une spéciation il n'y a pas (ou très peu) d'échanges de gènes entre les espèces filles. En ce qui concerne les bactéries cette idée n'est pas tenable et c'est pourquoi certains pensent qu'il ne faut plus parler d'espèces de bactéries. D'ailleurs pour étudier les relations phylogénétiques des bactéries, on utilise de plus en plus des réseaux, qui peuvent être vus comme une généralisation des arbres phylogénétiques, incluant des branches transversales qui relient les principales branches des arbres précédemment utilisés.

il y ici a un exemple d'un tel réseau: https://figshare.com/articles/_Phylo...roups_/1417149

[Amanuensis]

Cela n'est-il pas justement lié au divergence sur le concept d'espèce et/ou d'unité taxonomique opérationnel ?

Ce n'est pas plus simplement lié à ce que la notion d'espèce est arbitraire en l'absence de reproduction sexuée (que ce soit pour les procaryotes ou les pissenlits) ?

Chaque auteur défend son choix arbitraire, c'est tout.

[Amanuensis]

D'ailleurs pour étudier les relations phylogénétiques des bactéries, on utilise de plus en plus des réseaux, qui peuvent être vus comme une généralisation des arbres phylogénétiques, incluant des branches transversales qui relient les principales branches des arbres précédemment utilisés.

C'est un point différent que celui sur les espèces. Les arbres phylogénétiques "simples" (non réticulés) sont indépendants de la notion d'espèce. Même si on trouve usuellement commode de prendre des espèces comme feuilles terminales de l'arbre. En fait une feuille terminale est en toute généralité une population, le choix d'une espèce comme feuille terminale est juste une manière commode de parler d'une population particulière.

Les branches transversales (réticulation de l'arbre) correspondent à la prise en compte de transmissions horizontales, là encore un concept indépendant de la notion d'espèce.

[invite9dc7b526]

Les branches transversales (réticulation de l'arbre) correspondent à la prise en compte de transmissions horizontales, là encore un concept indépendant de la notion d'espèce.

je ne crois pas justement que ça soit indépendant. Si les "espèces" échangent fréquemment des gènes, et surtout si ces échanges touchent préférentiellement une partie du génome, alors on a une structuration des organismes concernés différente selon la partie du génome étudiée, et la notion d'espèce se dilue.

[Geb]

Bonjour,

J'ai trouvé un article intéressant :

- Can We Name Earth's Species Before They Go Extinct? (Costello et al., 2013)

Puisque le sujet de la discussion est "le nombre d'espèces connues", il y a un petit paragraphe qui répond de manière claire et concise à cette question :

What Species Are Known
The incomplete Catalogue of Life (1) currently lists >1.3 million species, and an expert-validated inventory of an anticipated 230,000 marine species is more than 95% complete (2). These inventories try to account for known synonyms (species described more than once), but more are being created as taxonomic revisions remove others (3). Reconciling synonyms may take decades. For example, 93% of all cetacean names are synonyms (i.e., 9 out of 10) (4); more than 80% of names in some alga genera (5); 32% for insects (6); 33% to 88% for groups of seed plants (7); 38% for world mollusks, 50% for marine fish, and 81% for freshwater fish in Europe (8); and 40% for all marine species (2). Thus, we consider 20% of the currently estimated 1.9 million described species to be undiscovered synonyms, reducing this to 1.5 million valid described species (8).

Donc, la référence internationale officielle du nombre d'espèces connues est le Catalogue of Life de l’Interagency Taxonomic Information System (ITIS), édité chaque mois par le sous-comité de la Maison Blanche sur la biodiversité et la dynamique des écosystèmes (White House Subcommittee on Biodiversity and Ecosystem Dynamics).

La dernière version (26 août 2016) compte 1.639.021 espèces vivantes, dont 377 espèces d'archées et 9982 espèces de bactéries.

Il me paraît donc évident qu'il est bien incomplet (comme le signale le passage ci-dessus). Cela dit, le nombre d'espèces connues de bactéries (aussi approximatif que cela puisse être) le plus proche de la liste exhaustive est bien le catalogue Approved Lists of Bacterial Names qui doit compter à l'heure actuelle plus de 15000 espèces de procaryotes.

Pour en revenir au sujet du fil, et même si ce nombre est probablement sous évalué (d'un point de vue purement philosophique, étant donné qu'on estime à environ 10³⁰ le nombre de bactéries vivantes, le nombre parfois avancé de ~10¹² espèces de procaryotes ne me choquerait pas du tout), cela reste une liste officielle et reconnue pour sa valeur pratique.

Cordialement.

[Amanuensis]

cela reste une liste officielle et reconnue pour sa valeur pratique.

Le mot pratique est le mot clé. Faut pas chercher quelque chose de rigoureux, avec une définition précise de "espèce". On reste en gros au niveau de Linné: faire un catalogue pratique de manière que les scientifiques utilisent un vocabulaire commun pour des populations d'individus "se ressemblant". Le nombre est alors plutôt le "nombre d'espèces à un sens large, décrites et nommées". Un "espèce" est alors définie comme ce qui est nommée!