biomoléculaire incompréhensible !!!

[invite2ba6b314]

bonjour j ai un exercice a faire mais je suis bloquée pouvez vous m aidez svp

énonce une solution contenant de l adn simple brin de sequence :
5' ATGGTGCACCTGACTCCTGAGGAGAAGTCT NNNNNNN 3'
est répliqué in vitro en présence d une adn polymérase, des quatre nucléosides triphosphates et d une quantité de didésoxyadénoside triphosphate suffisante pour entrer en compétition avec l incorporation de désoxyadenoside triphosphate. la succession de N représente les nucléotides qui lient l amorce oligonucléotidique

1) donner les caractéristique et les mécanisme mis en jeupour la synthèse d adn in vitro ?
est ce je peux répondre a cette question en citant la pcr pour la synthèse d adn in vitro ou pas ?

2) quels sont les fragments d adn synthétisés in vitro que l on s attend a obtenir ?
je suis bloqué a cette question je ne comprend pas
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[invite2ba6b314]

pour la question 1 j ai mis La réaction PCR (Polymerase Chain Reaction) permet d'amplifier in vitro une région spécifique d'un acide nucléique donné afin d'en obtenir une quantité suffisante pour le détecter et l’étudier.

Pour se faire, une série de réactions permettant la réplication d’une matrice d’ADN double brin est répétée en boucle. Ainsi, au cours de la réaction PCR, les produits obtenus à la fin de chaque cycle servent de matrice pour le cycle suivant, l’amplification est donc exponentielle.

Pour avoir réplication d’un ADN double brin, il faut agir en trois étapes.

1- Il faut dénaturer l’ADN pour obtenir des matrices simple brin : dénaturation.
2- Borner et amorcer la réplication de la séquence à amplifier à l’aide d’oligonucléotides amorces spécifiques : hybridation.
3- Réaliser la réaction de polymérisation du brin complémentaire. A la fin de chaque cycle, les produits sont sous forme d'ADN double brin : polymérisation.

2)Le nombre de cycle est défini par l’expérimentateur selon le degré d’amplification souhaité, dans la plupart des cas, ce nombre est d’environ 30. En théorie (et seulement en théorie!) il y a un facteur d’amplification de l’ordre de 230 soit un facteur d'un milliard. Nous avons vu dans le paragraphe précédent qu'en pratique les conditions expérimentales évoluent au fur et à mesure de l’avancée des cycles, le rendement de la réaction de polymérisation évolue de même, on peut espérer obtenir avec 30 à 40 cycles

[Flyingbike]

il faut parler de la polymérase qui incorpore des nucléotides de façon complémentaire

en 2 je ne vois pas le rapport avec la question.

On vous dit qu'il y a du ddATP en plus des dNTP
Que se passe-t-il quand la polymérase incorpore un ddNTP ?

[invite2ba6b314]

1) je ne parle pas de pcr du coup ?
est ce qu il faut que je parle de ca j ai pas tres bien compris : aujourd hui on fait du séquençage selon la méthode de Sanger. on a un adn linéiaire double brin => la premiere étape est une dénaturation alcaline avec de la soude cela a pour effet de séparer les deux brins (plus de liaiosn faibles entre les deux brins)s => puis on fait de la polymérisation in vitro. On ajoute une adn polymérase, il faut une amorce ADN. Cette amorce va etre synthétisé. Pour synthétiser une amorce de séquence connu on va faire de la synthèse chimique. Les amorces sont des oligonucléotides synthétisés chimiquement. Il faut l oligonucléotide fasse 17 bases au minimum.
Il faut se mettre au condition d hybridation.
Il faut des dNTP (desoxynucléotide tri phosphate en 5') et adn pol peut donc synthétiser le brin complémentaire.

2) Pour séquencer on rajoute des ddNTP (didésoxironucléotide en 2 ' et 3 ' et tri phosphate en 5' a la place des dNTP.
On a deux possibilités soit elle prend un dNTP et la synthèse continu car Oh en 3' soit elle prend un ddNTP et la synthèse s arrête car on a H en 3'.

[A voir en vidéo sur Futura]