Hybridation ADNdb - ARNm

[Opless]

Bonsoir tout le monde,

Une question me taraude, et je n'arrive pas à trouver de réponse consise sur le net.

Je cherche à savoir qui va s'hybrider avec quoi sachant que j'ai :

-De l'ADNdb (on va dire eucaryote exon/intronique)
-L'ARNm issu de la transcription d'un de ces deux brins.

Le protocole étant de commencer par un chauffage à 95°c pour séparer l'ADNdb, puis un refroidissement
lent permettant une hybridation et ce en présence d'ARN complémentaire à notre brin matrice.

D’après ce que j'ai lu il est possible d'avoir hybridation ARN-ADN(matrice) entre les bases correspondantes aux exons, les introns se retrouvant en forme de boucles non hybridées à l'ARN.

Par ailleurs je vois pas ce qui empêcherait une réhybridation des deux brins d'ADN complémentaires entre eux?

Ni, et là je me trompe surement, etant donné que l'ARNm correspond qu'à une petite séquence de l'ADN, pourquoi ne pourrait t-il pas y avoir hybridation d'ARNm-ADN brin matrice, puis ADNbrin matrice-ADNbrin codant en les bases qui ne sont pas déjà liées à l'ARN ?

Quels sont les cas possibles ? Y a t-il des facteurs déterminants orientant l'hybridation d'un cas à un autre ( conditions thermodynamiques ou que sais-je) ?

En espérant que vous puissiez m'aider,
Bonne journée
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[Tibosax]

Ce papier pourrait t'intéresser : http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp991614x

Thermodynamiquement parlant, les duplex RNA/DNA sont aussi stables que les duplex DNA/DNA. Donc pour une séquence donnée, on peut s'attendre à ce que, sous contrôle thermodynamique (réaction lente, on laisse le temps au système d'évoluer vers son état le plus stable), on peut s'attendre à ce que les duplex RNA/DNA et DNA/DNA soient aussi favorables l'un que l'autre.

Mais la situation est loin d'être aussi simple. D'abord la présence des introns fait que le duplex DNA/DNA est plus stable et donc le produit majoritaire sous contrôle thermodynamique. En effet, les duplex RNA/DNA possèdent des regions non hybridées, ce qui est défavorable d'un point de vue thermodynamique. D'autre part, il faut prendre en considération l'aspect cinétique. A savoir, lorsqu'on refroidit le système très vite, quel est le produit majoritaire ? On peut très bien imaginer que pour des raisons liées à la présence du 2'-OH ou non, l'hybridation soit plus ou moins rapide. De l'expérience que j'en ai (il se trouve que j'ai justement eu à optimiser la formation de duplex DNA/RNA), les duplex RNA/DNA se forment plus lentement que les duplex DNA/DNA.

Donc pour répondre à ta question, on peut raisonnablement penser que les deux types de duplex se formeront. Dans quelles proportions ? Impossible à dire. On ne sait pas si le système refroidit assez lentement pour aboutir à l'état le plus stable, et on ne sait pas le coût thermodynamique des introns non hybridés.

[Opless]

Merci énormément !

Du coup, est-ce que qu'une hybridation ADN matrice - ARN est possible en même temps qu'une hybridation partielle de ce même brin matrice à un locus différent avec l'ADN brin complémentaire. Une double hybridation du brin matrice, avec d'un côté l'ARN complémentaire, et d'un autre sur des sequences "nues" hybridation d'une partie du 2nd brin ADN codant.

Je ne sais pas si ma question est très claire.

[Tibosax]

Oui, je vois ce que tu veux dire. Une situation où tous les introns sont hybridés au brin complémentaire d'ADN tandis que les exons sont hybridés à l'ARN.

Impossible à dire.

Je dirais que c'est assez improbable (mais là c'est vraiment de la pure intuition), et que ça l'est d'autant plus que l'intron est petit. En effet, plus l'intron est petit, et moins le fait qu'il soit simple brin représente un coût thermodynamique élevé, et donc moins le fait d'y hybrider l'ADN complémentaire est avantageux. Et ça c'est seulement l'aspect thermodynamique. Pour l'aspect cinétique... Je ne sais pas...

Questions intéressantes cela dit, je me suis bien amusé à y réfléchir ^^. Comme quoi, même 60 ans après la découverte de la structure de l'ADN, la thermodynamique et la cinétique de l'hybridation sont encore des sujets de questionnement, et de recherche.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Opless]

Ahahah merci beaucoup, je travaille en préparation de mes partiels en fin de semaine, j'ai tendance à bloquer sur certaines questions vainement d'ailleurs vu que je ne serai très probablement pas interrogé sur de détails tels, en tout cas, content d'avoir échangé avec toi !