Répondre à la discussion
Affichage des résultats 1 à 4 sur 4

Amplifier séquence cible cDNA



  1. #1
    val62

    Amplifier séquence cible cDNA

    Bonjour,

    Dans le cadre d'un exercice globale d'expression de gène je suis confronté à un petit problème.
    Je dois amplifié la séquence X de mes cDNA issu de mes ARN.
    Je dois donc designer mes amorces du gène X. Le problème c'est de chercher ma séquence cible. Si j'utilise NCBI et fasta je me retrouve avec les sequences entières (intron + exon) de plusieurs milliers de nucléotides et j'avoue que je suis un peu perdu.
    Avez vous une methodologie ou un process pour retrouver la sequence cible et designer les amorces?

    Merci d'avance

    -----


  2. #2
    Flyingbike

    Re : Amplifier séquence cible cDNA

    il faut rechercher votre cible dans "Nucleotide" et limiter la recherche au mRNA

    Si vous utilisez primer blast, la référence de la séquence suffit (type NM_984748)

    Vous pouvez quand meme choisir des amorces de part et d'autre d'une jonction exon/exon
    La vie trouve toujours un chemin

  3. #3
    val62

    Re : Amplifier séquence cible cDNA

    Merci beaucoup de votre réponse, mais a quelle moment peut on limiter la recherche au mRNA?

    Cdlt

  4. #4
    Flyingbike

    Re : Amplifier séquence cible cDNA

    ex : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=NR2F2

    a gauche, "molecule type"


    mRNA est en fait la séquence du cDNA, mais en utilisant la référence au lieu de la séquence brute, primer-blast "connait" l'emplacement des jonctions exon/exon (petite astuce du jour)
    Dernière modification par Flyingbike ; 05/02/2018 à 18h10.
    La vie trouve toujours un chemin

Sur le même thème :

Discussions similaires

  1. séquence promotrice / séquence régulatrice
    Par fati1998 dans le forum Biologie
    Réponses: 1
    Dernier message: 16/12/2015, 16h31
  2. Réponses: 2
    Dernier message: 08/12/2011, 09h24
  3. [Biologie Moléculaire] RT-PCR quantitative (cDNA)
    Par balloune dans le forum Biologie
    Réponses: 2
    Dernier message: 09/04/2009, 15h41
  4. [Biologie Moléculaire] Conservation des cDNA
    Par Fanou63 dans le forum Biologie
    Réponses: 1
    Dernier message: 09/04/2009, 15h09
  5. Problème RT-PCR sur cDNA
    Par xavierdaniel85 dans le forum Biologie
    Réponses: 6
    Dernier message: 26/04/2006, 10h30