Répondre à la discussion
Affichage des résultats 1 à 5 sur 5

Heat map



  1. #1
    Klownerz

    Heat map

    Bonjour le rencontre quelques difficultés à interpréter la figure ci-dessous
    heatmap.jpg

    Légende :
    "Heat map showing expression value (z-score based on cufflink count) of interferon-responsive genes in control, Arid2-, and Pbrm1-deficient B16F10 cells following IFN-gamma treatment"

    Je n'arrive pas à interpréter l'image qu'indique le jaune par rapport au bleu ? A quoi correspond les z-score ?
    Merci par avance !

    -----

    Dernière modification par Klownerz ; 11/08/2018 à 14h15.

  2. Publicité
  3. #2
    TanguyE

    Re : Heat map

    Bonjour,

    Le Z-score correspond au nombre d'écarts-types séparant un résultat de la moyenne d'une population.

    Donc dans ce cas, un z-score positif (jaune) correspond à une surexpression du gène par rapport à la moyenne et l'inverse pour un z-score négatif.

    Dans les cellules contrôles, la stimulation avec de l'interferon ne modifie pas l'expression des gènes d'intéret. Par contre dans les deux lignées modifiées la stimulation par interferon provoque une surexpression des gènes impliqués dans la réponse antivirale et dans l'attraction chimique des T cells.

  4. #3
    Klownerz

    Re : Heat map

    Citation Envoyé par TanguyE Voir le message
    un z-score positif (jaune) correspond à une surexpression du gène par rapport à la moyenne
    La moyenne que tu évoques correspond donc à la moyenne d'expression des gènes dans les 3 expériences, est-ce cela? Cela expliquerait pourquoi (alors qu'il n'y a pas de changement d'expression des gènes) les cellules contrôles ont est un zscore négatif ! Si oui, (encore) merci
    Dernière modification par Klownerz ; 11/08/2018 à 15h39.

  5. #4
    TanguyE

    Re : Heat map

    Normalement, la façon de calculer le z score devrait être décrite soit dans la légende de la figure, soit dans le mat/met, soit dans les données supplémentaires s'il y en a.

  6. #5
    Klownerz

    Re : Heat map

    Je chercherais, merci beaucoup

  7. A voir en vidéo sur Futura

Sur le même thème :

Discussions similaires

  1. EDP : Heat equation
    Par a0000dd dans le forum Mathématiques du supérieur
    Réponses: 9
    Dernier message: 25/01/2018, 11h54
  2. Chaudière Multi-heat HS France - Régulation
    Par laroche19 dans le forum Habitat bioclimatique, isolation et chauffage
    Réponses: 0
    Dernier message: 18/12/2010, 19h15
  3. Conventional Heat exchanger
    Par kanailledusudouest dans le forum Habitat bioclimatique, isolation et chauffage
    Réponses: 1
    Dernier message: 14/01/2008, 13h43
  4. Nouveau système heat solution
    Par Silent dans le forum Habitat bioclimatique, isolation et chauffage
    Réponses: 24
    Dernier message: 05/01/2008, 09h44
  5. Chaudière Multi-Heat (tarif + info)
    Par JackB35 dans le forum Habitat bioclimatique, isolation et chauffage
    Réponses: 9
    Dernier message: 09/11/2006, 13h55