Bonjour le rencontre quelques difficultés à interpréter la figure ci-dessous
Légende :
"Heat map showing expression value (z-score based on cufflink count) of interferon-responsive genes in control, Arid2-, and Pbrm1-deficient B16F10 cells following IFN-gamma treatment"
Je n'arrive pas à interpréter l'image qu'indique le jaune par rapport au bleu ? A quoi correspond les z-score ?
Merci par avance !
Bonjour,
Le Z-score correspond au nombre d'écarts-types séparant un résultat de la moyenne d'une population.
Donc dans ce cas, un z-score positif (jaune) correspond à une surexpression du gène par rapport à la moyenne et l'inverse pour un z-score négatif.
Dans les cellules contrôles, la stimulation avec de l'interferon ne modifie pas l'expression des gènes d'intéret. Par contre dans les deux lignées modifiées la stimulation par interferon provoque une surexpression des gènes impliqués dans la réponse antivirale et dans l'attraction chimique des T cells.
La moyenne que tu évoques correspond donc à la moyenne d'expression des gènes dans les 3 expériences, est-ce cela? Cela expliquerait pourquoi (alors qu'il n'y a pas de changement d'expression des gènes) les cellules contrôles ont est un zscore négatif ! Si oui, (encore) merciEnvoyé par TanguyE
Normalement, la façon de calculer le z score devrait être décrite soit dans la légende de la figure, soit dans le mat/met, soit dans les données supplémentaires s'il y en a.
Je chercherais, merci beaucoup
