Salut tout le monde !
Etant en stage avec du RNA-seq, j'ai mappé mes reads sur le génome dans le but de voir du splicing alternatif avec JunctionSeq. Or j'ai beaucoup de mal à comprendre ce qu'est une jonction...
Pour moi c'est quand des reads mappent sur disons 2 exons en même temps. Et s'il y a bien du splicing, ça voudra dire que cette jonction est plus représentée dans la condition A. Mais je ne vois pas trop où ça me mène en fait. Et pareil, parfois j'ai genre une jonction qui sort significatif mais elle se situe "à la fin" derrière le dernier exons ... et dans ce cas est-ce que ça veut dire que les reads ont mappé sur la fin de l'exon + sur autre chose après ? Désolé si jamais c'est confus ...
Bonne soirée !
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