Amorces, RT-PCR, SARS-COV-2
Bonsoir à tous!
Je travaille sur un rapport du SARS-COV-2 pour la fac et j'ai trouvé des amorces que s'utilisent pour le diagnostic. Mais j'ai des doutes pour pouvoir vérifier la spécificité des amorces.Quelqu'un pourrait s'il vous plaît me dire si ses amorces sont spécifiques ? Sachant que c'est RT-PCR (Taqman)! et aussi s'il y a autres options pour vérifier à part la formule de Wallace?
Bonjour
Je ne vois pas en quoi la formule de wallace peut nous aider.
Pour vérifier la spécificité des amorces, il faut réaliser des alignements avec l'outil "blast" du ncbi par exemple.
Pour les amorces, on peut utiliser "primer blast" puis vérifier la sonde en l'alignant avec l'amplicon obtenu.
Problème, primer blast ne fonctionne pas avec des amorces dégénérées et je n'ai pas encore trouvé d'outil aussi performant qui les accepte.
La vie trouve toujours un chemin
Merci pour votre réponse, en fait j'ai pensé vérifier la Tm des oligonucléotides avec 2(A+T)+4(G+C). Donc quand je l'ai fait pour le target N1, j'ai trouvé: Forward: 58°C, Reverse:70°C et Sonde: 76°C. Pour moi quand c'est TAQMAN ,on doit avoir une différence maximum de 10°C entre la sonde et les amorces, et la différence entre des amorces ne doit pas être trop éleve. Pouvez-vous me dire s'il vous plaît si je me trompe?
Excusez-moi je m'ai trompé dans le calcul procedent . Pour le target N du Japan, j'ai trouvé: Forward: 58°C , Reverse: 58°C et Sonde: 62°C
Peut être (je n'ai pas vérifié)
Mais je ne vois pas en quoi ça peut vous renseigner !
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