Le génome de tous les virus présente-t-l des similitudes?
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Le génome de tous les virus présente-t-l des similitudes?



  1. #1
    ecolami

    Le génome de tous les virus présente-t-l des similitudes?


    ------

    Bonjour,
    La raison de cette question repose sur le fait que (si j'ai bien compris) les virus prennent les commandes de la machinerie génétique des cellules infectées. Dans ces conditions il me semblerai possible que TOUS les virus présentent une partie commune.

    -----

  2. #2
    Deedee81

    Re : Le génome de tous les virus présente-t-l des similitudes?

    Salut,

    Non, ce n'est pas le cas. Il y a bien des manières de pénétrer dans une cellule, de s'insérer dans son génome, etc...
    Sans compter que tu as des virus à ADN, à ARN et des rétrovirus.

    Il peut y avoir des similitudes (comme pour tout organisme avec la phylogénie) mais pas nécessairement (surtout que les virus mutent souvent beaucoup).
    "Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)

  3. #3
    MissJenny

    Re : Le génome de tous les virus présente-t-l des similitudes?

    il n'existe pas pour les virus d'équivalent de "l'arbre du vivant" qu'on connaît pour les autres organismes. Il est probable que les virus sont apparus plusieurs fois.

  4. #4
    Deedee81

    Re : Le génome de tous les virus présente-t-l des similitudes?

    Citation Envoyé par MissJenny Voir le message
    il n'existe pas pour les virus d'équivalent de "l'arbre du vivant" qu'on connaît pour les autres organismes. Il est probable que les virus sont apparus plusieurs fois.
    Pour certains ils sont même apparus parallèlement avec les toutes premières cellules et doivent avoir un lien de parenté peu ou prou et primordial avec les plasmides.
    Evidemment on n'en a pas de trace.
    "Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)

  5. A voir en vidéo sur Futura
  6. #5
    Geb

    Re : Le génome de tous les virus présente-t-l des similitudes?

    Bonjour,

    Le fait qu'on ait pu déterminer qu'il y avait au moins 8% de matériel génétique d'origine virale dans le génome humain laisse penser qu'il y a quand même des similitudes. Enfin, j'imagine.

    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    À ma connaissance, la première publication qui arrive avec cette évaluation courante aujourd'hui d'environ 8% du génome humain d'origine virale date de 2001, une donnée apparue en marge des travaux internationaux de l'époque sur le séquençage du génome humain :

    - Endogenous retroviruses in the human genome sequence (Griffiths, 2001)
    Citation Envoyé par Deedee81 Voir le message
    Pour certains ils sont même apparus parallèlement avec les toutes premières cellules et doivent avoir un lien de parenté peu ou prou et primordial avec les plasmides.
    Evidemment on n'en a pas de trace.
    Je m'étais un peu intéressé au sujet de l'histoire évolutive des virus et leur relation supposée avec les plasmides il y a 3 ans et la situation est tout de même très compliquée à cause des transferts horizontaux de gènes, voir par exemple la remarque suivante :

    - Reexamining the classification of viruses as nonliving based on their evolutionary patterns (Ortiz, 2018)

    [...] The similarities between plasmids and viruses is likely a result of HGT and mixing of viral and host genomes. While these similarities may offer insight, it is shortsighted to take these relations as evidence without conducting further investigation. [...]
    Autrement dit, on ne semble pas encore avoir les bons outils pour démêler tout ça correctement. Ce qui signifie que les chercheurs qui le font aujourd'hui sont à la fois des pionniers (ce qui est une bonne chose) mais que leurs conclusions sont par essence très fragiles en l'état actuel des connaissances.

    Bien sûr, c'est évidemment un sujet fascinant pour moi. C'est juste qu'à mon petit niveau je n'y comprends pas grand-chose et qu'il encore trop tôt pour conclure quoi que ce soit.

    Cordialement.

  7. #6
    Flyingbike
    Modérateur*

    Re : Le génome de tous les virus présente-t-l des similitudes?

    On peut voir la question autrement, d'après le postulat que les virus ont des fonctions communes.

    Et ça, on peut le constater indirectement sur le génome, non pas en séquence brute, mais en similitude fonctionnelle des composantes traduites. (c'est de l'enfonçage de porte ouverte, mais il est utile de le rappeler)
    La vie trouve toujours un chemin

  8. #7
    ecolami

    Re : Le génome de tous les virus présente-t-l des similitudes?

    Bonsoir,
    Ma reflexion sur les virus imaginait une partie spécifique qui est responsable de la liaison avec certaine cellule et une partie commune capable de supplanter le fonctionnement normal de la cellule pour lui faire produire d'autres virus.

  9. #8
    MissJenny

    Re : Le génome de tous les virus présente-t-l des similitudes?

    il y a certainement plus d'un mécanisme de réplication virale. Les coronavirus (au hasard) n'utilisent pas réellement la machinerie de réplicaton cellulaire puisqu'ils ont leur propre mécanisme de réplication de l'ARN, une fonction qui n'existe pas chez les cellules.

  10. #9
    Deedee81

    Re : Le génome de tous les virus présente-t-l des similitudes?

    Salut,

    Citation Envoyé par ecolami Voir le message
    Ma reflexion sur les virus imaginait une partie spécifique qui est responsable de la liaison avec certaine cellule et une partie commune capable de supplanter le fonctionnement normal de la cellule pour lui faire produire d'autres virus.
    Je ne peux que répéter ce que j'avais mis dès le début et insister sur la réponse de MissJenny. Il existe de nombreuses manières de se fixer à une cellule, d'y pénétrer, d'utiliser la réplication cellulaire ou s'y substituer. La variété des mécanismes bio-moléculaire est (presque) infinie. La preuve en est des antiviraux qui sont souvent très spécifiques (contrairement aux anti-biotiques) ce qui est dommage mais inévitable.

    Sans compter aussi pour des mécanismes moléculaires donnés de fixation, pénétration, détournement,... les très nombreuses mutations gardant les protéines fonctionnelles (ou ne faisant varier que leur efficacité, ce qui peut contribuer au niveau de virulence).

    Ces dernières (les mutations) rendent possible une phylogénie entre variants (on a beaucoup parlé des variants du covid, il y a aussi ceux de la grippe).

    Mais les taux de mutations étant tellement élevés et l'origine des virus peu récentes qui il est illusoire de comparer et dresse un arbre phylogénétique grippe / covid / rage (par exemple). Comme on le fait avec les pro et eucaryotes. Même les phylogénies entre variants reste difficiles (par exemple on a récolté pleins de covid animaux dans le sud de l'Asie, mais impossible de savoir avec certitude d'où vient le covid humain, même si on a quelques candidats).

    Il existe certains gènes qu'on retrouve spécifiquement chez les virus et qui sont absent chez les eucaryotes. Sans être commun à tous les virus. Un exemple qui me vient en tête : la transcriptase inverse. Et donc quand on trouve ces gènes (souvent inactifs, abîmés ou sous forme d'adn circulaire, des plasmides) on sait qu'il s'agit de virus intégrés au génôme. Un cht'tit de statistique et de corrections/estimations (mon p'tit yaka du jour) et pon peut estimer la quantité de notre génôme qui est d'origine viral.
    Dernière modification par Deedee81 ; 16/01/2023 à 08h02.
    "Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)

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