Notre ADN d'origine virale...

[El-Pepe]

Salut salut !
Une question peut-être farfelue à laquelle je n'ai pas trouvé de réponse (mais j'ai peut-être mal cherché…)
Il est établi, à ma connaissance, que le génome humain contient des éléments d'origine virale.
Ces éléments sont-ils toujours les mêmes et en même proportion dans toute la population humaine, ou connaissent-ils des variation entre individus et/ou populations ?
Et si variations il y a, ce que je trouverais déjà fascinant, a-t-on tenté de les corréler à d'autres variations entre individus et/ou populations ?
Dans le même ordre d'idée que les différences dans la proportion de génome venant d'autres espèces d'hominidés, qui semblent corrélées à des différences de prédispositions à certains problèmes de santé…
Merci d'avance !
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[trebor]

Salut salut !
Une question peut-être farfelue à laquelle je n'ai pas trouvé de réponse (mais j'ai peut-être mal cherché…)
Il est établi, à ma connaissance, que le génome humain contient des éléments d'origine virale.
Ces éléments sont-ils toujours les mêmes et en même proportion dans toute la population humaine, ou connaissent-ils des variation entre individus et/ou populations ?
Et si variations il y a, ce que je trouverais déjà fascinant, a-t-on tenté de les corréler à d'autres variations entre individus et/ou populations ?
Dans le même ordre d'idée que les différences dans la proportion de génome venant d'autres espèces d'hominidés, qui semblent corrélées à des différences de prédispositions à certains problèmes de santé…
Merci d'avance !

Bonjour, étant curieux de savoir également, peut être ici une partie de réponse en attendant d'autres avis ?
https://parlonssciences.ca/ressource...nent-les-virus

[MissJenny]

Ces éléments sont-ils toujours les mêmes et en même proportion dans toute la population humaine, ou connaissent-ils des variation entre individus et/ou populations ?

ça dépend de ce qu'on appelle "les mêmes".

Dans l'ensemble il s'agit d'événements anciens. Il me semble que certaines séquences virales sont communes à tous les mammifères placentaires, autrement dit l'événement d'intégration au génome a autour d'une centaine de millions d'années.

Mais ces séquences peuvent muter comme n'importe quelle partie du génome, donc on n'a peut-être pas tous les mêmes.

[El-Pepe]

ça dépend de ce qu'on appelle "les mêmes".

Dans l'ensemble il s'agit d'événements anciens. Il me semble que certaines séquences virales sont communes à tous les mammifères placentaires, autrement dit l'événement d'intégration au génome a autour d'une centaine de millions d'années.

Mais ces séquences peuvent muter comme n'importe quelle partie du génome, donc on n'a peut-être pas tous les mêmes.

Ok, merci pour la précision nécessaire. Mais du coup ça déplace ma question : Même si ces séquences ont muté, on est quand même parvenu à les identifier comme d'origine virale. Donc comment a-t-on fait ? Il fallait bien pour cela qu'elles aient des caractéristiques commune ? Et ces caractéristiques, malgré les mutations inévitables, ont bien du se perpétuer suffisamment pour qu'on soit en mesure d'évaluer leur fréquence dans le génome des individu-e-s et des populations humaines d'aujourd'hui ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[Geb]

Bonjour,

Même si ces séquences ont muté, on est quand même parvenu à les identifier comme d'origine virale. Donc comment a-t-on fait ? Il fallait bien pour cela qu'elles aient des caractéristiques commune ? Et ces caractéristiques, malgré les mutations inévitables, ont bien du se perpétuer suffisamment pour qu'on soit en mesure d'évaluer leur fréquence dans le génome des individu-e-s et des populations humaines d'aujourd'hui ?

A ma connaissance, la première publication qui arrive avec cette évaluation courante aujourd'hui d'environ 8% du génome humain d'origine virale date de 2001, une donnée apparue en marge des travaux internationaux de l'époque sur le séquençage du génome humain :

- Endogenous retroviruses in the human genome sequence (Griffiths, 2001)

Around 8% of the genome is derived from sequences with similarity to infectious retroviruses, which can be easily recognized because all infectious retroviruses contain at least three genes, including gag (encoding structural proteins), pol (viral enzymes), and env (surface envelope proteins), as well as long terminal repeats (LTRs; see Figure 1).

Je laisse les spécialistes expliquer ce que cette phrase veut dire dans les détails. L'article en question est accessible gratuitement à ma connaissance.

Cordialement.

[El-Pepe]

Merci Geb pour l'article, je l'ai lu en diagonale, ça pique un peu mais je vais m'en sortir, et ça répond à pas mal de mes questions.
Et même indirectement à ma question initiale, en supposant que la proportion de 8% de génome viral évoquée par l'article vaut pour toute la population humaine...
Bonne journée

[MissJenny]

Cet article ne concerne que les séquences provenant de rétrovirus mais il y a d'autres séquences virales dans le génome humain.

[El-Pepe]

Cet article ne concerne que les séquences provenant de rétrovirus mais il y a d'autres séquences virales dans le génome humain.

V'la aut'chose !

Et bien, au risque de me répéter :

merci pour la précision nécessaire.

Du coup j'ai mieux cherché et ai trouvé ça, qui complète pas mal le tableau, y compris sur les aspects de variabilité entre individus et populations (mais sauf incompréhension de ma part, cela ne concerne là aussi que des séquences liées aux rétrovirus...)

Edit : article source.

[Geb]

Bonjour,

(mais sauf incompréhension de ma part, cela ne concerne là aussi que des séquences liées aux rétrovirus...)

Je ne suis qu'un amateur mais c'est également ma compréhension.

Cet article ne concerne que les séquences provenant de rétrovirus mais il y a d'autres séquences virales dans le génome humain.

Après, il semble qu'il y ait des soupçons pour environ 40% du génome humain contenant des "éléments transposables" ("transposable elements" en anglais), ce qui porterait la part du génome d'origine virale à environ 50%. Je ne sais pas comment est évaluée la nature virale de ces "éléments transposables" et j'ignore s'il y a un véritable consensus scientifique à ce sujet.

Mais il est possible que MissJenny faisait référence à tout autre chose.

Cordialement.