Dessiner des molécules

[invitecc7891ee]

Bonjour,

Je fais un stage de géochimie organique dans un labo et je voudrais mettre de belles images de molécules (dichlorométhane, n-alcanes, hopanes...) dans mon rapport de stage. Je cherche donc un logiciel libre à télécharger sur internet pour dessiner ces petites molécules.

J'ai déjà téléchargé RasMol mais il a besoin de la structure tridimensionnelle de la molécule pour l'afficher et je n'arrive à obtenir sur internet que des codes PDB de molécules de biochimie (genre ADN ou protéines super compliquées).

Sauriez-vous avec quoi je peux générer les structures tridi des molécules que je veux afficher ou connaîtriez-vous un logiciel plus simple (car je ne voudrais pas faire tous les dessins à la main sous paint)?

Merci d'avance.
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[HarleyApril]

tu le répètes pas, mais si tu n'en as pas trop à dessiner, je te les fais ...

[invitecc7891ee]

c'est encore moi... je viens de m'apercevoir qu'une telle question avait déjà été posée , cependant je ne peux plus modifier mon premier message car l'administrateur trouve que j'ai mis trop de temps pour le modifier .
Cela dit, ma question à propos de RasMol tient toujours. Sauriez-vous si je peux obtenir les codes PDB des molécules qui m'intéressent?

[invitecc7891ee]

tu n'en as pas trop à dessiner, je te les fais ...

C'est gentil mais je ne vais pas te demander de dessiner des molécules dont je n'arrive même pas à retenir le nom.

A propos, j'ai une question sur les solvants organiques qui me trotte dans la tête depuis quelques temps.
Je fais des chromato sur colonne et le méthanol est un éluant plus polaire que le dichlorométhane.
Est- ce que cela serait dû au fait que l'oxygène est plus électronégatif que le chlore? Est-ce que tous les alcools sont plus polaires que le dichloro?

[A voir en vidéo sur Futura]

[HarleyApril]

tu trouveras plein de fils sur la polarité des éluants
le facteur principal pour la chromato sur silice est la capacité à faire des liaisons hydrogène
le méthanol a un oxygène capable de donner un doublet et un hydrogène un poil acide capable de se lier à d'autres molécules (ce n'est pas le cas des hydrogènes du dichlorométhane par exemple)

[invite635a16d2]

PDB ça veut dire Protein Data Bank, si tu vas sur le site de la PDB tu peux trouver toutes les structures 3D des protéines ou Acide nucléique qui ont été cristallisé. Ensuite tu n'as cas les charger dans rasmol pour les visualiser.

Si ton problème c'est de visualiser des molécules c'est plus compliqué. Il faudrait que tu calcule les coordonnées xyz de tous les atomes ... et la tu n'es pas sauvé si tu le fais à la main. Il faudrait que tu trouve un éditeur de "matrice Z" ça permet de dessiner une molécule assez facilement. Si les molécules que tu veux visualiser sont des acides aminés, il te suffit de découper un fichier PDB, tu ne gardes que les coordonnées de l'acide aminé qui t'intéresse.

D'autre part pour visualiser des molécules je te conseille VMD qui est un logiciel beaucoup plus complet que rasmol et qui donne des images beaucoup plus jolie ! En plus c'est gratuit !!

Dans le pire des cas tu peux te contenter d'une représentation 2D : sous linux (je sais pas s'il existe une version windows) tu as Xdrawchem qui est la version logiciel libre de ChemDraw.

[invitecc7891ee]

Finalement, j'ai utilisé ChemSketch que j'ai pu télécharger gratuitement. Je n'aurais jamais pensé qu'un tel logiciel puisse être libre. On peut voir la molécule en 3D à partir d'un dessin 2D et en étant connecté sur le net on peut même avoir le nom de certaines molécules d'après une base de données.
C'est vraiment génial !!!!!!

Allez, je ne résiste pas à l'envie de mettre quelques jolies molécules que j'ai pu dessiner.