details sur l'apolarité,polarité neutre et polarité ionisable des a.aminés

[invite28fd8248]

Bonjour à tous et à toutes,

Je suis en pcem1 et nous venons d’aborder les caractéristiques des acides aminés. Cependant, certain points du cours me paraissent assez flous.
En effet, j’ai bien compris que la charge globale des acides aminés variait en fonction du pH de la solution. Ainsi, à pH=6(environ),donc au pH physiologique, l’acide carboxylique est sous forme COO- et l’amine est sous forme NH3+,la somme algébrique des charge permettant la neutralité de l’acide aminé.
Mon premier doute concerne la partie où il est question d’apolarité:
*Cela signifie-t-il que l’acide aminé ne possède pas de charge?
*Cette apolarité,si elle isole la chaîne latérale au coeur de la proteine, permet-elle cependant à l’acide aminé de reagir avec d’autres molécules?(en vue de créer des chaînes polypeptidiques)

La partie concernant les «*polaires neutres*» n’est pas très clair non plus :
Pour moi le terme Polaire signifie «* les charges + et - sont reparties aux extrémités de la molecule*» leur permettant d’interagir avec d’autres molécules.
Ma seconde question, peut vous paraître assez élémentaire:
*Les acides aminés à pH physiologique, possedant une charge globale neutre, sont-ils tout de même polaire?
(Comment peuvent-ils echanger des électrons avec d’autres molécules s’ils sont «*neutres*» à pH=6?)

Je ne sais pas si vous avez compris mes questions, c’est extrêmement confus dans ma tête…Il serait facile pour moi de retenir le cours tel quel,c’est-à-dire aa apolaire= chaîne laterale hydrophobe, aa polaire neutre=capacité d’echange d’electron mais pas de charge sur la chaîne laterale,et aa polaires ionisable=possibilité d’echange d’electron et chaîne laterale chargée a un certain pH,mais j’ai vraiment besoin de détails pour visualiser.
Merci d’avance pour toute tentative d’explication !!
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[invite28fd8248]

Je viens de réfléchir à quelque chose:les acides aminés polaires neutres et apolaires,se lient-t-ils à d'autres molécules par le biais des liaisons covalentes,et non pas par l'echange d'éléctron?
Je dis surement n'importe quoi,la chimie c'est mon point faible

[Zellus]

Salut ! Bienvenue sur le forum !

à pH=6(environ),donc au pH physiologique

C'est pas plutôt aux alentours de 7 le pH physiologique ?

Cela signifie-t-il que l’acide aminé ne possède pas de charge?

Et bien tu l'as dit toi-même avant : ils ont une charge plus (amine) et une charge moins (acide) donc ce sont des molécules polaires ! Et ça fait d'une protéine une molécule polaire également. Tu es sûr que ton prof ne disait pas plutôt "la polarité" et pas "apolarité" ? Des fois ils parlent tellement vite qu'on comprend pas forcément ce qu'ils disent .

Cette apolarité,si elle isole la chaîne latérale au coeur de la proteine, permet-elle cependant à l’acide aminé de reagir avec d’autres molécules?(en vue de créer des chaînes polypeptidiques)

La polarité de la chaîne principale facilite justement la synthèse des protéines. La chaîne latérale ne participe pas à la synthèse de la chaîne polypeptidique. Et s'il y a quelque chose qui peut être apolaire dans un acide aminé, c'est justement la chaîne latérale, notamment dans les acides aminés (AA) aliphatiques (alanine, valine, leucine, isoleucine).

Pour moi le terme Polaire signifie «* les charges + et - sont reparties aux extrémités de la molecule*» leur permettant d’interagir avec d’autres molécules.

Les molécules chargées sont polaires, ça OK. Mais pour être polaire, il suffit simplement d'avoir une liaison polarisée, c'est à dire qu'un des deux atomes est plus électronégatif que l'autre. J'ai pas l'impression d'être clair alors prenons l'exemple de la glutamine. La chaîne latérale est neutre mais elle est quand même polaire car il y a une orientation des charges dans la liaison C=O par exemple où l'oxygène attire les électrons vers lui. Idem pour la liaison C-NH₂. On dit que le carbone a une charge partielle positive dans une liason polarisée, et O ou N une charge partielle négative.

*Les acides aminés à pH physiologique, possedant une charge globale neutre, sont-ils tout de même polaire?
(Comment peuvent-ils echanger des électrons avec d’autres molécules s’ils sont «*neutres*» à pH=6?)

Donc les AA comme la glutamine ou l'asparagine sont neutres et polaires, par contre tous les AA neutres ne sont pas polaires, comme les AA aliphatiques que j'ai cité plus haut. En gros, plus il y a d'hétéroatomes dans ta chaîne latérale (O, N, S), plus elle sera polaire et sera susceptible de réagir avec d'autres molécules.

les acides aminés polaires neutres et apolaires,se lient-t-ils à d'autres molécules par le biais des liaisons covalentes,et non pas par l'echange d'éléctron?

Il y a aussi mise en jeu d'électrons dans une liaison covalente. Pour le reste j'ai répondu juste au dessus je crois bien. Les AA apolaires ne font pas de liaison covalente mais ils peuvent participer à stabiliser la protéine ou à des interactions avec d'autres molécules par des interactions hydrophobes ou de Van der Waals.

En espérant avoir été clair.
Cordialement,
Zellus

[invite28fd8248]

Alors tout d'abord je tiens à vivement te remercier,pour cette réponse claire et rapide
Je comprends beaucoup mieux à présent.
Juste une précision : d'après tes explications, dire que les acides aminés sont apolaires, comme cela est écrit dans mon cours,n'est pas tout à fait juste, car le caractère apolaire de ces acides aminés est causé par la présence d'une chaîne latérale de type hydrophobe(aliphatique ou aromatique) alors qu'en soit l'acide aminé est polarisé,mais comme on classe les aa selon leur chaîne latérale...on les qualifie d'apolaire.

C'est bien ça?

[A voir en vidéo sur Futura]

[Zellus]

C'est ça ^^. A noter cependant que le tryptophane et la tyrosine, qui sont tous deux des AA aromatiques, sont un peu polaires, vu qu'ils possèdent respectivement un N et un O.

[georgesabidbol]

Ben juste une toute petite précision, il me semble qu il faut pas parler de polarité des aminoacides, mais de polarite-apolarite des chaines latérales du AA...
Un AA en soit c est bigrement polaire (amuse toi donc a chromatographier un AA libre)

[invite28fd8248]

Je vous remercie pour toutes ces précisons qui m'ont aidé à comprendre!
Génial ce forum! surtout quand poser une question au prof devient une mission...je crois que je vais squatter ici davantage,d'ailleur je m'en vais vous poser une nouvelle question ^^