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Modélisation Moléculaire



  1. #1
    shiryu2

    Modélisation Moléculaire

    Salut à tous,

    J'aurais besoin de quelqu'un qui est fort en chimie théorique pour m'expliquer la différence entre des énergies de conformères trouvés par la dynamique de Monte-Carlo qui utilise un champ de force et celle trouvée par une optimisation de géométrie par une méthode semi-empirique de type AM1 ?

    -----


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  3. #2
    philou21

    Re : Modélisation Moléculaire

    Bonjour,

    la question me semble un peu vague.
    Quel champ de force ? donne-t-il des résultats correct avec le type de composé que tu étudies ?
    Pareil pour le semi-empirique, que dit la littérature (si elle existe...) sur l'application de ces méthodes pour ta classe de molécule ?

    cordialement

  4. #3
    shiryu2

    Re : Modélisation Moléculaire

    En fait, on doit étudier une molécule de benzène substituée et trouver les conformères les plus stables selon la méthode de Monte-Carlo et le champ de force AMBER et comparer avec une optimisation de géométrie faite avec la méthode AM1

    Voici le lien où on trouve l'énoncé du TD

    http://infochimie.u-strasbg.fr/maste...D6_benzene.pdf

  5. #4
    philou21

    Re : Modélisation Moléculaire

    Oui, et tu l'as fait le TD ?

  6. #5
    shiryu2

    Re : Modélisation Moléculaire

    Je suis parti du conformère A.

    Après une première minimisation par AMBER, je trouve une énergie de42,01 kJ/mol. J'ai ensuite fait une simulation Monte-Carlo et j'ai trouvé le conformère de plus basse énergie égale à 41,590 kJ/mol (tous les autres confo sont plus élevés en énergie). Et ce conformère correspond à la forme D. J'ai alors répété la procédure en partant de la forme D et je suis retombé sur 41,591 kJ/mol ce qui montre qu'avec ce champ de force, la forme D est la plus stable.

    J'ai ensuite exporté ce conformère dans Spartan où j'ai fait une nouvelle minimisation de géométrie AM1 et la forme restait la même.
    Pareil pour la forme : après minimisation AM1, je tombe sur la forme A alors que je tombais sur D avec Monte-Carlo. Et les enthalpies de formation des conformères était de l'ordre de -747 kJ/mol.

    Je ne comprends pas pourquoi on a cette différence ?

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    shaddock91

    Re : Modélisation Moléculaire

    Bonsoir. Les deux méthodes utilisées ne sont pas comparables. Dans le cas de la dynamique on joue sur le comportement thermodynamique de la molécule (variations d'énergie apportée au système). Dans le 2ème cas, il s'agit d'un calcul basé sur la mécanique moléculaire en utilisant des paramètres semi empiriques basés sur l'encombrement stérique et les attractions/répulsions de charges.

    Suivant la complexité des substituants, le champ de force est plus ou moins adapté à la réalité. D'autre part certains atomes comme le soufre posent des problèmes ...

    Dans le cas d'un système benzènique, les substituants ayant un système conjugué ont tendance à se trouver dans le plan du noyau aromatique au niveau de la plus basse énergie sauf s'il y a interaction (stérique ou de charge) avec un substituant ortho voisin.

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  10. #7
    philou21

    Re : Modélisation Moléculaire

    Citation Envoyé par shaddock Voir le message
    Bonsoir. Les deux méthodes utilisées ne sont pas comparables...
    Attention au termes utilisés...

    on peut comparer les résultats des deux modes de calcul puisque le but est le même dans les deux cas : déterminer les minima des surfaces de potentiel.

  11. #8
    shaddock91

    Re : Modélisation Moléculaire

    Idéalement, les 2 méthodes devraient donner une information convergente. Lorsqu'on examine un fichier Log de calculs d'un logiciel de mécanique moléculaire (MM2 ou autre), on s'aperçoit que, en fonction des types d'atomes certains paramètres sont manquants et remis à O !! A utiliser et interpréter avec prudence.

  12. #9
    philou21

    Re : Modélisation Moléculaire

    Tout à fait d'accord avec toi...
    je reprenais juste l'expression "non comparable" qui est souvent utilisée à mauvais escient...

    comparable ne voulant pas dire qui donne le même résultat

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