La dynorphine

[invite675cf495]

Bonsoir à tous,

Un petit exo pour vous, qui me fait poser quelques questions.

On a la séquence suivante:
Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu-Arg-Arg-Ile-Arg-Pro-Lys-Trp-Asp-Aln-Gln

On veut purifier le peptide précédent en effectuant une chromatographie d'échange d'ions. On utilise une résine substituée par des groupements carboxyméthyle et équilibrée dans un tampon de pH égal à 5.

Vrai-Faux:
A. Le peptide est fixé, dans les conditions de cette réaction.
B. Il s'agit d'une chromatographie cationique.
C.La phase stationnaire est constituée de macromolécules insolubles portant des groupements ionisables.
D.L'élution se fera en augmentant le pH de la phase mobile.
E. Mes groupement carboxyméthyle sont fixés de façon covalente au support.

Alors, j'aimerais savoir comment on fait pour répondre à ce genre de question dans le cas générale?
Pour ce qui est de la chromato échangeuse d'ions, j'ai compris le principe. Mais on m'avait pas expliquer à partir d'un peptide donné.

Merci d'avance.

SI

PS: Je me suis trompée de forum, dsl
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[invite675cf495]

Deuxième exo,

Un peptide contient les 4 acides aminés suivants:

Aminoacide
Lys pk1= 2,16; pk2= 9,06; pkR= 10,54
Val 1= 2,39: 2= 9,74
Asp 1= 1,99; 2= 9,90; R= 3,90
Gly 1= 2,35; 2= 9,78

Vrai-Faux:
A. Ce peptide a un pHi superieur à 8
B. Ce peptide contient 4 fonctions ionisables
C Ce peptide contient 10 fonctions ionisables.
D. Ce peptide a un pHi inferieur à 4
E. Ce peptide à une masse moléculaire de l'ordre de 1500 Da.

Mes questions:
Comment savoir dans quel ordre les acides aminés sont enchainés?
Comment calcule-t-on le pHi d'un peptide? (Comme acides aminés??)
Comment connaïtre l'ordre de la masse moléculaire lorsque l'on a que ce type de données?

Merci encore

SI

[HarleyApril]

Bonjour

Tu n'as pas assez de données pour trouver l'enchaînement du peptide
Pour trouver le pHi, il faut savoir que tu as les fonctions des chaînes, un NH2 terminal et un COOH terminal
La masse molaire d'un acide aminé inclus dans un peptide fait entre 60 et 190, un rapide calcul d'ordre de grandeur te permet de conclure. Si tu ne connais pas ces valeurs, tu peux également compter que c'est le plus souvent composé de NH (15) CH2 (14) OH (17) O (16). Donc ça fait environ 15 par atome de C, N ou O. Reste à évaluer rapidement le nombre de ces atomes, ici 1500 correspondrait à 100 d'entre eux, on voit que ça ne va pas du tout.

cordialement

[invite675cf495]

Oui mais justement pour le pHi comment savoir lequel COOH et lequel NH2 est terminal, vu que je ne connais pas l'ordre des aa? Tout en sachant que les valeurs des pK des COOH et NH2 ne sont pas les mêmes pour chaque acide aminé.
On a bien 4 fonctions ionisables dans ce peptide non ?

Et pour l'exo 1 tu peux pas m'aider ??

Merci beaucoup d'avance.

[A voir en vidéo sur Futura]

[HarleyApril]

Bonsoir
Concernant la question 1
Avec toutes les arginines qu'il y a là-dedans, le peptide est très basique
A pH 5, il est sous forme cationique, c'est évident
En remontant le pH, on finira donc par décrocher la bête
Bien évidemment, il ne s'agit pas de liaisons covalentes !

Cordialement

[invite675cf495]

Donc dans le cas général, on peux déterminer à partir de l'acide aminé le plus présent dans le peptide? C'est le plus présent qui prédomine?

[shaddock91]

Bonjour.
Il est vrai que ce peptide comporte 3 résidus arginine, donc avec des fonctions basiques libres (guanidino)ayant un pKa~13 + 1 lysine (pKa~10,5). Tout est largement protoné à pH5.

[invite675cf495]

Les composés carboxyméthyle sont des composés cationniques ?
Donc le peptide ne se fixe pas ?

[HarleyApril]

Bonsoir
J'avais lu un peu vite les vrais faux

Les carboxyméthyles font partie de la résine, ils y sont fixés de façon covalente
La formule de ce groupement est CH2CO2H
Il s'agit donc d'un acide carboxylique
à pH 5, il est déprotoné et donc anionique, ce qui explique l'interaction avec le peptide

Cordialement

[invite675cf495]

Ok merci pour tout!