Bonjour à tous
alors voilà, je m'entraîne à dessiner les représentations de Cram de polypeptides (fictifs), chose que nous n'avons pas vue en cours et je me rends compte que ce n'est pas toujours évident avec des acides aminés comme la Proline par exemple..
J'en ai donc dessiné un petit (Ile-Pro-Val-Trp) et je souhaiterai avoir confirmation si il est correct ou alors me faire savoir quelques règles dans le cas ou je me serai trompé.
En vous remerciant!
Ah, je me rends compte que j'aurais dû mettre la Valine en arrière du plan de la feuille..il me semble ^^
En voilà un petit dernier, si vous me dites que ces deux là sont ok alors c'est que j'ai compris!
Il y a quelques erreurs dans le premier.
Le second n'est pas encore validé.
j'ai mis une correction pour le premier en piece jointe. Elle apparaitra quand un modé l'aura validée
De façon generale, il faut se rappeller que les AA naturels sont de série L (et de configuration absolue S pour le carbone alpha, a l'exception de la L-cystéine qui est R et de la glycine qui est achirale)
Dernière modification par vpharmaco ; 31/03/2013 à 19h32.
Ok, merci beaucoup, j'ai complètement oublié de faire attention aux configurations!
C'était sur tout au niveau du changement de plan entre deux aa que j'avais un doute, du coup j'attends la validation et je vais voir ça, merci encore.
C'est bon j'ai pu la voir, merci bien, je vais travailler encore un peu ça alors et il va me falloir de l'entraînement je le sent!
Sinon autre question : est-il mieux de toujours les représenter avec COO- et NH3+, ou peu importe?
Et je me demandais aussi, au sujet des fonctions amine, pour la lysine par exemple, comment dit-on, si l'on me demande de nommer "le groupe fonctionnel de la chaîne latérale" et que je veux spécifier sa position : "une fonction epsilon-amine"?
Bonjour. Oui, le NH2 est en position epsilon.Envoyé par loulou_d
Si tu veux te divertir avec les configurations des amino acides naturels (L), tu peux utiliser Isis Draw (gratuit) et dessiner des séquences peptidiques en utilisant le template L-aminoacid
Hey, merci beaucoup je vais aller voir ça, en espérant que qu'il y est une version pour mac!
C'est vrai qu'en cours (L1 Bio) on ne travaille pas vraiment avec les représentations de Cram, je préfère pourtant les dessiner de cette manière que je trouve beaucoup plus représentative, mais je m'aperçois à l'instant d'une chose : il y a la représentation de Cram et la formule topologique, est-il juste de dire que la formule topologique, c'est Cram mais sans représentation dans l'espace?
En fait, je préfère éviter lors d'un examen ou on me demande de représenter tel ou tel acide aminé (représentation de Lewis) de balancer la Cram et de faire une erreur en ce sens ou je serai alors obligé de préciser la configuration dans le nom.
Puis-je donc remplacer les traits pleins et pointillés de la Cram par des traits simples et dire qu'il s'agit de la formule topologique?
Oh et puis encore une petite dernière question ^^ :
sur cette page : http://archimede.wifeo.com/documents...de-Fischer.pdf
concernant les Fischer de la Cystéine et de la Serine, pourquoi ne peut on pas dessiner toute la chaîne latérale de manière verticale?
VFIK est correctEn voilà un petit dernier, si vous me dites que ces deux là sont ok alors c'est que j'ai compris!
Ca dépend de l'objectif de la representation. Suivant le pH, on aura COOH NH3+; COO- NH3+, COO- NH2. Il faut juste que cela soit cohérent avec l'état de ionisation des chaines latérales des autres acides aminés.
Ce sont deux notions differentes. La formule topologique consiste juste à ne pas indiquer les hydrogenes implicites sur la structure et à simplifier l'écriture des carbones. On peut contre indiquer la stéréochimie. C'est ce que tu as fait dans les figures ci-dessus.il y a la représentation de Cram et la formule topologique, est-il juste de dire que la formule topologique, c'est Cram mais sans représentation dans l'espace?
La representation Cram est une convention qui permet de representer la stéreochimie des centres asymétriques (trait pour les atomes dans le plan, pointillés derriere etc..). Une représentation Cram peut être dessinée en utilisant une écriture topologique ou bien en dessinant tous les atomes, hydrogenes...
C'est à discuter avec ton enseignant. Cela dépend de ses attentes.Puis-je donc remplacer les traits pleins et pointillés de la Cram par des traits simples et dire qu'il s'agit de la formule topologique?
On peut; Tu la dessines comme tu veux. Je trouve plus simple de l'ecrire sous forme simplifiée comme CH2SH, CH2OH, CH2CH2OCH3concernant les Fischer de la Cystéine et de la Serine, pourquoi ne peut on pas dessiner toute la chaîne latérale de manière verticale?
Ok ok, merci pour toutes tes réponses vpharmaco!
Actuellement mon enseignant ne nous demande que les formules de Lewis, alors no problème
Pour ce qui est de l'écriture des fonctions ionisables, oui je sais que ça dépend du pH et donc que dans un exercice avec une mise en situation, je dois tenir compte du pH du milieu, mais je me demandais simplement si, lors d'un simple représentation d'acide aminé, à moins de préciser les deux états des fonctions ionisables (COOH/COO- et NH3+/NH2), il y avait une représentation plus courante que les autres..et je trouvais surtout étrange que sur Wikipédia, on représente simultanément COOH et NH2, alors qu'il est impossible il me semble, d'avoir ces deux états simultanément.. Je vais opter pour une représentation à "pH physio" cad COO- et NH3+, ça me paraît être la forme la plus courante..
Tout est clair maintenant, merci encore et bonne soirée!
Dernière modification par invite876467890 ; 02/04/2013 à 17h19.
