Actu - Le coronavirus circulerait en Europe depuis mars 2019
Des traces de coronavirus Sars-CoV-2 ont été identifiées dans des échantillons d’eaux usées à Barcelone datant du 12 mars 2019, soit neuf mois avant l’apparition officielle du virus en Chine,...
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C'est intéressant, même si ça reste à confirmer.
S'il s'agit bien du SARS-Cov-2 et non d'un faux-positif, pourrait-il s'agir d'une souche antérieure, moins virulente, qui aurait eu le temps d'être ré-importée en Chine et de passer par un réservoir animal pour conduire à la souche du virus à l'origine de la pandémie actuelle ?
Je suppose que pour répondre à cette question, il faudrait que les traces du virus détectées dans les eaux usées de Barcelone soient suffisamment bien conservées pour qu'on puisse en séquencer le génome. Mais si les chercheurs espagnols n'excluent pas le risque d'une confusion avec un autre coronavirus, ce n'est probablement pas le cas. Il faudrait avoir accès à leur (pré-)publication pour en savoir plus, mais je n'ai trouvé de lien vers celle-ci ni dans l'article Futura ni dans celui de Reuters auquel il fait référence.
PS : j'ai trouvé la pré-publication.
Dernière modification par yves95210 ; 29/06/2020 à 10h44.
Il n'y a pas grand' chose dans ce pre-print.....
La question est pourtant: qu' ont-ils détecté? des petits bouts de séquence? Est-ce presque uniquement le petit bout d' ADN qui amorce une réplication... et qu' on peut retrouver dans plusieurs gènes distincts, appartenant par malchance à des virus bien distincts....
Ou bien ont-ils séquencé suffisamment long pour qu' il soit très improbable que la séquence appartienne à d' autre virus connus (et assez probable -aux variations +/6 aléatoires des génomes connus) que c' est bien de la famille de sars-cov2 ?
Tout ceci compliqué par les effets du mélange infâme des eaux usées.... qui a dû altérer et fragmenter les brins d' ARN......
Je suppose que les généticiens arriveront à démêler tout ça, et à savoir si le résultat est bien spécifique d' un ancêtre de notre vicieux de COV-virus
rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant.... (Pierre Dac...)
ils ont détecté plusieurs cibles distinctes spécifiques au SARS-CoV2. Donc pas de problème au niveau de la spécificité. Par contre, niveau conservation des échantillons, on peut penser que ce qu'on mesure est au moins autant le reflet de ce qui a "survécu" que de ce qu'il y avait à l'origine... Surtout de l'ARN, surtout aussi dilué...
La vie trouve toujours un chemin
Donc Sars-cov2 était bien déjà incognito à Barcelone en Mars 2019......
Si on le retrouvait dans les eaux usées de Barcelone, c'est qu il était l' hôte (indésirable...) des humains....
Pour se multiplier, il devait bien provoquer une 'maladie' avec expectoration de virus, ou élimination fécale ou autre des mêmes virus.... donc des symptômes.....
Alors pourquoi, maintenant qu' on "sait".... lui attribue-t-on les morts par insuffisance respiratoire aigüe et SDRA, alors qu' avant il n'y en avait pas?
rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant.... (Pierre Dac...)
J'ai connu un pangolin qui a séjourné à Barcelone en mars 2019 ...Envoyé par Bounoume
Plus sérieusement, je crois qu'on a encore beaucoup à apprendre sur cette famille de virus.
FabiFlam
Il n'a pas dû beaucoup se multiplier, car il n'était plus présent dans les échantillons d'eaux usées des mois suivants, et n'est réapparu qu'en janvier 2020.
Ceci dit, il n'y a pas eu d'échantillons analysés (parce que pas disponibles ?) pour les mois d'avril à août 2019, donc on ne peut pas savoir si le virus était encore présent, et à quelle concentration(*).
Mais en tout cas s'il y a eu un début d'épidémie il s'est éteint de lui-même, ce qui semble peu compatible avec ce qu'on sait du taux de reproduction du SARS-Cov-2, du moins de sa variante à l'origine de la pandémie actuelle.
D'où la question que je posais : est-ce qu'il pourrait s'agir d'une variante antérieure, moins virulente, probablement déjà importée de Chine mais avant la mutation qui a conduit à la variante actuelle ? Ceci pourrait expliquer cela :
Et la question subsidiaire : s'il s'agit bien d'une variante antérieure du même virus, a-t-il eu besoin de repasser par un réservoir animal pour muter vers la (ou une des) variante actuelle ?Alors pourquoi, maintenant qu' on "sait".... lui attribue-t-on les morts par insuffisance respiratoire aigüe et SDRA, alors qu' avant il n'y en avait pas?
(*) En mars 2019 cette concentration n'était pas négligeable (600 à 800 copies du génome par litre), si on compare avec les échantillons de la même station de traitement des eaux usées en février ou mai 2020 (au début de l'épidémie et après le pic - durant lequel la concentration était 10 à 100 fois supérieure). Cf. les graphiques à la fin de la prépublication.
Je serais tenté d'en déduire que le nombre de porteur du virus en mars 2019 était du même ordre de grandeur que début février 2020, et plus élevé que depuis la mi-mai 2020. Mais cela correspond à des périodes où le nombre de nouveaux cas en Espagne ne dépasse pas quelques centaines par jour, et donc où on peut supposer que sur la zone couverte par une des stations d'épuration de Barcelone, ce nombre doit être tout au plus de quelques dizaines.
dès le premier commentaire on sent des doutes
avec quelle certitude élimine-t-on les explications alternatives , faux positifs, re contamination secondaire ultérieure ... ?I have 2 questions to the study:
What explanation have the authors that only 2 of 5 indicators are positive?
Why the virus vanishes after March 2019 again?
j'ai peur qu'à force de le chercher partout ce virus, on trouve aussi beaucoup de fausses détections !
https://xkcd.com/882/
Oui. Je n'avais pas vu ce commentaire, pas encore posté quand j'ai trouvé la prépublication.
Mais la méthode utilisée a quand-même l'air de pas trop mal fonctionner : ce ne sont pas les premiers à détecter des traces du virus dans les eaux usées (par exemple en Italie et au Brésil); et pour la période de février à mai, la courbe de concentration du virus (graphique D de la figure 2) semble pas trop mal suivre la progression du nombre de cas (ce qui exclut a priori une fausse détection) et semble également prouver qu'il suffit d'un assez petit nombre de personnes infectées pour aboutir à une quantité de virus détectable dans les eaux usées (c'est plutôt ça qui m'étonnait, cf. la remarque à la fin de mon message précédent).
Le commentaire suivant me semble mieux résumer ce qu'on peut penser de cette détection :
the authors do not detect SARS-CoV-2 in samples from 2019 March. Rather, they do detect IP2/IP4 resembling SARS-CoV-2. Whatever virus it is it does not have the E and N1/N2 of SARS-CoV-2. Fluctuations in qRT-PCRs even in 2020 samples -different sewers- are way too high to trust the reliability of the RT-PCRs. However, their approach is amazing. I hope they use a metagenomic approach to sequence to sewers rather than doing an RT-PCR assay, which doesn't look very rigorous.
